Amplikon szekvenálás (16S/18S/ITS)

Az amplikon (16S/18S/ITS) szekvenálás az Illuminával egy módszer a mikrobiális sokféleség elemzésére azáltal, hogy a mikrobiális profilokat szekvenciáik alapján azonosítja, majd megpróbálja megfejteni a közösség gazdagságát és sokféleségét az egyes mintákon és a minták között. A BMKCloud Amplicon (NGS) csővezeték lehetővé teszi a 16, 18S, ITS és több funkcionális gének elemzését. Az olvasásvágás, a páros végű olvasás összeszerelésével és a minőség-értékeléssel kezdődik, amelyet hasonló olvasmányok csoportosítása követ az operatív taxonómiai egységek (OTU-k) előállításához, amelyet hat különböző elemzési szakaszban használtak. A taxonómiai annotáció információt nyújt az egyes minták relatív bőségéről és összetételéről, míg az alfa és a béta sokféleség elemzése a mintákon belüli és azok között a mikrobiális sokféleségre összpontosít. A csoportok közötti differenciális elemzés olyan OTU-kat talál, amelyek mind a parametrikus, mind a nem paraméteres tesztek felhasználásával különböznek egymástól, míg a korrelációs elemzés ezeket a különbségeket a környezeti tényezőkhöz kapcsolja. Végül, a funkcionális géntartalom előrejelzése a marker géntartalom alapján, betekintést nyújt a funkcióba és az ökológiába az egyes mintákban.