-
Sekans metagenomik -NGS
Yon metagenom se yon koleksyon total de materyèl jenetik yon kominote melanje òganis, tankou metagenom anviwònman ak imen. Li genyen ladan li genomics mikwo-òganis tou de cultivable ak uncultivatable. Sekans metagenomik Shotgun ak NGS pèmèt etid la nan jaden flè sa yo konplike jenomik entegre nan echantiyon anviwònman an nan bay plis pase pwofil taksonomik, bay tou apèsi granulaire sou divèsite espès, dinamik abondans, ak estrikti popilasyon konplèks. Pi lwen pase syans taksonomik, metagenomics gè ofri tou yon pèspektiv jenomik fonksyonèl, ki pèmèt eksplorasyon jèn kode ak wòl yo sipoze nan pwosesis ekolojik. Finalman, etablisman rezo korelasyon ant eleman jenetik ak faktè anviwònman an kontribye nan yon konpreyansyon holistic nan entèraksyon konplike ant kominote mikwòb yo ak background ekolojik yo. An konklizyon, sekans metagenomik kanpe kòm yon enstriman esansyèl pou debouche sibtilite jenomik divès kominote mikwòb yo, eklere relasyon ki genyen plizyè aspè ant jenetik ak ekoloji nan ekosistèm konplèks sa yo.
Platfòm: Illumina NovaSeq ak DNBSEQ-T7
-
Sekans metagenomik-TGS
Yon metagenom se yon koleksyon materyèl jenetik nan yon kominote melanje òganis, tankou metagenom anviwònman ak imen. Li genyen ladan li genomics mikwo-òganis tou de cultivable ak uncultivatable. Sekans metagenomik pèmèt etid la nan jaden flè sa yo konplike jenomik entegre nan echantiyon ekolojik lè yo bay plis pase pwofil taksonomik. Li ofri tou yon pèspektiv jenomik fonksyonèl nan eksplore jèn yo kode ak wòl yo sipoze nan pwosesis anviwònman an. Pandan ke apwòch tradisyonèl fizi ak sekans Illumina yo te lajman itilize nan syans metagenomic, avenman nan sekans Nanopore ak PacBio ki long li te chanje jaden an. Teknoloji Nanopore ak PacBio amelyore analiz bioenfòmatik en, sitou asanble metagenom, asire asanble plis kontinyèl. Rapò yo endike ke metagenomics ki baze sou Nanopore ak PacBio te jenere avèk siksè jenom bakteri konplè ak fèmen nan mikrobyom konplèks (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Entegre lekti Nanopore ak lekti Illumina bay yon apwòch estratejik pou koreksyon erè, diminye presizyon ki ba nannan Nanopore a. Konbinezon sinèrji sa a ogmante fòs chak platfòm sekans yo, ki ofri yon solisyon solid pou simonte limit potansyèl yo ak avanse presizyon ak fyab nan analiz metagenomic.
Platfòm: Nanopore PromethION 48, Illumia ak PacBio Revio
-
Sekans bisulfit tout genòm (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) kanpe kòm metodoloji estanda lò pou eksplorasyon an pwofondè nan methylation ADN, espesyalman senkyèm pozisyon nan cytosine (5-mC), yon regilatè esansyèl nan ekspresyon jèn ak aktivite selilè. Prensip ki kache WGBS enplike tretman bisulfite, pwovoke konvèsyon cytosines unmethylated nan uracil (C to U), pandan y ap kite cytosines methylated san okenn chanjman. Teknik sa a ofri rezolisyon yon sèl baz, sa ki pèmèt chèchè yo ankèt konplè sou methylome a epi dekouvri modèl metilation nòmal ki asosye ak divès kondisyon, sitou kansè. Lè yo anplwaye WGBS, syantis yo ka jwenn apèsi san parèy sou peyizaj methylasyon nan tout genòm, bay yon konpreyansyon nuans sou mekanis epigenetik ki kache divès pwosesis byolojik ak maladi.
-
Esè pou Transposase-aksesib Chromatin ak Sekans Debi segondè (ATAC-seq)
ATAC-seq se yon teknik sekans wo-debi ki itilize pou analiz aksesibilite chromatin nan tout genòm. Itilizasyon li bay yon konpreyansyon pi fon sou mekanis konplèks kontwòl epigenetik mondyal sou ekspresyon jèn yo. Metòd la sèvi ak yon transpozaz Tn5 ipèaktif pou an menm tan fragman ak tag louvri rejyon kwomatin pa mete adaptè sekans. Anplifikasyon PCR ki vin apre rezilta yo nan kreyasyon yon bibliyotèk sekans, ki pèmèt idantifikasyon konplè nan rejyon kwomatin louvri nan kondisyon espas-tan espesifik. ATAC-seq bay yon gade holistic nan peyizaj chromatin aksesib, kontrèman ak metòd ki konsantre sèlman sou sit obligatwa faktè transkripsyon oswa rejyon espesifik histone-modifye. Lè yo sekans rejyon kwomatin ouvè sa yo, ATAC-seq revele rejyon ki gen plis chans pou yo sekans regilasyon aktif ak sit ki gen rapò ak faktè transkripsyon yo, ki ofri bonjan enfòmasyon sou modulasyon dinamik ekspresyon jèn atravè genòm nan.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Jèn rRNA 16S ak 18S yo, ansanm ak rejyon Internal Transcribed Spacer (ITS), sèvi kòm makè anprent molekilè esansyèl akòz konbinezon yo nan rejyon trè konsève ak hyper-varyab, ki fè yo zouti anpil valè pou karakterize òganis prokaryotic ak ekaryotik. Anplifikasyon ak sekans rejyon sa yo ofri yon apwòch san izolasyon pou envestige konpozisyon mikwòb ak divèsite atravè divès ekosistèm. Pandan ke sekans Illumina anjeneral vize rejyon ipèrvaryab kout tankou V3-V4 nan 16S ak ITS1, li te demontre ke siperyè anotasyon taksonomik yo ka reyalize pa sekans tout longè 16S, 18S, ak ITS. Apwòch konplè sa a rezilta nan pi gwo pousantaj nan sekans klase avèk presizyon, reyalize yon nivo rezolisyon ki pwolonje nan idantifikasyon espès yo. Platfòm sekans Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio a kanpe deyò lè li bay lekti long ki trè egzak (HiFi) ki kouvri anplikon yo plen longè, rivalize ak presizyon nan sekans Illumina. Kapasite sa a pèmèt chèchè yo atenn yon avantaj inegal - yon gade panoramique nan jaden flè jenetik la. Kouvèti pwolonje a siyifikativman elve rezolisyon an nan anotasyon espès yo, patikilyèman nan kominote bakteri oswa chanpiyon, sa ki pèmèt yon konpreyansyon pi pwofon sou sibtilite yo nan popilasyon mikwòb yo.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sekans anplikon ak teknoloji Illumina, ki vize espesyalman makè jenetik 16S, 18S, ak ITS yo, se yon metòd pwisan pou debouche filojeni, taksonomi, ak abondans espès nan kominote mikwòb yo. Apwòch sa a enplike nan sekans rejyon hypervariable makè jenetik antretyen yo. Orijinèlman prezante kòm yon anprent molekilè paWoeses et alan 1977, teknik sa a te revolusyone pwofil mikrobyom pa pèmèt analiz izolasyon-gratis. Atravè sekans 16S (bakteri), 18S (chanpiyon), ak Internal Transcribed Spacer (ITS, fongis), chèchè yo ka idantifye non sèlman espès abondan, men tou espès ki ra epi yo pa idantifye. Lajman adopte kòm yon zouti esansyèl, sekans anplikon te vin enstrimantal nan disène konpozisyon mikwòb diferans nan divès anviwònman, ki gen ladan bouch moun, trip, poupou, ak pi lwen.
-
Bakteri ak chanpiyon Whole Genome Re-sekans
Pwojè re-sekans tout-genom bakteri ak chanpiyon yo esansyèl pou avanse jenomik mikwòb lè yo pèmèt fini ak konparezon jenom mikwòb yo. Sa a fasilite jeni fèmantasyon, optimize pwosesis endistriyèl yo, ak eksplorasyon wout metabolis segondè yo. Anplis de sa, chanpiyon ak bakteri re-sekans enpòtan anpil pou konprann adaptasyon anviwònman an, optimize tansyon, ak revele dinamik evolisyon jenetik, ak gwo enplikasyon nan medikaman, agrikilti, ak syans anviwònman an.
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sekans
Platfòm Amplicon (16S/18S/ITS) devlope ak ane eksperyans nan analiz pwojè divèsite mikwòb, ki gen analiz debaz estanda ak analiz pèsonalize: analiz debaz kouvri kontni analiz endikap nan rechèch mikwòb aktyèl la, kontni analiz la rich ak konplè, ak rezilta analiz yo prezante sou fòm rapò pwojè; Kontni analiz pèsonalize divès. Echantiyon yo ka chwazi ak paramèt yo ka mete fleksib selon rapò analiz debaz la ak objektif rechèch, reyalize kondisyon pèsonalize. Windows sistèm operasyon, senp ak vit.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (ki pa referans)
Lè w ap pran done sekans Isoform Pacific Biosciences (PacBio) kòm opinyon, App sa a kapab idantifye sekans transkripsyon tout longè (san asanble). Lè yo fè kat sekans tout longè kont jenom referans, transkripsyon yo ka optimize pa jèn li te ye, transkripsyon, rejyon kodaj, elatriye. Nan ka sa a, ka idantifikasyon pi egzak nan estrikti mRNA, tankou splicing altènatif, elatriye. Analiz konjwen ak done sekans transcriptom NGS pèmèt plis annotasyon konplè ak quantifikasyon pi egzak nan ekspresyon nan nivo transkripsyon, ki lajman benefisye ekspresyon diferans en ak analiz fonksyonèl.
-
Sekans Bisulfit Redwi Reprezantasyon (RRBS)
Redwi Reprezantasyon Bisulfite Sekans (RRBS) te parèt kòm yon altènatif pri-efikas ak efikas nan Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) nan rechèch methylation ADN. Pandan ke WGBS bay konpreyansyon konplè lè li egzamine tout genòm nan yon rezolisyon yon sèl baz, pri segondè li yo ka yon faktè limite. RRBS èstratejikman atténu defi sa a pa selektivman analize yon pòsyon reprezantan nan genòm nan. Metodoloji sa a depann sou anrichisman rejyon ki rich nan zile CpG pa klivaj MspI ki te swiv pa seleksyon gwosè fragman 200-500/600 bps. Kontinwe, se sèlman rejyon ki proximal zile CpG yo sekans, pandan ke moun ki gen zile CpG byen lwen yo eskli nan analiz la. Pwosesis sa a, konbine avèk bisulfite sekans, pèmèt pou deteksyon segondè rezolisyon nan methylation ADN, ak apwòch la sekans, PE150, konsantre espesyalman sou pwent yo nan foure yo olye ke mitan an, ogmante efikasite nan pwofil methylation. RRBS a se yon zouti anpil valè ki pèmèt rechèch pri-efikas metilation ADN ak pwogrè konesans nan mekanis epigenetik.
-
Sekans prokaryotik RNA
Sekans RNA pèmèt pwofil konplè tout transkripsyon RNA nan selil yo nan kondisyon espesifik. Teknoloji dènye kri sa a sèvi kòm yon zouti ki pisan, revele pwofil ekspresyon jèn konplike, estrikti jèn, ak mekanis molekilè ki asosye ak divès pwosesis byolojik. Lajman adopte nan rechèch fondamantal, dyagnostik klinik, ak devlopman dwòg, sekans RNA ofri apèsi sou konplisite nan dinamik selilè ak règleman jenetik. Pwosesis echantiyon RNA prokaryotik nou an adapte pou transkriptòm prokaryotik, ki enplike rediksyon rRNA ak preparasyon bibliyotèk direksyon.
Platfòm: Illumina NovaSeq
-
Sekans metatranskriptòm
Swiv teknoloji sekans Illumina, sèvis sekans metatranscriptome BMKGENE a devwale ekspresyon jèn dinamik divès kalite mikwòb, ki kouvri ekaryot rive pwokaryot ak viris, nan anviwònman natirèl tankou tè, dlo, lanmè, poupou, ak zantray la. Sèvis konplè nou an pèmèt chèchè yo fouye nan pwofil ekspresyon jèn konplè kominote mikwòb konplèks yo. Pi lwen pase analiz taksonomik, sèvis sekans metatranskriptòm nou an fasilite eksplorasyon nan anrichisman fonksyonèl, bay limyè sou jèn ki eksprime diferan ak wòl yo. Dekouvri yon richès nan konesans byolojik pandan w ap navige nan jaden flè konplèks ekspresyon jèn, divèsite taksonomik, ak dinamik fonksyonèl nan divès nich anviwònman sa yo.
-
De novo Chanpiyon Genome Asanble
BMKGENE ofri solisyon versatile pou genomic chanpiyon, pou satisfè bezwen divès rechèch ak konplè genòm vle. Sèvi ak sekans Illumina ki kout pou kont li pèmèt jenerasyon yon genomic bouyon. Kout lekti ak sekans lekti long lè l sèvi avèk Nanopore oswa Pacbio yo konbine pou yon genomic chanpiyon pi rafine ak kontig pi long. Anplis, entegre Hi-C sekans plis amelyore kapasite yo, sa ki pèmèt reyalizasyon yon genòm konplè nan nivo kwomozòm.
