De novo bakteriális genom összeállítás
Komplett bakteriális genom összeszerelési szolgáltatást nyújtunk, 0 hézagot garantálva. Ez a hosszú olvasási szekvenálási technológiák integrálásával lehetséges, mint például a Nanopore és a PacBio az összeszereléshez, valamint a rövid olvasási szekvenálás az Illumina-val az összeállítás ellenőrzéséhez és az ONT-olvasások hibajavításához. Szolgáltatásunk a teljes bioinformatikai munkafolyamatot biztosítja az összeszereléstől, a funkcionális annotációtól és a fejlett bioinformatikai elemzéstől kezdve, konkrét kutatási célokat teljesítve. Ez a szolgáltatás lehetővé teszi precíz referenciagenomok kifejlesztését különböző genetikai és genomikai vizsgálatokhoz. Ezenkívül olyan alkalmazások alapját képezi, mint a törzsoptimalizálás, a géntechnológia és a mikrobiológiai technológia fejlesztése, biztosítva a megbízható és hiányosságoktól mentes genomikai adatokat, amelyek elengedhetetlenek a tudományos betekintés és a biotechnológiai innováció előmozdításához.
Szolgáltatási jellemzők
● Két lehetőség közül választhat a genom teljességének kívánt fokától függően.
● Draft Genome Option: Rövid leolvasású szekvenálás az Illumina NovaSeq PE150 segítségével.
● Teljes 0 gap genomot.
● Hosszú olvasottságú szekvenálás Nanopore PromethION 48-on vagy PacBio Revio-n a genom összeállításához.
● Rövid leolvasású szekvenálás az Illumina NovaSeq-en a genom érvényesítéséhez és hibajavításhoz (Nanopore), vagy genomvázlat generálásához.
Szolgáltatás előnyei
●Zero-Gap genom garantált: Ez az Illumina szekvenálás és a hosszú olvasási szekvenálás integrálásának köszönhető (Nanopore vagy PacBio).
●Teljes bioinformatikai munkafolyamat:Ez magában foglalja a genom összeállítását és több genomiális elem előrejelzését, a funkcionális génannotációt és a genom vizualizációkat, mint például a Circos plot.
●Széleskörű Szakértelem: A több mint 20 000 összeállított mikrobiális genommal a BMKGENE több mint egy évtizedes tapasztalattal, magasan képzett elemzőcsapattal, átfogó tartalommal és kiváló értékesítés utáni támogatással rendelkezik.
●Értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási időszakkal terjed ki. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdés-feleleteket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásához.
●Többféle szekvenálási stratégia elérhető:Különböző kutatási célokhoz és a genom teljesség követelményeihez.
Szolgáltatási specifikációk
| Szolgáltatás | Szekvenálási stratégia |
| Vázlat genom | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opcionális) |
Mintakövetelmények:
| Koncentráció (ng/µL) | Teljes mennyiség (µg) | Térfogat (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Baktériumok: ≥3,5x1010 sejteket
Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A következő elemzést tartalmazza:
● Sorozati adatminőség-ellenőrzés
● Genome Assembly
● Genome Component Analysis: CDS és több genomi elem előrejelzése
● Funkcionális annotáció több általános adatbázissal (GO, KEGG stb.) és fejlett adatbázisokkal (CARD, VFDB stb.)
● Genome Visualization
A genomot könnyen hozzáférhető fasta formátumban és a genom annotációs fájlt (gff) biztosítjuk.
Gén annotáció – GO
Gén annotáció – CAZY szénhidrátok
Genomvizualizáció – Circos telek
Fedezze fel a BMKGene bakteriális genom-összeállítási szolgáltatásai által elősegített fejlesztéseket egy összeállított kiadványgyűjtemény segítségével.
Dai, W. et al. (2023) „A Bacteroides uniformis F18-22 felfedezése biztonságos és újszerű probiotikus baktériumként az egészséges emberi vastagbél fekélyes vastagbélgyulladásának kezelésére”,International Journal of Molecular Sciences, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) „BlaOXA-1-et és blaNDM-1-et hordozó, több gyógyszerrel szemben ellenálló Proteus mirabilis izolátumok vadon élő állatokból Kínában: növekvő közegészségügyi kockázat”,Integratív állattan, 16(6), 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT és mtsai. (2017) „A Bacillus flexus KLBMP 4941 endofita teljes genomszekvenciája feltárja növényi növekedést elősegítő mechanizmusát és a sótolerancia genetikai alapját”,Journal of Biotechnology, 260, 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) „A Klebsiella többszörös replikon rezisztencia plazmidjai az antimikrobiális gének kiterjedt elterjedését közvetítik”,A mikrobiológia határai, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
