Sekans fragman anplifye nan lokal espesifik (SLAF-Seq)
Workflow
Scheme teknik
Karakteristik sèvis yo
● Sekans sou NovaSeq ak PE150.
● Preparasyon bibliyotèk ak kòd bar doub, ki pèmèt pisin nan plis pase 1000 echantiyon.
● Yo ka itilize teknik sa a avèk oswa san yon jenom referans, ak diferan tiyo byoenfòmatik pou chak ka:
Avèk jenom referans: dekouvèt SNP ak InDel
San referans jenom: echantiyon gwoupman ak dekouvèt SNP
● Nan laan silicoetap pre-konsepsyon plizyè konbinezon anzim restriksyon yo tès depistaj pou jwenn sa yo ki jenere yon distribisyon inifòm nan SLAF tags sou genòm nan.
● Pandan pre-eksperyans lan, twa konbinezon anzim yo teste nan 3 echantiyon yo jenere 9 bibliyotèk SLAF, ak enfòmasyon sa a se itilize yo chwazi konbinezon an anzim restriksyon pi bon pou pwojè a.
Avantaj sèvis yo
●Segondè dekouvèt makè jenetik: Entegre yon gwo-debi sistèm kòd bar pèmèt pou sekans nan similtane nan gwo popilasyon yo, ak anplifikasyon lokal-espesifik amelyore efikasite, asire ke nimewo tag satisfè kondisyon divès kalite kesyon rechèch.
● Ba Depandans sou Genomic la: Li ka aplike nan espès ki gen oswa san yon genòm referans.
●Konsepsyon konplo fleksib: Selibatè-anzim, doub-anzim, dijesyon milti-anzim, ak divès kalite anzim yo tout ka chwazi pou founi diferan objektif rechèch oswa espès. Laan silicose pre-konsepsyon te pote soti asire yon konsepsyon anzim optimal.
● Segondè efikasite nan dijesyon anzimatik: Kondiksyon an nan yonan silicopre-konsepsyon ak yon pre-esperyans asire konsepsyon optimal ak distribisyon menm nan SLAF tags sou kwomozòm nan (1 SLAF tag / 4Kb) ak redwi sekans repetitif (<5%).
●Ekspètiz vaste: Ekip nou an pote yon richès eksperyans nan chak pwojè, ak yon dosye nan fèmen plis pase 5000 pwojè SLAF-Seq sou plizyè santèn espès, tankou plant, mamifè, zwazo, ensèk, ak òganis akwatik.
● Oto-devlope Bioinformatic Workflow: BMKGENE devlope yon workflow bioenfòmatik entegre pou SLAF-Seq pou asire fyab ak presizyon pwodiksyon final la.
Espesifikasyon Sèvis
| Kalite analiz | Echèl popilasyon rekòmande | Estrateji sekans | |
| Pwofondè sekans tag | Nimewo Tag | ||
| Kat jenetik | 2 paran ak >150 pitit | Paran yo: 20x WGS Pwosesis: 10x | Gwosè genòm: <400 Mb: WGS rekòmande <1Gb: 100K Tags 1-2Gb:: 200K Tags > 2Gb: 300K Tags Maksimòm 500k tags |
| Genome-Wide Association Studies (GWAS) | ≥200 echantiyon | 10x | |
| Evolisyon jenetik | ≥30 echantiyon, ak > 10 echantiyon nan chak sougwoup | 10x | |
Kondisyon pou sèvis yo
Konsantrasyon ≥ 5 ng/µL
Kantite total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5
Jèl Agarose: pa gen oswa limite degradasyon oswa kontaminasyon
Livrezon echantiyon rekòmande
Veso: 2 ml tib santrifijeur
(Pou pifò echantiyon yo, nou rekòmande pou pa konsève nan etanòl)
Etikèt echantiyon yo: Yo dwe make echantiyon yo byen klè epi yo dwe idantik ak fòm enfòmasyon echantiyon yo soumèt.
Chajman: Sèk glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache an premye epi antere l nan glas sèk.
Workflow Sèvis
Egzanp QC
Eksperyans pilòt
SLAF-eksperyans
Preparasyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
Gen ladan analiz sa a:
- Sekans done QC
- SLAF tag devlopman
Kat jeyòm referans
San yon jenom referans: clustering
- Analiz de SLAF Tags.: estatistik, distribisyon atravè genomic la
- Dekouvèt makè: SNP, InDel, SNV, CV apèl ak anotasyon
Distribisyon etikèt SLAF sou kwomozòm:
Distribisyon SNP sou kwomozòm:
SNP annotation
| Ane | Jounal | IF | Tit | Aplikasyon |
| 2022 | Kominikasyon lanati | 17.694 | Genomic baz nan giga-kwomozòm yo ak giga-genom nan pivwan pye bwa Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nouvo Phytologist | 7.433 | Domestikasyon anprent pye jenomik jenomik rejyon ki gen enpòtans agronomik nan plant soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Introgressions atifisyèl nan tout genòm nan Gossypium barbadense nan G. hirsutum revele loci siperyè pou amelyorasyon similtane nan bon jan kalite fib koton ak sede karakteristik | SLAF-Evolisyonè jenetik |
| 2019 | Plant molekilè | 10.81 | Analiz Genomic Popilasyon ak Asanble De Novo revele orijin Weedy Rice kòm yon jwèt evolisyonè | SLAF-Evolisyonè jenetik |
| 2019 | Jenetik nati | 31.616 | Sekans genòm ak divèsite jenetik nan karp komen, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage kat jeyografik |
| 2014 | Jenetik nati | 25.455 | Genomic pistach kiltive bay yon insight sou kariotip legum, poliploid evolisyon ak domestikasyon rekòt. | SLAF-Linkage kat jeyografik |
| 2022 | Plant Biotechnologie Journal | 9.803 | Idantifikasyon ST1 revele yon seleksyon ki enplike otostòp mòfoloji grenn ak kontni lwil oliv pandan domestikasyon plant soya | SLAF-Marker devlopman |
| 2022 | Jounal Entènasyonal Syans Molekilè | 6.208 | Idantifikasyon ak devlopman makè ADN pou yon Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Sibstitisyon kwomozòm dizomik | SLAF-Marker devlopman |
| Ane | Jounal | IF | Tit | Aplikasyon |
| 2023 | Fwontyè nan syans plant yo | 6.735 | Kat QTL ak analiz transcriptome nan kontni sik pandan matrité fwi nan Pyrus pyrifolia | Kat jeyetik |
| 2022 | Plant Biotechnologie Journal | 8.154 | Idantifikasyon ST1 revele yon seleksyon ki enplike otostòp mòfoloji grenn ak kontni lwil oliv pandan domestikasyon plant soya.
| SNP ap rele |
| 2022 | Fwontyè nan syans plant yo | 6.623 | Genome-Wide Asosyasyon Katografik nan Hulless apèn fenotip nan anviwònman sechrès.
| GWAS |
