Sekans prokaryotik RNA
Karakteristik
● Pwosesis echantiyon RNA te enplike rRNA épuisement ki te swiv pa direksyon RNA bibliyotèk pweparasyon.
● Analiz byoenfòmatik ki baze sou aliyman ak yon genòm referans
● Analiz gen ladan ekspresyon jèn ak DEG, men tou estrikti transkripsyon ak analiz sRNA
Avantaj sèvis yo
●Kontwòl Kalite Rigour: nou aplike pwen kontwòl debaz yo atravè tout etap, soti nan preparasyon echantiyon ak bibliyotèk jiska sekans ak byoenfòmatik. Siveyans metikuleu sa a asire akouchman an nan rezilta yo toujou bon jan kalite.
●Done Sekans Sekans espesifik yo: akòz preparasyon bibliyotèk RNA yo se direksyon, sa ki pèmèt idantifikasyon transkripsyon anti-sans.
●Analiz konplè ki adapte ak transkriptòm prokaryotik: tiyo bioenfòmatik la gen ladan non sèlman analiz ekspresyon jèn yo, men tou analiz estrikti transkripsyon an, ki gen ladan idantifikasyon operon, UTR ak pwomotè. Li gen ladan tou analiz de sRNAs, sètadi anotasyon ak prediksyon nan estrikti segondè ak sib.
●Sipò apre lavant: angajman nou pwolonje pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis apre-sale 3 mwa. Pandan tan sa a, nou ofri swivi pwojè, asistans depanaj, ak sesyon Q&A pou adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
Egzanp kondisyon ak livrezon
| Bibliyotèk | Estrateji sekans | Done rekòmande | Kontwòl Kalite |
| rRNA apovri bibliyotèk direksyon | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Egzanp kondisyon:
| Konk. (ng/μl) | Kantite (μg) | Pite | Entegrite |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1.8-2.0 OD260/230 = 1.0-2.5 Limite oswa pa gen okenn pwoteyin oswa kontaminasyon ADN yo montre sou jèl. | RIN≥6.5 |
Livrezon echantiyon rekòmande
Veso: 2 ml tib santrifujeur (Fil fèblan pa rekòmande)
Egzanp etikèt: Gwoup + replike egzanp A1, A2, A3; B1, B2, B3.
chajman:
1. Sèk-glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache epi antere l nan glas sèk.
2. Tib RNAstable: echantiyon RNA yo ka cheche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNAstable®) epi voye yo nan tanperati chanm.
Koule Travay Sèvis
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
Workflow analiz byoenfòmatik
Gen ladan analiz sa a:
● Kontwòl kalite done anvan tout koreksyon
● Aliyman ak jenom referans la
● Evalyasyon Kalite Bibliyotèk: Fragmantasyon RNA owaza, gwosè insert ak saturation sekans
● Anotasyon fonksyonèl nan prevwa jèn kodaj
● Analiz ekspresyon: korelasyon ak analiz prensipal eleman (PCA)
● Ekspresyon jenetik diferans (DEG)
● Anotasyon fonksyonèl ak anrichisman DEG yo
● Analiz sRNA: prediksyon, anotasyon, sib, ak prediksyon estrikti segondè
● Analiz Estrikti Transkripsyon: operon, pozisyon kòmanse ak fini, rejyon ki pa tradui (UTS), pwomotè, ak analiz SNP/InDel
Sekans saturation
Anotasyon fonksyonèl nan jèn kodaj
Korelasyon ant echantiyon yo
Diferans Eksprime Genes (DEGs) analiz
Analiz anrichisman fonksyonèl
anotasyon sRNA
Eksplore avansman sèvis sekans mRNA tout longè BMKGene nan Nanopore nan piblikasyon sa a.
Guan, CP et al. (2018) 'Chanjman transcriptom mondyal nan Staphylococcus epidermidis ki fòme biofilm ki reponn a alkaloid total Sophorea alopecuroides',Polonè jounal mikrobyoloji, 67(2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
