mRNS-seq (NGS) – De novo

Az mRNS szekvenálás lehetővé teszi az összes mRNS-transzkriptum profilozását a sejtekben meghatározott körülmények között, és széles körben használt technológia a különböző kutatási területeken. A BMKCloud De novo mRNS-seq pipeline a poli-A-val dúsított szekvenáló könyvtárak elemzésére szolgál, amikor nem áll rendelkezésre referenciagenom. A csővezeték minőségellenőrzéssel kezdődik, majd ezt követide novoátirat összeállítás és unigen készlet kiválasztása. Az unigén szerkezetelemzés előrejelzi a kódoló szekvenciát (CDS) és az egyszerű szekvencia ismétlődéseket (SSR). Ezt követően a differenciális expressziós elemzés differenciálisan expresszált géneket (DEG-eket) talál a tesztelt körülmények között, majd funkcionális annotációt és a DEG-k dúsítását a biológiai betekintések kinyerése érdekében.