mRNS-seq (NGS) referencia genommal
Az RNA-seq az élet- és növénytudományok standard eszköze, amely áthidalja a genomok és a proteomok közötti szakadékot. Erőssége abban rejlik, hogy új átiratokat fedez fel és expressziójuk mennyiségi meghatározását egyetlen vizsgálatban. Széles körben használják összehasonlító transzkriptomikai vizsgálatokhoz, amelyek fényt derítenek a különböző tulajdonságokkal vagy fenotípusokkal kapcsolatos génekre, például mutánsok vad típusokkal való összehasonlítására vagy génexpresszió feltárására meghatározott körülmények között. A BMKCloud mRNA(Reference) APP integrálja az expresszió mennyiségi meghatározását, a differenciális expressziós elemzést (DEG) és a szekvenciaszerkezet-elemzéseket az mRNS-seq(NGS) bioinformatikai folyamatba, és egyesíti a hasonló szoftverek erősségeit, így biztosítva a kényelmet és a felhasználóbarátságot. A felhasználók feltölthetik RNA-seq adataikat a felhőbe, ahol az App átfogó, egyablakos bioinformatikai elemzési megoldást kínál. Ezenkívül az ügyfélélményt helyezi előtérbe, személyre szabott műveleteket kínálva a felhasználók egyedi igényeire szabva. A felhasználók maguk állíthatják be a paramétereket és küldhetik be a csővezeték küldetését, ellenőrizhetik az interaktív jelentést, megtekinthetik az adatokat/diagramokat és befejezhetik az adatbányászatot, mint például: célgén kiválasztása, funkcionális klaszterezés, diagramkészítés stb.
Platform:Illumina, MGI
Stratégia:RNS-Seq
Elrendezés: Párosított, tiszta adatok.
Könyvtár típusa:fr-un-stranded, fr-firstrand vagy fr-secondstrand
Olvasás hossza:150 bp
Fájl típusa:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz vagy *.fq.gz. A rendszer fogautomatikusan párosítja a .fastq fájlokat a fájlneveik szerint,pl. *_1.fastq párosítva a *._2.fastq-val.
Minták száma:A számra nincs korlátozásminták száma, de az elemzési idő a számmal nőminták nőnek.
Ajánlott adatmennyiség:6G mintánként