16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Szolgáltatási jellemzők
● Sorrendező platform: PacBio Revio
● Szekvenálási mód: CCS (HiFi olvasás)
● A célrégió amplifikációja, majd az amplikonok tandem összekapcsolása a HiFi SMRT harangkönyvtár előkészítése előtt
Szolgáltatás előnyei
●Nagyobb taxonómiai felbontás: Than rövid amplikon szekvenálás,magasabb OTU osztályozási arányt tesz lehetővé fajszinten.
●Rendkívül pontos alaphívás: PacBio CCS mód szekvenálás (HiFi olvasás).
●Izolálás mentes: A környezeti minták mikrobiális összetételének gyors azonosítása.
●Széles körben alkalmazható: Változatos mikrobaközösségi vizsgálatok.
●Átfogó bioinformatikai elemzés: A legújabb QIIME2 csomag (kvantitatív betekintés a mikrobiális ökológiába), változatos elemzésekkel az adatbázis, annotáció, OTU/ASV szempontjából.
●Széleskörű Szakértelem: Az évente végrehajtott több ezer amplikon-szekvenálási projekttel a BMKGENE több mint egy évtizedes tapasztalattal, magasan képzett elemzőcsapattal, átfogó tartalommal és kiváló értékesítés utáni támogatással rendelkezik.
Szolgáltatási specifikációk
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok |
| Amplicon | PacBio Revio | 10/30/50 K címkék (CCS) |
Mintakövetelmények
| Koncentráció (ng/µL) | Teljes mennyiség (µg) | Térfogat (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Javasolt mintaszállítás
Fagyassza le a mintákat folyékony nitrogénben 3-4 órára, és tárolja folyékony nitrogénben vagy -80 fokos hosszú távú foglalásig. Szárazjéggel történő mintaszállítás szükséges.
Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A következő elemzést tartalmazza:
● Nyers adatok minőségének ellenőrzése
●OTU klaszterezés/zajmentesítés (ASV)
●OTU megjegyzés
●Alfa-diverzitáselemzés: több index, köztük Shannon, Simpson és ACE.
●Béta diverzitáselemzés
● Csoportközi elemzés
● Korrelációs elemzés: a környezeti tényezők és az OUT összetétele és diverzitása között
●16S funkcionális gén előrejelzés
A taxonómiai eloszlás hisztogramja
Közösségi eloszlás filogenetikai fa
Alfa diverzitás elemzés: ACE
index
Béta diverzitáselemzés: PCoA
Csoportközi elemzés: ANOVA
Fedezze fel a BMKGene amplikon-szekvenálási szolgáltatásai által a PacBio-val végzett fejlesztéseket egy válogatott kiadványgyűjtemény segítségével.
Gao, X. és Wang, H. (2023) „A bendőbaktériumok profiljainak és funkcióinak összehasonlító elemzése a különböző fenológiákhoz (Regreen vs. Grassy) való alkalmazkodás során alpesi merinójuhokban, két növekedési szakaszban alpesi réten”, Fermentáció, 9( 1), p. 16. doi: 10.3390/ERMENTÁCIÓ9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) „A mikrobiális sötét anyag elfogása sivatagi talajokban kulturomika-alapú metagenomika és nagy felbontású elemzés segítségével”, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) „A zsírsavsók hatása a lucernával, rizsszalmával és búzakorpával előállított vegyes szilázs fermentációs jellemzőire, baktériumok sokféleségére és aerob stabilitására”, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), 1475. o. 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) „Az oxidatív stressz biomarkerek és a bélmikrobióta közötti kölcsönhatás a Sonchus brachyotus DC kivonatainak antioxidáns hatásaiban. in Oxazolone-induced Intestinal Oxidative Stress in Adult Zebrafish, Antioxidants 2023, 20. kötet. 12., 192. oldal, 12. (1), o. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
