T2T genom összeszerelése, résmentes genom
1stKét rizsgenom1
Cím: Két résmentes referencia genom összeszerelése és validálása a Xian/Indica Rice-hez, betekintést nyújt a növény centromer architektúrájába
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Feladott idő: 2021. január 01.
Intézet: Huazhong Mezőgazdasági Egyetem, Kína
Anyag
O. Sativa Xian/indicaRizsfajták „Zhenshan 97 (ZS97)” és „Minghui 63 (MH63)
Szekvenálási stratégia
Az NGS Reads + HIFI Reads + CLR Reads + Bionano + Hi-C
Adat:
ZS97: 8.34 GB （~ 23x） HIFI Reads + 48,39 GB (~ 131x) CLR olvassa + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano IRYS sejteket
MH63: 37,88 GB (~ 103X) HIFI Reads + 48,97 GB (~ 132x) CLR Reads + 28 GB (~ 76X) NGS + 2 Bionano irys sejtek
1. ábra: Két résmentes rizs genom (MH63 és ZS97)
2ndBanán genom2
Cím: Telomer-telomer-rés nélküli banán kromoszómák nanopore szekvenálással
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Feladott idő: 2021. április 17 -én.
Intézet: Párizs-Saclay Université, Franciaország
Anyag
Dupla haploidMusa acuminataSPPmalaccensis(DH-Pahang)
Szekvenálási stratégia és adatok:
HISEQ2500 PE250 MODE+ MINION/ PROMIMION (93 GB, ~ 200x)+ Optikai térkép (DLE-1+ BSPQ1)
1. táblázat: A Musa acuminata (DH-Pahang) genom-szerelvények összehasonlítása
2. ábra Musa Genomes architektúra összehasonlítás
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Cím: telomer-telomer genom szerelvényP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Feladott idő: 2021. május 04.
Intézet: Nyugati Egyetem, Kanada
Anyag
Phaeodactylum tricornutum(Algák és Protozoa CCAP kulturális gyűjteménye 1055/1)
Szekvenálási stratégia és adatok:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 páros végső középputa Nextseq 550 Run
3. ábra A telomer-telomer genom összeszerelésének munkafolyamata
4thHumán CHM13 genom4
Cím: Az emberi genom teljes sorrendje
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Feladott idő: 2021. május 27 -én
Intézet: Nemzeti Egészségügyi Intézetek (NIH), USA
Anyagok: CHM13 sejtvonal
Szekvenálási stratégia és adatok:
30 × Pacbio körkörös konszenzusos szekvenálás (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra-Long Read Sequencing, 100 × Illumina PCR-mentes szekvenálás (ILMN), 70 × Illumina / ARIMA Genomics Hi-C (HI-C), Bionano optikai térképek, és sztere-seq
2. táblázat: A GRCH38 és a T2T-CHM13 emberi genom-szerelvények összehasonlítása
Referencia
1. Sergey Nurk et al. Az emberi genom teljes szekvenciája. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Karolin Belser et al. Telomer-telomer-rés nélküli banán kromoszómák nanopórus szekvenálással. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Telomer-telomer-genom-szerelvény a phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. Két résmentes referencia genom összeszerelése és validálása a Xian/Indica Rice számára betekintést mutat a növény centromer architektúrájába. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
A postai idő: január-06-2022