16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Szolgáltatási jellemzők
● Szekvenáló platform: Illumina NovaSeq.
● A 16S, 18S és ITS rövid régióinak felerősítése, egyéb erősítési célok mellett.
● Az amplikonok rugalmas választéka.
● Korábbi projekt tapasztalat több erősítési céllal.
Szolgáltatás előnyei
●Izolálásmentes:A mikrobiális összetétel gyors azonosítása környezeti mintákban.
●Nagy felbontású: A környezeti mintákban kis mennyiségben előforduló komponensekben.
●Széles körben alkalmazható: Változatos mikrobaközösségi vizsgálatok.
●Átfogó bioinformatikai elemzés: A legújabb QIIME2 csomag (kvantitatív betekintés a mikrobiális ökológiába), változatos elemzésekkel az adatbázis, annotáció, OTU/ASV szempontjából.
●Széleskörű Szakértelem: Évente 150 ezer amplikon szekvenálási projekttel a BMKGENE több mint egy évtizedes tapasztalatot, magasan képzett elemzőcsapatot, átfogó tartalmat és kiváló értékesítés utáni támogatást kínál.
Szolgáltatási specifikációk
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300 000 címkék (párok olvasása) |
Szolgáltatási követelmények
| Koncentráció (ng/µL) | Teljes összeg (ng) | Térfogat (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Talaj/iszap: 1-2g
● Béltartalom-állat: 0,5-2g
● Béltartalom-rovar: 0,1-0,25g
● Növényfelület (dúsított üledék): 0,1-0,5g
● Erjesztőlével dúsított üledék): 0,1-0,5 g
● Széklet (nagy állatok): 0,5-2g
● Széklet (egér): 3-5 szem
● Pulmonalis alveoláris mosófolyadék: szűrőpapír
● Hüvelytampon: 5-6 tampon
● Bőr/genitális tampon/nyál/száj lágyrész/garat tampon/végbéltampon: 2-3 tampon
● Felületi mikroorganizmusok: szűrőpapír
● Víztest/levegő/biofilm: szűrőpapír
● Endofiták: 1-2g
● Fogplakk: 0,5-1g
Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A következő elemzést tartalmazza:
- Nyers adatok minőségének ellenőrzése
- OTU klaszterezés /zajmentesítés (ASV)
- OTU annotáció
- Alfa diverzitáselemzés: több index, köztük Shannon, Simpson és ACE.
- Béta diverzitáselemzés
- Csoportközi elemzés
- Korrelációelemzés: a környezeti tényezők és az OUT összetétele és diverzitása között
- 16S funkcionális gén előrejelzés
A taxonómiai eloszlás hisztogramja
taxonómiai abundancia klaszterező hőtérkép
Alfa diverzitás elemzés: ritkulási görbe
béta diverzitáselemzés: NMDS
Csoportközi elemzés: LEFSE biomarker felfedezés
Fedezze fel a BMKGene amplikon-szekvenálási szolgáltatásai által az Illumina segítségével nyújtott fejlesztéseket egy válogatott kiadványgyűjtemény segítségével.
Dong, C. et al. (2022) „Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia ulmoides”, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) „Szintetikus bakteriális konzorcium-transzplantáció a Gardnerella vaginalis által kiváltott bakteriális vaginosis kezelésére egerekben”, Microbiome, 11(1), 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. és Liu, H. (2022) „A „Lunar Palace 365” földi zárt bioregeneratív életfenntartó kísérlet során összegyűjtött levegőpor mikrobiomjai”, Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) „A nitrogéntranszformációhoz kapcsolódó funkcionális gének nyersanyagfüggő bősége szabályozta a nitrogénveszteséget a komposztálás során”, Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
