Nanopore Teljes hosszúságú átirat

A nanopórusos transzkripciós szekvenálás hatékony módszer a teljes hosszúságú cDNS-ek szekvenálására, a transzkriptum izoformáinak pontos azonosítására és mennyiségi meghatározására. A BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline-t arra tervezték, hogy a Nanopore platformon generált RNS-Seq adatokat egy kiváló minőségű, jól jegyzett referenciagenomhoz képest elemezze, minőségi és kvantitatív elemzést biztosítva mind gén, mind transzkriptum szinten. A minőség-ellenőrzés után teljes hosszúságú, nem kiméra (FLNC) szekvenciákat kapunk, és a konszenzus szekvenciákat leképezzük a referencia genomra, hogy eltávolítsuk a redundáns átiratokat. Ebből a transzkriptumkészletből az expressziót számszerűsítik, és a differenciálisan expresszált géneket és transzkriptumokat azonosítják és funkcionálisan annotálják. A folyamat magában foglalja az alternatív poliadenilációs (APA) elemzést, az alternatív splicing elemzést, az egyszerű szekvencia ismétlés (SSR) elemzést, az lncRNS és a megfelelő célpontok előrejelzését, a kódoló szekvenciák (CDS) előrejelzését, a géncsalád elemzését, a transzkripciós faktor elemzést, az új gének előrejelzését. és az átiratok funkcionális annotációja.