Tout genomic bisul sekans (WGBS)
Tout genomic bisulfite sekans (WGBS) kanpe kòm metodoloji a lò-estanda pou eksplorasyon an pwofondè nan metilasyon ADN, espesyalman pozisyon nan senkyèm nan sitozin (5-mC), yon regilatè esansyèl nan ekspresyon jèn ak aktivite selilè. Prensip la kache WGBs enplike nan tretman bisulfit, pwovoke konvèsyon an nan sitozin unmethylated nan uracil (C a U), pandan y ap kite sitozin methylated chanje. Teknik sa a ofri rezolisyon sèl-baz, sa ki pèmèt chèchè yo konplètman mennen ankèt sou methylome a ak dekouvwi modèl metilasyon nòmal ki asosye ak kondisyon divès kalite, miyò kansè. Pa anplwaye WGBs, syantis yo ka jwenn Sur unik nan genomic-lajè paysages metilasyon, bay yon konpreyansyon nuans nan mekanis yo epigenetik ki anba pwosesis divès byolojik ak maladi.
Karakteristik Sèvis
● Mande pou yon genomic referans.
● ADN lambda ajoute pou kontwole efikasite konvèsyon bisulfit.
● Sekans sou Illumina Novaseq.
Avantaj Sèvis
●Gold estanda pou rechèch metilasyon ADN: Sa a teknoloji pwosesis matirite metilasyon konvèsyon gen gwo presizyon ak bon repwodibilite.
●Wide pwoteksyon ak yon sèl-baz rezolisyon:Deteksyon nan sit metilasyon nan nivo a genomic-lajè.
●Ranpli platfòm:Bay yon sèl-sispann sèvis ekselan soti nan pwosesis echantiyon, konstriksyon bibliyotèk, sekans nan analiz bioinformatics.
●Anpil ekspètiz: Avèk pwojè sekans WGBS avèk siksè ranpli atravè yon seri divès nan espès, BMKGENE pote sou yon dekad nan eksperyans, yon ekip analiz trè kalifye, kontni konplè, ak ekselan sipò pòs-lavant yo.
●Posibilite yo rantre nan ak analiz transcriptomics: Pèmèt pou analiz la entegre nan WGBs ak lòt done OMICs tankou RNA-seq.
Egzanp espesifikasyon
| Bibliotèk | Estrateji sekans | Rekòmande pwodiksyon done | Kontwòl kalite |
| Bisulfite trete | Illumina PE150 | 30x pwofondè | Q30 ≥ 85% Konvèsyon bisulfit> 99% |
Egzanp kondisyon
| Konsantrasyon (ng/µL) | Kantite lajan total (µg) | Lòt kondisyon | |
| ADN jenomik | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Degradasyon limite oswa kontaminasyon |
Sèvis koule travay
Livrezon echantiyon
Ekstraksyon ADN
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Livrezon done
Gen ladan analiz sa a:
● Raw sekans kontwòl kalite;
● Transfòmasyon pou referans genomic;
● Deteksyon 5MC baz methylated;
● Analiz distribisyon metilasyon ak anotasyon;
● Analiz de rejyon diferansye methylated (DMRs);
● Anotasyon fonksyonèl nan jèn ki asosye ak DMRs.
5mc deteksyon metilasyon: Kalite sit methylated
Kat Metilasyon. 5mc metilasyon genomic-lajè distribisyon
Anotasyon nan rejyon trè methylated
Diferansyèlman methylated rejyon yo: jèn ki asosye yo
Diferansyèlman methylated rejyon yo: anotasyon nan jèn ki asosye (jèn ontoloji)
Eksplore pwogrè rechèch yo fasilite pa tout BMKGENE a genomic BISULFITE sekans sèvis nan yon koleksyon òganize nan piblikasyon.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analiz de Des metilasyon ADN pandan devlopman nan misk zo mouton lè l sèvi avèk tout-genomic sekans bisulfit',BMC Genomics, 21 (1), pp. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'roman deoxyribonucleic asid metilasyon perturbation nan travayè ekspoze a klori vinil',Toksikoloji ak sante endistriyèl, 38 (7), pp. 377-388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Relasyon ant metilasyon genomic, nivo nan ki pa kodaj RNAs, mRNAs ak metabolites nan matrité fwi tomat',Plant Journal la, 103 (3), pp. 980-994. doi: 10.1111/tpj.14778.
