Összehasonlító genomika
Szolgáltatási előnyök
●Kiterjedt szakértelem- és kiadványrekordok: A felhalmozódott Bmkgene több mint 90 összehasonlító genomikai projektet végzett, a kumulatív ütközési tényező elérte a 900 -at.
●Átfogó bioinformatikai elemzés: Az Analyses csomag tartalmazza a nyolc leggyakrabban szükséges elemzést, jól megtervezett, készenléti adatokkal és az eredmények egyszerű értelmezésének lehetővé tételével
●Magasan képzett bioinformatikai csapat és rövid elemzési ciklus: Nagyszerű tapasztalattal az összehasonlító genomikai elemzésben, a BMKGene csapata rövid, rövid fordulási idő alatt teljesíti a különféle személyre szabott elemzési követelményeket
●Az értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túlmutat, egy 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási periódussal. Ez idő alatt a projekt nyomon követését, hibaelhárítási támogatást és Q & A üléseket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések kezelésére.
Szolgáltatási előírások
| Becsült fordulási idő | Fajok száma | Elemzések |
| 30 munkanap | 6 - 12 | Géncsalád klaszterezés Géncsalád bővítése és összehúzódása Filogenetikai faépítés Divergencia -idő becslése (fosszilis kalibrálás szükséges) LTR beillesztési idő (növények számára) Teljes genom másolat (növények számára) Szelektív nyomás Szintetikus elemzés |
Bioinformatikai elemzések
● Géncsalád
● filogenetika
● Az eltérési idő
● Szelektív nyomás
● Szintetikus elemzés
Minta követelmények és szállítási követelmények
Minta követelmények:
Szövet vagy DNS a genom szekvenálásához és összeállításához
Szövetre
| Faj | Szövet | Felmérés | Pacbio CCS |
| Állati | Zsigeri szövet | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Izomszövet | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Emlős vér | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Baromfi/hal vér | |||
| Növény | Friss levél | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Szirom/szár | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Gyökér/mag | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Sejtek | Tenyésztett sejt | - | ≥ 1 x 108 |
Adat
A szorosan rokon fajok genom szekvencia fájljai (.fasta) és annotációs fájlok (.gff3)
Szolgáltatási munka folyamat
Kísérleti tervezés
Minta szállítás
Könyvtári felépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
*Az itt bemutatott bemutató eredmények mind a Biomarker Technologies -val közzétett genomokból származnak
1.LTR beszúrási időbecslés: Az ábra egyedülálló bimodális eloszlást mutatott az LTR-RTS beillesztési időkben a Weining rozs genomjában, összehasonlítva más fajokkal. A legutóbbi csúcs körülbelül 0,5 millió évvel ezelőtt jelent meg.
Li Guang et al.,Természetgenetika, 2021
2. A Chayote (SeChium Edule) filogén és géncsalád -elemzése: A Chayote és a többi 13 rokon faj elemzésével a géncsaládban a Chayote -t a legszorosabban kapcsolódtak a kígyó tökhöz (Trichosananthes Anguina). A kígyó tökből származó chayote-t kb. 27-45 mya és a teljes genom duplikáció (WGD) esetében a Chayote-ban megfigyeltük 25 ± 4 MYA-ban, amely a Cucuibitaceae harmadik WGD-eseménye.
Fu A et al.,Kertészeti kutatás, 2021
3.Syntenzia elemzés: A gyümölcsfejlesztésben a fitohormonokhoz kapcsolódó néhány gént a Chayote, a Snake tök és a tök. A chayote és a tök közötti összefüggés valamivel magasabb, mint a chayote és a kígyó tök között.
Fu A et al.,Kertészeti kutatás, 2021
4.GENE CSALÁDI ELEMZÉS: KEGG dúsítás a géncsalád -terjeszkedésről és a összehúzódásról a G.Thurberi és a G.Davidsonii genomokban, kimutatták, hogy a szteroid bioszintézis és a brassinosteroid bioszintézishez kapcsolódó gének kibővültek.
Yang Z et al.,BMC biológia, 2021
5.Whole Genome Duplication Analysis: A 4DTV és KS eloszlás elemzése teljes genom -duplikációs eseményt mutatott. A masszív csúcsok duplikációs eseményeket mutattak. A fajok közötti csúcsok a specifikációs eseményeket mutatták. Az elemzés azt mutatta, hogy a másik három szorosan rokon fajhoz viszonyítva az O. Europaea a közelmúltban nagyszabású géndupláción ment keresztül.
Rao G et al.,Kertészeti kutatás, 2021
BMK -eset
Rózsa szúró nélkül: A nedvesség adaptációjához kapcsolódó genomi betekintés
Közzétett: Nemzeti tudomány áttekintés, 2021
Szekvenálási stratégia:
- Basye'sTüskék nélküli'(R.Wichurainan) Genom:
Kb. 93 x Pacbio + kb. 90 x Nanopore + 267 x Illumina
Kulcsfontosságú eredmények
1. Nagy minőségű R.Wichuraiana genomot készítettünk hosszú olvasási szekvenálási technikák alkalmazásával, amelyek 530,07 MB összeszerelést eredményeznek (a becsült genomméret körülbelül 525,9 MB volt az áramlási citometriával és 525,5 a genom felmérésével. ； A heterozygosositás körülbelül 1,03%volt). A Busco becsült pontszáma 93,9%volt. Összehasonlítva a „Old Blush” -val (Haploob), ennek a genomnak a minőségét és teljességét megerősítették az egybázisú bázis pontosság és az LTR összeszerelési index (LAI = 20.03). Az R.Wichuraiana genom 32 674 fehérjét kódoló gént tartalmaz.
2. A Multi-Omics ízületi elemzése, amely összehasonlító genomikából, transzkriptomikából, genetikai populáció QTL elemzéséből áll, feltárta az R. wichuraiana és a Rosa chinensis közötti kritikus specifikációt. Ezenkívül a rokon gének expressziós variációja a QTL -ben valószínűleg társul a szár tüskés mintázatához.
Összehasonlító genomikai anaysis Basye tompa és Rosa chinensis között, beleértve a szintetikus elemzést, a géncsalád klaszterét, a bővítést és a kontrakciós elemzést, nagy számú variációt tártak fel, amelyek a rózsák kritikus tulajdonságaihoz kapcsolódtak. A NAC és a FAR1/FRS géncsalád egyedi terjeszkedése valószínűleg a fekete folt elleni rezisztenciahoz kapcsolódott.
Összehasonlító genomikai elemzés a BT és a Haploob genomok között.
Zhong, M., et al. „Rose szúró nélkül: A nedvesség adaptációjához kapcsolódó genomi betekintés”Nemzeti tudomány áttekintés, 2021 ;, NWAB092.
