10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Műszaki séma
Jellemzők
● Felbontás: 100 µM
● Folt átmérő: 55 µM
● Szpotok száma: 4992
● Rögzítési terület: 6,5 x 6,5 mm
● Minden vonalkódos folt 4 részből álló alapozóval van feltöltve:
- poli(dT) farok mRNS indításhoz és cDNS szintézishez
- Egyedi molekuláris azonosító (UMI) az amplifikációs torzítás korrigálására
- Térbeli vonalkód
- A részleges leolvasás 1 szekvenáló primer kötőszekvenciája
● A metszetek H&E festése
Előnyök
●Egyablakos szolgáltatás: integrálja az összes tapasztalaton és készségen alapuló lépést, beleértve a kriometszés, festés, szövetoptimalizálás, térbeli vonalkódolás, könyvtár-előkészítés, szekvenálás és bioinformatika.
● Magasan képzett műszaki csapat: több mint 250 szövettípusban és 100+ fajban szerzett tapasztalattal, beleértve az embert, egeret, emlőst, halat és növényt.
●Valós idejű frissítés a teljes projektről: a kísérleti folyamat teljes ellenőrzésével.
●Átfogó szabványos bioinformatika:A csomag 29 elemzést és 100+ kiváló minőségű adatot tartalmaz.
●Személyre szabott adatelemzés és megjelenítés: különböző kutatási igényekhez elérhető.
●Opcionális ízületi elemzés egysejtű mRNS-szekvenálás segítségével
Műszaki adatok
| Mintakövetelmények | Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| OCT-beágyazott kriominták (Optimális átmérő: kb. 6x6x6 mm³) 2 blokk mintánként | 10X Visium cDNS könyvtár | Illumina PE150 | 50K PE olvasás foltonként (60 Gb) | RIN > 7 |
A mintakészítési útmutatóval és a szervizmunkafolyamattal kapcsolatos további részletekért forduljon bizalommal aBMKGENE szakértő
Szolgáltatási munkafolyamat
A minta-előkészítési fázisban egy kezdeti ömlesztett RNS extrakciós kísérletet végeznek, hogy biztosítsák a jó minőségű RNS beszerzését. A szövetoptimalizálási szakaszban a metszeteket megfestik és láthatóvá teszik, és optimalizálják a szövetből történő mRNS-kibocsátáshoz szükséges permeabilizációs feltételeket. Az optimalizált protokollt ezután a könyvtár felépítése során alkalmazzák, majd szekvenálást és adatelemzést végeznek.
A teljes szolgáltatási munkafolyamat valós idejű frissítéseket és ügyfél-megerősítéseket foglal magában, hogy fenntartsák a reagáló visszacsatolási hurkot, biztosítva a projekt zökkenőmentes végrehajtását.
A következő elemzést tartalmazza:
Adatminőség-ellenőrzés:
o Adatkiadás és minőségi pontszám eloszlás
o Gén kimutatás foltonként
o szöveti fedettség
Belső minta elemzés:
o Géngazdagság
o Spot klaszterezés, beleértve a csökkentett dimenziós elemzést
o Klaszterek közötti differenciális expressziós elemzés: marker gének azonosítása
o Marker gének funkcionális annotációja és gazdagítása
Csoportközi elemzés
o Mindkét mintából (pl. beteg és kontroll) származó foltok újrakombinációja és újracsoportosítása
o Marker gének azonosítása minden klaszterhez
o Marker gének funkcionális annotációja és gazdagítása
o Ugyanazon klaszter csoportok közötti differenciális kifejezése
Belső minta elemzés
Spot klaszterezés
Marker gének azonosítása és térbeli eloszlása
Csoportközi elemzés
Adatkombináció mindkét csoportból és újra klaszterből
Új klaszterek marker génjei
Fedezze fel a BMKGene térbeli átírási szolgáltatása által a 10X Visium által elérhető fejlesztéseket ezekben a kiemelt kiadványokban:
Chen, D. és mtsai. (2023) „Az mthl1, az emlős adhéziós GPCR-ek potenciális Drosophila homológja, részt vesz a legyek injektált onkogén sejtjeivel szembeni daganatellenes reakciókban”,Proceedings of the National Academy of Sciences of Amerikai Egyesült Államok, 120(30), p. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) „Az STEEL lehetővé teszi a spatiotemporális transzkriptomikus adatok nagy felbontású körülhatárolását”,Bioinformatikai tájékoztatók, 24. (2), 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) „Az orchideavirágok fejlődésének organogenezisének spatiotemporális atlasza”,Nukleinsav kutatás, 50(17), 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) „A térbeli transzkriptomika és az egymagos RNS-szekvenálás integrálása feltárja a méh leiomyoma lehetséges terápiás stratégiáit”,International Journal of Biological Sciences, 19(8), 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
