Eukarióta mRNS Sequencing-NGS
Jellemzők
● Poli mRNS befogása a könyvtár előkészítése előtt
● Opcionális irányított mRNS-könyvtár előkészítés a szál-specifikus szekvenálási adatok megszerzéséhez
● A génexpresszió és a transzkriptum szerkezetének bioinformatikai elemzése
Előnyök
●Széleskörű Szakértelem: Csapatunk több mint 600 000 mintát dolgozott fel a BMKgene-nél, amelyek különböző mintatípusokat ölelnek fel, mint például sejtkultúrák, szövetek és testnedvek. Rengeteg tapasztalatot hozunk minden projektbe, és több mint 100 000 mRNA-Seq projektet fejeztünk be sikeresen különböző kutatási területeken.
●Szigorú minőségellenőrzés: Az alapvető ellenőrzési pontokat minden szakaszban megvalósítjuk, a minta- és könyvtár-előkészítéstől a szekvenálásig és a bioinformatikáig. Ez az aprólékos felügyelet biztosítja a folyamatosan jó minőségű eredményeket, biztosítva Önt, hogy projektje megbízható kezekben van.
●Átfogó megjegyzés: Több adatbázist használunk a differenciálisan kifejezett gének (DEG) funkcionális annotálásához és a megfelelő dúsítási elemzések elvégzéséhez. Ez az átfogó megközelítés betekintést nyújt a transzkripciós válasz mögött meghúzódó sejtes és molekuláris folyamatokba, biztosítva, hogy teljes körűen tájékozódjon projektje eredményeiről.
●Értékesítés utáni támogatás: Elkötelezettségünk túlmutat a projekt befejezésén, 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási időszakkal. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdés-feleleteket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásához.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| Poly A dúsított | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás | |
| Szabványos könyvtár | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növényeknél: RIN≥4,0; Állatok esetében: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
| Irányító könyvtár | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növényeknél: RIN≥4,0; Állatok esetében: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
● Növények:
Gyökér, szár vagy szirom: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
●Állati:
Szív vagy belek: 300 mg
Zsigerek vagy agy: 240 mg
Izom: 450 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 6g
Rákfélék: 300 mg
● Teljes vér: 1 tubus
● Sejtek: 106 sejteket
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+másolat pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.....
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-táblás csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
Szerviz munkafolyamat
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
eukarióta mRNS szekvenálás elemzési munkafolyamat
Bioinformatika
ØNyers adatok minőségének ellenőrzése
ØReferencia genom-illesztés
ØÁtiratszerkezet-elemzés
ØKifejezés mennyiségi meghatározása
ØDifferenciális kifejezés elemzés
ØFunkció annotáció és gazdagítás
Referencia Genom Alignment
Adattelítettség
Mintakorreláció és biológiai ismétlődések értékelése
Differenciálisan expresszált gének (DEG)
A DEG-ek funkcionális annotációja
DEG-ek funkcionális dúsítása
Fedezze fel a BMKGene eukarióta NGS mRNS szekvenálási szolgáltatásai által elősegített előrelépéseket egy összeállított publikációgyűjtemény segítségével.
Huang, L. et al. (2023) „A triklozán és a triklokarbán gyengíti az aranyhalak szaglási kapacitását azáltal, hogy korlátozza a szagfelismerést, megzavarja a szaglási jelátvitelt és zavarja a szaglási információfeldolgozást”, Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) „Az Aspergillus fumigatus eltéríti az emberi p11-et, hogy a gombatartalmú fagoszómákat a nem lebontó útvonalra irányítsa”, Cell Host & Microbe, 31(3), 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) „TCP-transzkripciós faktorok a bambusz hajtásainak fejlődésében (Dendrocalamus latiflorus Munro)”, Frontiers in Plant Science, 13. o. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) „A Chrysanthemum lavandulifolium genomja és a különféle capitulum-típusok mögött meghúzódó molekuláris mechanizmus”, Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) „Kaszkád nanoreaktor a vastag- és végbélrák szonodinamikai terápiájának fokozására a szinergikus ROS augment és az autofágia blokkolása révén”, Nano Today, 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
