Exclusive Agency for Korea

Konekte BMKCloud

Pwodwi yo

Sekans RNA sèl-nwayo

Single-nuclei RNA Sequencing Imaj Prezantasyon

Devlopman nan yon sèl selil kaptire ak teknik konstriksyon bibliyotèk koutim, makonnen ak sekans gwo-debi, te revolusyone etid ekspresyon jèn nan nivo selil. Dekouvèt sa a pèmèt pou analiz pi pwofon ak pi konplè sou popilasyon selil konplèks, simonte limit ki asosye ak mwayèn ekspresyon jèn sou tout selil yo epi prezève vrè eterojenite nan popilasyon sa yo. Pandan ke sekans RNA yon sèl selil (scRNA-seq) gen avantaj ki pa ka nye, li rankontre defi nan sèten tisi kote kreyasyon yon sispansyon sèl selil pwouve difisil epi li mande echantiyon fre. Nan BMKGene, nou adrese obstak sa a lè nou ofri yon sèl-nwayo sekans RNA (snRNA-seq) lè l sèvi avèk dènye teknoloji 10X Genomics Chromium la. Apwòch sa a elaji spectre echantiyon ki kapab analize transcriptom nan nivo selil sèl.

Izolasyon nwayo yo reyalize atravè chip inovatè 10X Genomics Chromium, ki gen yon sistèm mikrofluidik uit kanal ak doub travèse. Nan sistèm sa a, pèl jèl ki enkòpore kòd bar, primè, anzim, ak yon nwayo sèl yo ankapsule nan gout lwil oliv ki menm gwosè ak nanolit, ki fòme Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Apre fòmasyon GEM, liz selil ak lage kòd bar rive nan chak GEM. Imedyatman, molekil mRNA sibi transkripsyon ranvèse nan cDNAs, enkòpore kòd bar 10X ak Idantifyan molekilè inik (UMI). Lè sa a, cDNAs sa yo sibi konstriksyon bibliyotèk sekans estanda, fasilite yon eksplorasyon solid ak konplè nan pwofil ekspresyon jèn nan nivo selil sèl.

Platfòm: 10 × Genomics Chromium ak Illumina NovaSeq platfòm

Kontakte nou

Detay Sèvis

Bioenfòmatik

Rezilta Demo

Piblikasyon ki prezante yo

Scheme teknik

Izolasyon nwayo yo reyalize pa 10 × Genomics Chromium™, ki gen ladan uit-chanèl sistèm mikrofluidik ak doub travèse. Nan sistèm sa a, yon pèl jèl ak kòd bar ak Jadendanfan, anzim ak yon nwayo sèl yo encapsulé nan gout lwil oliv ki menm gwosè ak nanolitè, jenere jèl pèl-nan-emulsyon (GEM). Yon fwa GEM yo fòme, liz selil ak lage kòd bar yo fèt nan chak GEM. mRNA yo ranvèse transkri nan molekil cDNA ak 10 × kòd bar ak UMI, ki pi lwen sijè a konstriksyon bibliyotèk sekans estanda.

Karakteristik

● Preparasyon sispansyon yon sèl nwayo soti nan tisi nan frizè

● Fòmasyon Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ki te swiv pa sentèz cDNA

● Chak chaplèt nan yon GEM chaje ak primè ki konpoze de 4 seksyon:

poly(dT) ke pou priming mRNA ak sentèz cDNA,

Idantifikasyon inik molekilè (UMI) pou korije patipri anplifikasyon

10x kòd bar

Sekans obligatwa nan lekti pasyèl 1 sekans Jadendanfan

Avantaj

Sekans RNA yon sèl nwayo kontourne limit yo nan sekans RNA yon sèl selil, sa ki pèmèt:

● Itilizasyon echantiyon nan frizè epi yo pa sèlman limite a echantiyon fre

● Ba estrès nan selil jele lè yo konpare ak tretman anzimatik nan selil fre, ki reflete nan done transcriptome yo nan fòm mwens jèn ki pwovoke estrès.

● Pa bezwen retire globil wouj alavans

● Dyamèt selil san limit

● Gwo seri echantiyon ki elijib pou analiz, tankou kalite tisi konplèks ak frajil ki gen tandans fè asanblaj oswa destriksyon selil pandan disosyasyon tisi.

Echantiyon ki pa kapab analize pa sekans RNA yon sèl selil epi ki kalifye pou sekans RNA yon sèl nwayo:

Selil / Tisi	Rezon
Unfresh tisi nan frizè	Pa kapab jwenn òganizasyon ki fre oswa ki sove lontan
Selil nan misk, Megakaryocyte, Grès...	Dyamèt selil la twò gwo pou antre nan enstriman an
Fwa…	Twò frajil kraze, pa kapab distenge selil sèl
Selil newòn, sèvo...	Plis sansib, fasil estrès, pral chanje rezilta yo sekans
Pankreyas, tiwoyid...	Rich nan anzim andojèn, ki afekte pwodiksyon an nan sispansyon sèl selil

Single-nwayo vs sèl-selil

Single-nwayo	Selil sèl
Dyamèt selil san limit	Dyamèt selilè: 10-40 μm
Materyèl la ka jele tisi	Materyèl la dwe tisi fre
Ba estrès nan selil jele	Tretman anzim ka lakòz reyaksyon estrès selilè
Pa gen globil wouj yo bezwen retire	Selil wouj yo bezwen retire
Nikleyè eksprime bioenfòmasyon	Selil la an antye eksprime bioenfòmasyon

Espesifikasyon

Egzanp kondisyon yo

Bibliyotèk

Estrateji sekans

Done rekòmande

Kontwòl Kalite

Tisi bèt ≥ 200 mg

Tisi plant ≥ 400 mg

10x Bibliyotèk Genomics sn cDNA

Illumina PE150

100K PE lekti pou chak selil

(100-200 Go)

700-1200 nwayo / μl ak nwayo entegrite obsève anba mikwoskòp

Pou plis detay sou echantiyon preparasyon gid ak workflow sèvis, souple ou lib pou pale ak yonEkspè BMKGENE

Koule Travay Sèvis

Previous: Plant/Animal Whole Genome Sekans

Pwochen: Analiz Asosyasyon Genome-lajè

Gen ladan analiz sa a:

● Kontwòl Kalite: kantite selil, deteksyon jèn, idantifikasyon egzat selil, molekil RNA ak quantifikasyon ekspresyon.

● Analiz echantiyon enteryè:

Gwoup selil ak anotasyon gwoup

Analiz ekspresyon diferansyèl: idantifikasyon DEG nan grap

Anotasyon fonksyonèl ak anrichisman DEG gwoup yo

● Analiz entè-gwoup:

Konbinezon done

Analiz ekspresyon diferansyèl: idantifikasyon DEG nan gwoup

Anotasyon fonksyonèl ak anrichisman gwoup DEG yo

● Analiz avanse:

Analiz sik selilè

Pseudotime analiz

Analiz kominikasyon selilè (CellPhoneDB)

Analiz anrichisman seri jenetik (GSEA)

Analiz echantiyon anndan an

Regroupement selilè:

Analiz ekspresyon diferansyèl: gwoup DEG

Analiz entè-gwoup

Analiz ekspresyon diferans: Gwoup DEG

Analiz avanse:

Pseudotime analiz:

Analiz sik selilè:

Eksplore avansman 10X Chromium sèvis sekans RNA yon sèl nwayo BMKGene fasilite nan piblikasyon sa yo:

Wang, L. et al. (2021) 'Analiz transcriptomic yon sèl selil revele peyizaj iminitè a nan poumon nan vin pi grav opresyon ki reziste esteroyid',Pwosedi Akademi Nasyonal Syans nan Etazini nan Amerik la, 118(2), p. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) 'Yon rezo regilasyon mondyal pou ekspresyon jèn disregulasyon ak siyal metabolik nòmal nan selil iminitè nan maladi micro-anviwònman Graves ak tiwoyit Hashimoto',Fwontyè nan imunoloji, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

Tian, H. et al. (2023) 'Transkriptòm sèl selil dekouvwi eterojenite ak repons iminitè nan lekosit apre vaksinasyon ak Edwardsiella tarda inaktive nan flounder (Paralichthys olivaceus)',Akwakilti, 566, p. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) 'Terapi fotodinamik amelyore rezilta inibitè pòs iminitè yo atravè remodèl iminite anti-timè nan pasyan ki gen kansè nan gastric',Kansè gastric, 26(5), pp 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.