BMKMANU S1000 térbeli átírás
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Jellemzők
● Felbontás: 5 µM
● Folt átmérő: 2,5 µM
● Foltok száma: körülbelül 2 millió
● 3 lehetséges rögzítési terület formátum: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm vagy 15 mm * 20 mm
● Minden vonalkódos gyöngy 4 részből álló alapozóval van feltöltve:
poli(dT) farok mRNS indításhoz és cDNS szintézishez
Egyedi molekuláris azonosító (UMI) az amplifikációs torzítás korrigálására
Térbeli vonalkód
A részleges leolvasás 1 szekvenáló primer kötőszekvenciája
● A metszetek H&E és fluoreszcens festése
● Használati lehetőségsejtszegmentációs technológia: H&E festés, fluoreszcens festés és RNS szekvenálás integrálása az egyes sejtek határainak meghatározásához és a génexpresszió helyes hozzárendeléséhez az egyes sejtekhez.
A BMKMANU S1000 előnyei
●Szubcelluláris felbontás: Minden rögzítési terület több mint 2 millió térbeli vonalkódolt foltot tartalmazott, amelyek átmérője 2,5 µm, és a foltközpontok között 5 µm távolság volt, lehetővé téve a térbeli transzkriptom elemzést szubcelluláris felbontással (5 µm).
●Többszintű felbontáselemzés:Rugalmas többszintű analízis 100 μm és 5 μm között a különféle szöveti jellemzők optimális felbontású feloldásához.
● Lehetőség a „Három az egy diában” sejtszegmentációs technológia használatára:A fluoreszcens festést, a H&E festést és az RNS szekvenálást egyetlen tárgylemezen kombinálva "három az egyben" elemzési algoritmusunk lehetővé teszi a sejthatárok azonosítását a későbbi sejtalapú transzkriptomika számára.
●Több szekvenáló platformmal kompatibilis: NGS és hosszú olvasási szekvenálás egyaránt elérhető.
●1-8 aktív rögzítési terület rugalmas kialakítása: A rögzítési terület mérete rugalmas, 3 formátum használható (6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm és 15 mm * 20 mm)
●Egyablakos szolgáltatás: Integrálja az összes tapasztalaton és készségen alapuló lépést, beleértve a kriometszetet, a festést, a szövetoptimalizálást, a térbeli vonalkódolást, a könyvtár-előkészítést, a szekvenálást és a bioinformatikát.
●Átfogó bioinformatika és az eredmények felhasználóbarát megjelenítése:A csomag 29 elemzést és 100+ kiváló minőségű adatot tartalmaz, a házon belüli fejlesztésű szoftverrel kombinálva a sejtfelosztás és a spot klaszterezés vizualizálására és testreszabására.
●Személyre szabott adatelemzés és megjelenítés: különböző kutatási igényekhez elérhető
●Magasan képzett műszaki csapat: több mint 250 szövettípusban és 100+ fajban szerzett tapasztalattal, beleértve az embert, egeret, emlőst, halat és növényt.
●Valós idejű frissítések a teljes projektről: a kísérleti folyamat teljes ellenőrzésével.
●Opcionális ízületi elemzés egysejtű mRNS-szekvenálás segítségével
Szolgáltatási specifikációk
|
Minta Követelmények
| Könyvtár |
Szekvenálási stratégia
| Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| OCT-beágyazott kriominták, mintánként 3 blokk | S1000 cDNS könyvtár | Illumina PE150 (más platformok is elérhetők) | 100K PE olvasás 100 uM-enként (60-150 Gb) | RIN>7 |
A mintakészítési útmutatóval és a szervizmunkafolyamattal kapcsolatos további részletekért forduljon bizalommal aBMKGENE szakértő
Szerviz munkafolyamat
A minta-előkészítési fázisban egy kezdeti ömlesztett RNS extrakciós kísérletet végeznek, hogy biztosítsák a jó minőségű RNS beszerzését. A szövetoptimalizálási szakaszban a metszeteket megfestik és láthatóvá teszik, és optimalizálják a szövetből történő mRNS-kibocsátáshoz szükséges permeabilizációs feltételeket. Az optimalizált protokollt ezután a könyvtár felépítése során alkalmazzák, majd szekvenálást és adatelemzést végeznek.
A teljes szolgáltatási munkafolyamat valós idejű frissítéseket és ügyfél-megerősítéseket foglal magában, hogy fenntartsák a reagáló visszacsatolási hurkot, biztosítva a projekt zökkenőmentes végrehajtását.
A BMKMANU S1000 által generált adatok elemzése a BMKGENE által önállóan tervezett „BSTMatrix” szoftverrel történik, amely egy Gene Expression Matrixot generál. Innen egy szabványos jelentés készül, amely magában foglalja az adatminőség-ellenőrzést, a belső mintaelemzést és a csoportok közötti elemzést.
● Adatminőség-ellenőrzés:
Adatkiadás és minőségi pontszám eloszlás
Géndetektálás foltonként
A szövetek lefedettsége
● Belső mintaelemzés:
Géngazdagság
Spot klaszterezés, beleértve a csökkentett dimenziós elemzést
A klaszterek közötti differenciális expressziós elemzés: markergének azonosítása
Markergének funkcionális annotációja és gazdagítása
● Csoportközi elemzés:
Mindkét mintából (pl. beteg és kontroll) származó foltok újrakombinációja és újracsoportosítása
Az egyes klaszterek markergének azonosítása
Markergének funkcionális annotációja és gazdagítása
Ugyanannak a klaszternek a csoportok közötti differenciális kifejezése
Ezenkívül a BMKGENE által kifejlesztett „BSTViewer” egy felhasználóbarát eszköz, amely lehetővé teszi a felhasználó számára a génexpresszió és a foltcsoportok különböző felbontású megjelenítését.
A BMKGene szoftvert fejlesztett ki a felhasználóbarát megjelenítéshez
BSTViewer spot klaszterezés többszintű felbontásban
BSTCellViewer: automatikus és kézi cellafelosztás
Belső minta elemzés
Spot klaszterezés:
Marker gének azonosítása és térbeli eloszlása:
Csoportközi elemzés
Adatkombináció mindkét csoportból és az újrafürtből:
Új klaszterek marker génjei:
Fedezze fel a BMKGene térbeli transzkriptomikai szolgáltatásai által a BMKManu S1000 technológiával végzett fejlesztéseket ebben a kiemelt kiadványban:
Song, X. et al. (2023) „A térbeli transzkriptomika fény által indukált chlorenchyma sejteket tár fel, amelyek részt vesznek a hajtásregeneráció elősegítésében paradicsomkalluszban”Proceedings of the National Academy of Sciences of Amerikai Egyesült Államok, 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Ön, Y. et al. (2023) „A szekvenáláson alapuló térbeli transzkriptomikai módszerek szisztematikus összehasonlítása”,bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
