Exclusive Agency for Korea

条形 Banner-03

Termékek

HI-C alapú kromatin-interakció

A HI-C egy olyan módszer, amelynek célja a genomi konfiguráció rögzítése a szonda alapú interakciók és a nagy teljesítményű szekvenálás kombinálásával. A módszer a formaldehiddel történő kromatin térhálósításán alapul, amelyet az emésztés és az újratelepítés követ, oly módon, hogy csak kovalensen összekapcsolt fragmensek képezzenek ligációs termékeket. Ezeknek a ligatív termékeknek a szekvenálásával megvizsgálhatjuk a genom 3D szervezését. A HI-C lehetővé teszi a genom azon részeinek eloszlásának tanulmányozását, amelyek enyhén csomagoltak (rekeszek, euchromatin), és valószínűleg transzkripciós aktívak, és a szorosabban csomagolt régiók (B rekeszek, heterochromatin). A HI-C felhasználható a topológiailag kapcsolódó domének (TAD) pontos meghatározására, a genom olyan régióira, amelyek összehajtott struktúrákkal rendelkeznek, és valószínűleg hasonló expressziós mintázatokkal rendelkeznek, és a kromatin hurkok azonosítására, a DNS-régiókkal, amelyeket a fehérjék és a fehérjék együttesen rögzítenek, és amelyek vannak Gyakran dúsítva a szabályozó elemekben. A BMKGene Hi-C szekvenálási szolgáltatása felhatalmazza a kutatókat a genomika térbeli dimenzióinak feltárására, új lehetőségeket nyitva a genomszabályozás és annak egészségügyi és betegségekre gyakorolt ​​hatásainak megértésére.


Szolgáltatási részletek

Bioinformatika

Demo eredmények

Kiemelt publikációk

Szolgáltatási szolgáltatások

● Szekvenálás az Illumina Novaseq -en a PE150 -rel.

● A szolgáltatáshoz az extrahált nukleinsavak helyett szövetmintákat kell végeznie, hogy a formaldehiddel keresztkötést és megőrizhessenek a DNS-protein kölcsönhatásokat.

● A HI-C kísérlet magában foglalja a ragacsos végek biotinnal történő korlátozását és végjavítását, amelyet a kapott tompa végek körkörös vége követ, miközben megőrzi az interakciókat. A DNS -t ezután sztreptavidin gyöngyökkel lehúzzuk és megtisztítják a következő könyvtári előkészítéshez.

Szolgáltatási előnyök

Optimális restrikciós enzimtervezés: Annak érdekében, hogy a magas HI-C hatékonyság biztosítsa a különböző fajoknál, akár 93% -os érvényes interakciós párokkal.

Kiterjedt szakértelem és kiadványok nyilvántartása:A Bmkgene óriási tapasztalattal rendelkezik> 2000 Hi-C szekvenálási projektekkel 800 különféle fajból és különféle szabadalmakból. Több mint 100 közzétett eset, amelynek akkumulatív hatási tényezője több mint 900.

Nagyon képzett bioinformatikai csapat:házon belüli szabadalmakkal és szoftverekkel szerzői jogokkal a Hi-C kísérletekhez és az adatok elemzéséhez, valamint egy önálló fejlett megjelenítési adatszoftverhez.

Az értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túlmutat, egy 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási periódussal. Ez idő alatt a projekt nyomon követését, hibaelhárítási támogatást és Q & A üléseket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések kezelésére.

Átfogó kommentár: Több adatbázist használunk az azonosított variációkkal való funkcionális kommentáláshoz és a megfelelő dúsítási elemzés elvégzéséhez, betekintést nyújtva a több kutatási projektbe.

Szolgáltatási előírások

Könyvtár

Szekvenálási stratégia

Ajánlott adatkimenet

HI-C jelfelbontás

HI-C könyvtár

Illumina PE150

Kromatin hurok: 150x

TAD: 50x

Kromatin hurok: 10 kb

TAD: 40 kb

Szolgáltatási követelmények

Mintatípus

Szükséges összeg

Állati szövet

≥2 g

Teljes vér

≥2 ml

Gombák

≥1G

Növényi fiatal szövet

1G/aliquot, 2-4 aliquotes ajánlott

Tenyésztett sejtek

≥1x107


  • Előző:
  • Következő:

  • 图片 98

    Tartalmazza a következő elemzést:

    ● nyers adatok qc;

    ● A feltérképezés és a Hi-C könyvtár QC: érvényes interakciós párok és interakció bomlási exponensek (IDES);

    ● Genom-szintű interakció profilozása: CI/transz-elemzés és HI-C interakciós térkép;

    ● az A/B rekesz eloszlásának elemzése;

    ● TAD -k és kromatin hurkok azonosítása;

    ● A minták között a 3D kromatin szerkezeti elemek differenciális elemzése és a kapcsolódó gének megfelelő funkcionális kommentárja.

    CIS és transz -arányos eloszlás

    图片 99

     

    A minták közötti kromoszómális kölcsönhatások hőkamerája

    图片 100

     

    A/B rekeszek genom széles eloszlása图片 23

     

    A kromatin hurkok genom széles eloszlása

     

    图片 102

     

    A tads megjelenítése

    图片 103

     

    Fedezze fel a BMKGene HI-C szekvenálási szolgáltatásainak által elősegített kutatási előrelépéseket egy publikációk kurátus gyűjteményén keresztül.

     

     

    Meng, T. et al. (2021) „Egy összehasonlító integrált multi-oMics elemzés a CA2-t a Chordoma új célpontjaként azonosítja”,Neuro-onkológia, 23 (10), 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

    Xu, L. et al. (2021) „A 3D-s rendezetlenség és a genom átrendeződése betekintést nyújt a NAFLD patogenezisébe integrált Hi-C, nanopore és RNS szekvenálással”,Acta Pharmaceutica sinica B, 11 (10), 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.

    kap egy árajánlatot

    Írja ide az üzenetét, és küldje el nekünk

    Küldje el üzenetét nekünk: