Eukarióta mRNS elemzés (referencia -alapú és de novo opciók állnak rendelkezésre)
Ez a csővezeték az NGS RNS-Seq adatokat használja bemenetként, és több downstream elemzés eredményeit eredményezi, ideértve, de nem kizárólag: az adatminőség-értékelés szekvenálása,de novoTranszkripciós hely kommentálása, változó splicing analízis, differenciális expressziós analízis, funkció kommentár és dúsítási elemzés.
Hosszú, nem kódoló RNS-elemzés
A hosszú nem kódoló RNS-ek (LNCRNS) nem kódoló transzkripciók, amelyek hossza hosszabb, mint 200 nt, és ismert, hogy szerepet játszik a kromatinszervezésben és a szabályozásban. A nagy áteresztőképességű szekvenálási technológiák és a bioinformatika felhatalmazták az lncRNS szekvenciáink megértését és a pozicionálási információkat az LNCRNS-ek azonosításához a kritikus szabályozási funkciókkal. Ez a csővezeték lncRNS analízist nyújt az eukarióta mRNS elemzési csővezetékben említett elemzések mellett.
16S/18S/annak amplikon szekvenálása
A mikrobiális sokféleség -elemzési csővezeték amplikon szekvenálását a mikrobiális sokféleség -projekt elemzésében szerzett éves tapasztalatok alapján fejlesztették ki. A csővezeték szabványosított alapvető elemzést tartalmaz, amely lefedi a jelenlegi mikrobiális kutatás és a személyre szabott elemzés mainstream elemzési tartalmát. Az elemzési jelentés gazdag és átfogó, a különféle személyes elemzések elvégzésére. Ezenkívül a minták és csoportok menet közben módosíthatók a további testreszabás és vezérlés érdekében.
Shotgun metagenomikai elemzés
A Shotgun Metagenomic Analysis Pipeline a környezeti mintákból kivont vegyes genomi anyagok NGS -adatait használja. A mellékelt elemzések részletes információkat nyújtanak a fajok sokféleségéről és a bőségről, a populációszerkezetről, a filogenetikai kapcsolatokról, a funkcionális génekről és a korrelációs hálózatokról a környezeti tényezőkkel.
NGS-WGS variáns elemzés
Az NGS-WGS variáns elemzés egy integrált variáns detektálási csővezeték, amely elvégzi az adatminőség-ellenőrzést, a szekvencia-igazítást, a kommentárokat és a génmutáció elemzését. A csővezeték a GATK bevált gyakorlatait követi az SNP és az Indel észlelésére, és a Manta -t használja a szerkezeti változat hívásához.
Genom Wide Association tanulmány (GWAS)
A GWAS csővezeték egy downstream elemzés, amely a korábban generált VCF fájlokat és a megfelelő fenotípus -adatokat veszi az egyének kohorszához bemenetként. Konkrét statisztikai módszertan alkalmazásával a GWAS célja a genomszintű nukleotid variációk feltárása a fenotípusos különbségekkel. Alapvető szerepet játszik a komplex emberi betegségekkel és a növények és állatok bonyolult tulajdonságaival kapcsolatos funkcionális gének feltárásában.
Ömlesztett szegregációs elemzés (BSA)
A BSA elemzése magában foglalja az egyének szélsőséges fenotípusos tulajdonságaival rendelkező egyének összevonását az elkülönítő populációból. Az egyesített minták közötti differenciális lókuszok összehasonlításával ez a megközelítés gyorsan azonosítja a célgénekhez kapcsolódó szorosan összekapcsolt molekuláris markereket. A növények és állatok genetikai feltérképezésében széles körben használják, ez egy értékes eszköz a marker-asszisztens tenyésztéshez.
Evolúciós genetikai elemzés
Az evolúciós genetikai elemzés a munkafolyamat kihasználja a Bmkgene genetikai evolúciós projektekben szereplő széles körű tapasztalatait, és magában foglalja a filogenetikai fa felépítését, a kapcsolatok egyensúlyhiányos elemzését, a genetikai sokféleség értékelését, a szelektív sweep azonosítását, a rokonsági elemzést, a fő komponensek elemzését és a populációszerkezet jellemzését.
