Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Termékek

BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome

A térbeli transzkriptomika a tudományos innováció élvonalában áll, lehetővé téve a kutatók számára, hogy a szöveteken belüli bonyolult génexpressziós mintákba mélyedjenek, miközben megőrzik azok térbeli kontextusát. A BMKGene különféle platformok között fejlesztette ki a BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chipet, amely 3,5 µm-es megnövelt felbontással büszkélkedhet, eléri a szubcelluláris tartományt, és többszintű felbontási beállításokat tesz lehetővé. A hozzávetőleg 4 millió folttal rendelkező S3000 chip mikrolyukakat alkalmaz, amelyek gyöngyökkel vannak rétegezve, és térben vonalkódolt rögzítő szondákkal vannak feltöltve. Az S3000 chipből térbeli vonalkódokkal dúsított cDNS-könyvtárat készítenek, majd az Illumina NovaSeq platformon szekvenálják. A térben vonalkódolt minták és UMI-k kombinációja biztosítja a generált adatok pontosságát és specifikusságát. A BMKManu S3000 chip rendkívül sokoldalú, többszintű felbontási beállításokat kínál, amelyek finoman beállíthatók a különböző szövetekhez és a kívánt részletszintekhez. Ez az alkalmazkodóképesség a chipet kiemelkedő választássá teszi a különféle térbeli transzkriptomikai vizsgálatokhoz, precíz térbeli klaszterezést biztosítva minimális zajjal. A sejtszegmentációs technológia alkalmazása a BMKManu S3000-nél lehetővé teszi a transzkripciós adatok lehatárolását a sejtek határaiig, ami közvetlen biológiai jelentéssel bíró elemzést eredményez. Ezenkívül az S3000 jobb felbontása sejtenként nagyobb számú gént és UMI-t eredményez, ami lehetővé teszi a térbeli transzkripciós minták és a sejtek klaszterezésének sokkal pontosabb elemzését.


Szolgáltatás részletei

Bioinformatika

Demo eredmények

Az S3000 és az S1000 közötti különbségek

BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Technical Scheme

未标题-1-01(1)

Jellemzők

- Felbontás: 3,5 µM

- Folt átmérő: 2,5 µM

- A foltok száma: körülbelül 4 millió

- 3 lehetséges rögzítési terület formátum: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm vagy 15 mm * 20 mm

- Minden vonalkódos gyöngy 4 részből álló alapozóval van feltöltve:

• poli(dT) farok mRNS indításhoz és cDNS szintézishez,

• Egyedi molekuláris azonosító (UMI) az amplifikációs torzítás korrigálására

• Térbeli vonalkód

• A részleges leolvasás 1 szekvenáló primer kötési szekvenciája

- A metszetek H&E és fluoreszcens festése

- Sejtszegmentációs technológia alkalmazásának lehetősége: H&E festés, fluoreszcens festés és RNS szekvenálás integrálása az egyes sejtek határainak meghatározásához és a génexpresszió helyes hozzárendeléséhez az egyes sejtekhez. Feldolgozás downstream Térbeli profilalkotási elemzés cellatároló alapján.

- Lehetséges többszintű felbontáselemzés: Rugalmas, többszintű elemzés 100 um és 3,5 um között a különböző szöveti jellemzők optimális felbontású feloldása érdekében.

A BMKMANU S3000 előnyei

-A rögzítési helyek megduplázódása 4 millióra: 3,5 uM-os javított felbontással, ami sejtenként magasabb gén- és UMI-detektálást eredményez. Ez a sejtek jobb klaszterezését eredményezi a transzkripciós profilok alapján, finomabb részletekkel, amelyek illeszkednek a szövetek szerkezetéhez.

 asd (2)

- Szubcelluláris felbontás:Mindegyik rögzítési terület több mint 2 millió térbeli vonalkódolt foltot tartalmazott, amelyek átmérője 2,5 µm, és a foltközpontok közötti távolság 5 µm, lehetővé téve a térbeli transzkriptom elemzést szubcelluláris felbontással (5 µm).

-Többszintű felbontáselemzés:Rugalmas többszintű analízis 100 μm és 5 μm között a különféle szöveti jellemzők optimális felbontású feloldásához.

-Lehetőség a „Három az egy diában” cellaszegmentációs technológia használatára:A fluoreszcens festést, a H&E festést és az RNS szekvenálást egyetlen tárgylemezen kombinálva "három az egyben" elemzési algoritmusunk lehetővé teszi a sejthatárok azonosítását a későbbi sejtalapú transzkriptomika számára.

-Több szekvenáló platformmal kompatibilis: NGS és hosszú olvasási szekvenálás is elérhető.

-Rugalmas kialakítás 1-8 aktív rögzítési területtel: a rögzítési terület mérete rugalmas, 3 formátum használható (6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm és 15 mm * 20 mm)

-Egyablakos szolgáltatás: integrálja az összes tapasztalaton és készségen alapuló lépést, beleértve a kriometszetet, a festést, a szövetoptimalizálást, a térbeli vonalkódolást, a könyvtár-előkészítést, a szekvenálást és a bioinformatikát.

-Átfogó bioinformatika és az eredmények felhasználóbarát megjelenítése:A csomag 29 elemzést és 100+ kiváló minőségű adatot tartalmaz, a házon belüli fejlesztésű szoftverrel kombinálva a sejtfelosztás és a spot klaszterezés vizualizálására és testreszabására.

-Személyre szabott adatelemzés és megjelenítés: különböző kutatási igényekhez elérhető

-Magasan képzett technikai csapat: több mint 250 szövettípusban és 100+ fajban szerzett tapasztalattal, beleértve az embert, egeret, emlőst, halat és növényt.

-Valós idejű frissítések a teljes projektről: a kísérleti folyamat teljes ellenőrzésével.

-Opcionális közös analízis egysejtű mRNS szekvenálással

Szolgáltatási specifikációk

Mintakövetelmények Könyvtár Szekvenálási stratégia Adatok ajánlott Minőségellenőrzés

OCT-beágyazott kriominták

(Optimális átmérő: kb.

6×6×6 mm³)

2 blokk mintánként

1 a kísérlethez, 1 a biztonsági mentéshez

S3000 cDNS könyvtár Illumina PE150 160K PE olvasás 100υM-enként (250 Gb) RIN > 7

A mintakészítési útmutatóval és a szervizmunkafolyamattal kapcsolatos további részletekért forduljon bizalommal a

Szerviz munkafolyamat

A minta-előkészítési fázisban egy kezdeti ömlesztett RNS extrakciós kísérletet végeznek, hogy biztosítsák a jó minőségű RNS beszerzését. A szövetoptimalizálási szakaszban a metszeteket megfestik és láthatóvá teszik, és optimalizálják a szövetből történő mRNS-kibocsátáshoz szükséges permeabilizációs feltételeket. Az optimalizált protokollt ezután a könyvtár felépítése során alkalmazzák, majd szekvenálást és adatelemzést végeznek.

A teljes szolgáltatási munkafolyamat valós idejű frissítéseket és ügyfél-megerősítéseket foglal magában, hogy fenntartsák a reagáló visszacsatolási hurkot, biztosítva a projekt zökkenőmentes végrehajtását.

 

图片1

  • Előző:
  • Következő:

  • asd (1)

    A BMKMANU S3000 által generált adatok elemzése a BMKGENE által önállóan tervezett „BSTMatrix” szoftverrel történik, amely sejtszintű és többszintű felbontású Gene Expression Matrixot generál. Innen egy szabványos jelentés jön létre, amely magában foglalja az adatminőség-ellenőrzést, a belső mintaelemzést és a csoportok közötti elemzést.

    - Adatminőség-ellenőrzés:

    - Adatkiadás és minőségi pontszám megoszlása

    - Géndetektálás foltonként

    - Szövet fedettség

    - Belső minta elemzés:

    - Géngazdagság

    - Spot klaszterezés, beleértve a csökkentett dimenziós elemzést

    - Differenciál expressziós elemzés a klaszterek között: marker gének azonosítása

    - Marker gének funkcionális annotációja és gazdagítása

    - Csoportközi elemzés

    - Mindkét mintából (pl. beteg és kontroll) származó foltok újrakombinációja és újracsoportosítása

    - Az egyes klaszterek markergének azonosítása

    - Marker gének funkcionális annotációja és gazdagítása

    - Ugyanannak a klaszternek a csoportok közötti differenciális kifejezése

    Ezenkívül a BMKGene által kifejlesztett „BSTViewer” egy felhasználóbarát eszköz, amely lehetővé teszi a felhasználó számára a génexpresszió és a foltcsoportok különböző felbontású megjelenítését.

    asd (2)

    asd (3)

     

    A BMKGene térbeli profilalkotási szolgáltatásokat kínál precíz egycellás felbontással (cellatárolón vagy többszintű négyzetes tárolón alapul, 100 um és 3,5 um között).

     

    Az S3000 tárgylemezen lévő szövetmetszetek térbeli profilozási adatai jól teljesítettek az alábbiak szerint.

    1. esettanulmány: Egér agy

    xv (1)

    Az S3000-es egéragy metszet elemzése ~94 000 sejt azonosítását eredményezte, sejtenként ~2000 gén medián szekvenálása mellett. A 3,5 uM-os javított felbontás a sejtek nagyon részletes, transzkripciós mintákon alapuló klaszterezését eredményezte, és a sejtcsoportok az agy differenciált struktúráit utánozták. Ez könnyen megfigyelhető, ha megjelenítjük az oligodendrocitákként és mikrogliasejtekként csoportosuló sejtek eloszlását, amelyek szinte kizárólag a szürke-, illetve a fehérállományban találhatók.

     

    xv (1)

    2. esettanulmány: Egér embrió

    xv (1)

    Egy egérembrió metszet S3000-nel végzett elemzése ~2200 000 sejt azonosítását eredményezte, sejtenként ~1600 gén medián szekvenálása mellett. A 3,5 uM-os javított felbontás a sejtek nagyon részletes, transzkripciós mintákon alapuló klaszterezését eredményezte, 12 klaszterrel a szem területén és 28 klaszterrel az agy területén.

    xv (1)

    Belső mintaelemzési cellacsoportosítás:

    xv (1)

    Marker gének azonosítása és térbeli eloszlása:

    xv (1)

    - Nagyobb szubcelluláris felbontás: Az S1000 tárgylemezhez képest az S3000 minden rögzítési területe több mint 4 millió térbeli vonalkódolt foltot tartalmazott, amelyek átmérője 2,5 µm, és a foltközéppontok közötti távolság 3,5 µm, lehetővé téve a térbeli transzkriptom elemzést nagyobb szubcelluláris felbontással (négyzetes rekesz: 3,5 µm).

    - Magasabb rögzítési hatékonyság: az S1000 slide-hoz képest a Median_UMI 30%-ról 70%-ra, a Median_Gene 30%-ról 60%-ra nő

    Az S1000 chip séma:

    asd (1)

    Az S3000 chip séma:

    asd (2)

    kérjen árajánlatot

    Írja ide üzenetét és küldje el nekünk

    Küldje el nekünk üzenetét: