Evolúciós genetika
Szolgáltatási előnyök
Takagi et al.,A Plant Journal, 2013
●Átfogó bioinformatikai elemzés:lehetővé téve a genetikai sokféleség becslését, amely tükrözi a fajok evolúciós potenciálját, és feltárja a fajok közötti megbízható filogenetikai kapcsolatot a konvergens evolúció és a párhuzamos evolúció minimalizált hatásával
●Opcionális testreszabott elemzés: például az eltérési idő és sebesség becslése a nukleotid és az aminosavak szintjén történő variációk alapján.
●Kiterjedt szakértelem- és kiadványrekordok: A Bmkgene több mint 15 éve halmoz fel a népesség és az evolúciós genetikai projektek hatalmas tapasztalatait, amelyek több ezer fajt lefednek stb. Több mint 1000 magas szintű projekthez, amelyet a Nature Communications, a molekuláris növények, a növényi biotechnológiai folyóirat stb.
● Magasan képzett bioinformatikai csapat és rövid elemzési ciklus: Nagyszerű tapasztalatokkal a fejlett genomikai elemzésben, a BMKGene csapata átfogó elemzéseket végez egy gyors átfutási idővel.
● Az értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túlmutat, egy 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási periódussal. Ez idő alatt a projekt nyomon követését, hibaelhárítási támogatást és Q & A üléseket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések kezelésére.
Szolgáltatási előírások és követelmények
| Szekvenálás típusa | Ajánlott népességi skála | Szekvenálási stratégia | Nukleotidkövetelmények |
| Teljes genom szekvenálás | ≥ 30 egyén, ≥ 10 egyed minden alcsoportból
| 10x | Koncentráció: ≥ 1 ng/ µl Teljes összeg ≥ 30 ng Korlátozott vagy nincs degradáció vagy szennyeződés |
| Specifikus-locus amplifikált fragmentum (SLAF) | Címke mélysége: 10x A címkék száma: <400 MB: A WGS ajánlott <1 GB: 100K címkék 1 GB -os > 2 GB: 300K címkék Max 500K címkék | Koncentráció ≥ 5 ng/µl Teljes összeg ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agarózgél: nincs vagy korlátozott lebomlás vagy szennyeződés
|
Szolgáltatási munka folyamat
Kísérleti tervezés
Minta szállítás
Könyvtári felépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A szolgáltatás magában foglalja a populáció szerkezetének (filogenetikai fa, PCA, populációs rétegződés diagramja), a populáció sokféleségének és a populáció kiválasztásának elemzését (összekapcsolási egyensúlyhiány, az előnyös helyek szelektív seprőválasztása). A szolgáltatás magában foglalhatja a testreszabott elemzést (pl. Divergencia -idő, génáramlás).
*Az itt bemutatott bemutató eredmények mind a bmkgene -vel közzétett genomokból származnak
1. Az evolúciós elemzés a filogenetikai fa, a populációszerkezet és a PCA felépítését tartalmazza a genetikai variációk alapján.
A filogenetikai fa taxonómiai és evolúciós kapcsolatokat képvisel a közös ősökkel rendelkező fajok között.
A PCA célja az alpopulációk közötti közelség megjelenítése.
A populációszerkezet azt mutatja, hogy a genetikailag megkülönböztetett alpopuláció jelen van az allélfrekvenciák szempontjából.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2.Selektív seprő
A szelektív sweep olyan folyamatra utal, amelynek során egy előnyös helyet választanak ki, és növekszik a kapcsolt semleges helyek frekvenciái, és csökkennek a nem kapcsolt helyeké, ami a regionális csökkentést eredményezi.
A szelektív seprő régiók genomszintű kimutatását úgy dolgozják fel, hogy kiszámítják a populáció genetikai indexét （π ¢ FST, Tajima D) -ének minden SNP-jének D) -ének egy csúszóablakon belül (100 kb) bizonyos lépésben (10 kb).
Nukleotid sokféleség (π）
Tajima D
Fixációs index (FST)
Wu, et. al.,Molekuláris növény, 2018
3.Gene áramlás
Wu, et. al.,Molekuláris növény, 2018
4.Demográfiai történelem
Zhang, et. al.,Természet ökológia és evolúció, 2021
5.Divergencia idő
Zhang, et. al.,Természet ökológia és evolúció, 2021
Fedezze fel a Bmkgene evolúciós genetikai szolgáltatásainak elősegített előrelépéseit a publikációk kurátus gyűjteményén keresztül:
HASSANYAR, AK et al. (2023) „Az SNP molekuláris markerek és a Sacbrood vírusrezisztenciájával kapcsolatos jelölt gének felfedezése az API Cerana cerana lárvákban a teljes genom resequencing által”,Nemzetközi Molekuláris Sciences folyóirat, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et al. (2022) „Egy vad, genetikailag tiszta kínai óriás felfedezése új megőrzési lehetőségeket teremt”,Állattani kutatás, 2022, vol. 43, 3. kiadás, Oldalak: 469-480, 43 (3), 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) „A filogeográfiai mintázat és a populáció evolúciója az őslakos Elymus Sibiricus L.-ről a Qinghai-tibetan-fennsíkon”,Határok a növénytudományban, 13. o. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/BiBTEX.
Wang, J. et al. (2022) „Genomi betekintés a longan-evolúcióba a kromoszóma szintű genomegységből és a longán csatlakozások népességének genomikájából”,Kertészeti kutatás, 9. doi: 10.1093/hr/uhac021.
