De novo gombás genom szerelvény
A BMKGene sokoldalú megoldásokat kínál a gombás genomokhoz, a különféle kutatási igények kielégítésére és a kívánt genom teljességére. A röviden olvasott Illumina szekvenálás önmagában történő felhasználása lehetővé teszi a vázlat genom létrehozását. A rövid olvasmányokat és a régóta olvasható szekvenálást a Nanopore vagy a Pacbio segítségével kombináljuk egy kifinomultabb gombás genomhoz, hosszabb kontigekkel. Ezenkívül a Hi-C szekvenálás integrálása tovább javítja a képességeket, lehetővé téve a teljes kromoszóma-szintű genom elérését.
Szolgáltatási szolgáltatások
Három lehetséges lehetőség közül választhat, a genom teljességének kívánt mértékétől függően:
● A vázlat genom opciója: Röviden olvasható szekvenálás az Illumina Novaseq PE150-rel.
● Gomba finom genom opció:
Genome felmérés: Illumina Novaseq PE150.
Genome összeszerelése: Pacbio Revio (HiFi Reads) vagy Nanopore Promethion 48.
● Kromoszóma szintű gombás genom:
Genome felmérés: Illumina Novaseq PE150.
Genome összeszerelése: Pacbio Revio (HiFi Reads) vagy Nanopore Promethion 48.
Contig rögzítés Hi-C összeszereléssel.
Szolgáltatási előnyök
●Többszörös szekvenálási stratégiák állnak rendelkezésre: A genom teljességének különböző kutatási céljai és követelményeihez
●Teljes bioinformatikai munkafolyamat:Ez magában foglalja a genom összeszerelését és a több genomi elem előrejelzését, a funkcionális gén annotációját és a Contig rögzítését.
●Kiterjedt szakértelem: Több mint 12 000 mikrobiális genom összeszerelésével több mint egy évtizedes tapasztalatot, magasan képzett elemzőcsoportot, átfogó tartalmat és kiváló értékesítés utáni támogatást hozunk.
●Az értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túlmutat, egy 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási periódussal. Ez idő alatt a projekt nyomon követését, hibaelhárítási támogatást és Q & A üléseket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések kezelésére.
Szolgáltatási előírások
| Szolgáltatás | Szekvenálási stratégia | Minőség -ellenőrzés |
| Huzat genom | Illumina PE150 100X | Q30 ≥85% |
| Finom genom | Genome felmérés: Illumina PE150 50 x Összegyűjtés: Pacbio HiFi 30X vagy Nanopore 100X | Contig N50 ≥1 MB （Pacbio Unicellular） Contig N50 ≥2 MB （ONT Uncelluláris） Contig N50 ≥500KB （Egyéb） |
| Kromoszóma szintű genom | Genome felmérés: Illumina PE150 50 x Összegyűjtés: Pacbio HiFi 30X vagy Nanopore 100X Hi-C összeszerelés 100x | Contig rögzítési arány> 90%
|
Szolgáltatási követelmények
| Koncentráció (ng/µl) | Teljes összeg (µg) | Térfogat (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopó | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Uncelluláris gomba: ≥3.5x1010 sejtek
Makrógomba: ≥10 g
Szolgáltatási munka folyamat
Minta szállítás
Könyvtári felépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Tartalmazza a következő elemzést:
Genome felmérés:
- Az adatminőség -ellenőrzés szekvenálása
- Genom becslés: Méret, heterozigózus, ismétlődő elemek
Finom genom összeszerelése:
- Az adatminőség -ellenőrzés szekvenálása
- De novoÖsszeszerelés
- Genomkomponens -elemzés: A CD -k és a több genomi elem előrejelzése
- Funkcionális megjegyzés több általános adatbázissal (GO, KEGG stb.) És fejlett adatbázisokkal (kártya, VFDB stb.)
HI-C összeszerelés:
- HI-C könyvtár értékelése.
- Contigs rögzítő klaszterezés, megrendelés és orientálás
- A HI-C összeszerelés értékelése: referencia-genom és hőtérkép alapján
Genome felmérés: K-MER eloszlás
Genom összeállítás: Gén homológ annotáció (NR adatbázis)
Genom összeállítás: Funkcionális gén annotáció (GO)
Fedezze fel a Bmkgene gombás genomgyűlési szolgáltatásainak elősegítését egy publikációk kurátus gyűjteményén keresztül.
Hao, J. et al. (2023) „Az inonotus obliquus gyógynövényes gomba integrált omikus profilozása elmerült körülmények között”,BMC genomika, 24 (1), 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/3 ábra.
Lu, L. et al. (2023) „A genomszekvenálás feltárja a búza éles szempotja evolúcióját és patogén mechanizmusait.A Crop Journal, 11 (2), 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) „Genom erőforrások négy Clarireedia fajhoz, amelyek dollárfoltot okoznak a különféle gyeplókon”,Növényi betegség, 107 (3), 929–934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) „A tetrapoláris párzási rendszer genetikai és molekuláris bizonyítéka az ehető gomba grifola frondosa -ban”,A gombák naplója, 9 (10), p. 959. DOI: 10.3390/JOF9100959/S1.
