Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - PacBio
Jellemzők
● cDNS szintézis poli-A mRNS-ből, majd könyvtár készítés
● Szekvenálás CCS módban, HiFi leolvasások generálása
● A teljes hosszúságú átiratok szekvenálása
● Az elemzéshez nincs szükség referencia genomra; azonban alkalmazható
● A bioinformatikai elemzés lehetővé teszi az lncRNS izoforma transzkriptumainak, a génfúziók, a poliadeniláció és a génszerkezet elemzését.
Szolgáltatás előnyei
●Nagy pontosságú: HiFi 99,9%-os pontossággal olvas (Q30), az NGS-hez hasonlítható
● Alternatív Splicing Analysis: a teljes transzkriptum szekvenálása lehetővé teszi az izoforma azonosítását és jellemzését
●Széleskörű Szakértelem: több mint 1100 PacBio teljes hosszúságú átírási projekt befejezésével és több mint 2300 minta feldolgozásával csapatunk rengeteg tapasztalattal rendelkezik minden projektben.
●Értékesítés utáni támogatás: elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási időszakkal terjed ki. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdés-feleleteket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásához.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| PolyA-val dúsított mRNS CCS könyvtár | PacBio folytatása II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
● Növények:
Gyökér, szár vagy szirom: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
● Állat:
Szív vagy belek: 300 mg
Zsigerek vagy agy: 240 mg
Izom: 450 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 6g
Rákfélék: 300 mg
● Teljes vér: 1 tubus
● Cellák: 106 sejteket
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növényeknél: RIN≥7,5; Állatok esetében: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+másolat pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
Szerviz munkafolyamat
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A következő elemzést tartalmazza:
● Nyers adatok minőségének ellenőrzése
● Alternatív poliadenilációs elemzés (APA)
● Fúziós átirat-elemzés
● Alternatív Splicing Analysis
● Benchmarking univerzális egypéldányos ortológus (BUSCO) elemzés
● Új transzkriptanalízis: kódoló szekvenciák (CDS) előrejelzése és funkcionális annotáció
● lncRNS elemzés: lncRNS és célpontok előrejelzése
● MicroSatelite Identification (SSR)
BUSCO elemzés
Alternatív illesztési elemzés
Alternatív poliadenilációs elemzés (APA)
Regényátiratok funkcionális annotációja
Fedezze fel a BMKGene Nanopore teljes hosszúságú mRNS-szekvenáló szolgáltatása által elősegített fejlesztéseket ebben a kiemelt kiadványban.
Ma, Y. et al. (2023) „A PacBio és az ONT RNS szekvenálási módszereinek összehasonlító elemzése a Nemopilema Nomurai méreg azonosításához”, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) „A Populus szár transzkriptumának fejlődési dinamikája”, Plant Biotechnology Journal, 17(1), 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) „Az aszkorbinsavtartalom dinamikus változásai az Actinidia latifolia (aszkorbátban gazdag gyümölcstermés) gyümölcsfejlődése és érése során, valamint a kapcsolódó molekuláris mechanizmusok”, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) „A bioaktív polifillinekben részt vevő bioszintetikus útvonalgének hatékony előrejelzése Paris polyphylla-ban”, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) „A Tuta absoluta (Meyrick) transzkriptom és a citokróm P450 gének kombinált PacBio Iso-Seq és Illumina RNS-Seq elemzése”, Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) „A transzkriptom komplexitásának felmérése PacBio egymolekula valós idejű elemzésével Illumina RNS szekvenálással kombinálva a ricinolsav bioszintézisének jobb megértése érdekében Ricinus communisban”, BMC Genomics, 20(1), 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
