● Szekvenálás az Illumina Novaseq -en a PE150 -rel.
● A szolgáltatáshoz az extrahált nukleinsavak helyett szövetmintákat kell végeznie, hogy a formaldehiddel keresztkötést és megőrizhessenek a DNS-protein kölcsönhatásokat.
● A HI-C kísérlet magában foglalja a ragacsos végek biotinnal történő korlátozását és végjavítását, amelyet a kapott tompa végek körkörös vége követ, miközben megőrzi az interakciókat. A DNS -t ezután sztreptavidin gyöngyökkel lehúzzuk és megtisztítják a következő könyvtári előkészítéshez.
●Optimális restrikciós enzimtervezés: Annak érdekében, hogy a magas HI-C hatékonyság biztosítsa a különböző fajoknál, akár 93% -os érvényes interakciós párokkal.
●Kiterjedt szakértelem és kiadványok nyilvántartása:A Bmkgene óriási tapasztalattal rendelkezik> 2000 Hi-C szekvenálási projektekkel 800 különféle fajból és különféle szabadalmakból. Több mint 100 közzétett eset, amelynek akkumulatív hatási tényezője több mint 900.
●Nagyon képzett bioinformatikai csapat:házon belüli szabadalmakkal és szoftverekkel szerzői jogokkal a Hi-C kísérletekhez és az adatok elemzéséhez, valamint egy önálló fejlett megjelenítési adatszoftverhez.
●Az értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túlmutat, egy 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási periódussal. Ez idő alatt a projekt nyomon követését, hibaelhárítási támogatást és Q & A üléseket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések kezelésére.
●Átfogó kommentár: Több adatbázist használunk az azonosított variációkkal való funkcionális kommentáláshoz és a megfelelő dúsítási elemzés elvégzéséhez, betekintést nyújtva a több kutatási projektbe.
Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatkimenet | HI-C jelfelbontás |
HI-C könyvtár | Illumina PE150 | Kromatin hurok: 150x TAD: 50x | Kromatin hurok: 10 kb TAD: 40 kb |
Mintatípus | Szükséges összeg |
Állati szövet | ≥2 g |
Teljes vér | ≥2 ml |
Gombák | ≥1G |
Növényi fiatal szövet | 1G/aliquot, 2-4 aliquotes ajánlott |
Tenyésztett sejtek | ≥1x107 |
Tartalmazza a következő elemzést:
● nyers adatok qc;
● A feltérképezés és a Hi-C könyvtár QC: érvényes interakciós párok és interakció bomlási exponensek (IDES);
● Genom-szintű interakció profilozása: CI/transz-elemzés és HI-C interakciós térkép;
● az A/B rekesz eloszlásának elemzése;
● TAD -k és kromatin hurkok azonosítása;
● A minták között a 3D kromatin szerkezeti elemek differenciális elemzése és a kapcsolódó gének megfelelő funkcionális kommentárja.
CIS és transz -arányos eloszlás
A minták közötti kromoszómális kölcsönhatások hőkamerája
A/B rekeszek genom széles eloszlása
A kromatin hurkok genom széles eloszlása
A tads megjelenítése
Fedezze fel a BMKGene HI-C szekvenálási szolgáltatásainak által elősegített kutatási előrelépéseket egy publikációk kurátus gyűjteményén keresztül.
Meng, T. et al. (2021) „Egy összehasonlító integrált multi-oMics elemzés a CA2-t a Chordoma új célpontjaként azonosítja”,Neuro-onkológia, 23 (10), 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu, L. et al. (2021) „A 3D-s rendezetlenség és a genom átrendeződése betekintést nyújt a NAFLD patogenezisébe integrált Hi-C, nanopore és RNS szekvenálással”,Acta Pharmaceutica sinica B, 11 (10), 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.