-
Entèraksyon Chromatin ki baze sou Hi-C
Hi-C se yon metòd ki fèt pou kaptire konfigirasyon jenomik nan konbine sonde entèraksyon ki baze sou pwoksimite ak sekans segondè-debi. Metòd la baze sou kromatin kwomatin ak fòmaldeyid, ki te swiv pa dijesyon ak re-ligasyon nan yon fason ke sèlman fragman ki lye kovalan pral fòme pwodwi ligasyon. Pa sekans pwodwi ligasyon sa yo, li posib pou etidye òganizasyon an 3D nan genomic la. Hi-C pèmèt etidye distribisyon pòsyon yo nan genòm nan ki alalejè chaje (A konpatiman, euchromatin) ak plis chans yo dwe transcriptionally aktif, ak rejyon yo ki gen plis sere chaje (B konpatiman, Heterochromatin). Hi-C ka itilize tou pou idantifye domèn ki asosye topolojikman (TAD), rejyon genòm ki gen estrikti ki pliye epi ki gen anpil chans pou gen modèl ekspresyon menm jan an, epi pou idantifye bouk chromatin, rejyon ADN ki ancrage ansanm pa pwoteyin epi ki gen ladan l. souvan rich nan eleman regilasyon. Sèvis sekans Hi-C BMKGene a pèmèt chèchè yo eksplore dimansyon espasyal nan jenomik, ouvri nouvo avni pou konprann règleman genomic ak enplikasyon li yo nan sante ak maladi.
-
Sekans iminopresipitasyon chromatin (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) se yon teknik ki pwofite antikò pou anrichi pwoteyin ki konekte ADN ak objektif jenomik korespondan yo. Entegrasyon li ak NGS pèmèt pwofil lajè genòm nan objektif ADN ki asosye ak modifikasyon histon, faktè transkripsyon, ak lòt pwoteyin obligatwa ADN. Apwòch dinamik sa a pèmèt konparezon sit obligatwa atravè divès kalite selil, tisi, oswa kondisyon. Aplikasyon ChIP-Seq yo soti nan etid règleman transkripsyon ak chemen devlopman yo elisid mekanis maladi, fè li yon zouti endispansab pou konprann peyizaj règleman jenomik ak avanse Sur ki terapetik.
Platfòm: Illumina NovaSeq
-
Sekans bisulfit tout genòm (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) kanpe kòm metodoloji estanda lò pou eksplorasyon an pwofondè nan methylation ADN, espesyalman senkyèm pozisyon nan cytosine (5-mC), yon regilatè esansyèl nan ekspresyon jèn ak aktivite selilè. Prensip ki kache WGBS enplike tretman bisulfite, pwovoke konvèsyon cytosines unmethylated nan uracil (C to U), pandan y ap kite cytosines methylated san okenn chanjman. Teknik sa a ofri rezolisyon yon sèl baz, sa ki pèmèt chèchè yo ankèt konplè sou methylome a epi dekouvri modèl metilation nòmal ki asosye ak divès kondisyon, sitou kansè. Lè yo anplwaye WGBS, syantis yo ka jwenn apèsi san parèy sou peyizaj methylasyon nan tout genòm, bay yon konpreyansyon nuans sou mekanis epigenetik ki kache divès pwosesis byolojik ak maladi.
-
Esè pou Transposase-aksesib Chromatin ak Sekans Debi segondè (ATAC-seq)
ATAC-seq se yon teknik sekans wo-debi ki itilize pou analiz aksesibilite chromatin nan tout genòm. Itilizasyon li bay yon konpreyansyon pi fon sou mekanis konplèks kontwòl epigenetik mondyal sou ekspresyon jèn yo. Metòd la sèvi ak yon transpozaz Tn5 ipèaktif pou an menm tan fragman ak tag louvri rejyon kwomatin pa mete adaptè sekans. Anplifikasyon PCR ki vin apre rezilta yo nan kreyasyon yon bibliyotèk sekans, ki pèmèt idantifikasyon konplè nan rejyon kwomatin louvri nan kondisyon espas-tan espesifik. ATAC-seq bay yon gade holistic nan peyizaj chromatin aksesib, kontrèman ak metòd ki konsantre sèlman sou sit obligatwa faktè transkripsyon oswa rejyon espesifik histone-modifye. Lè yo sekans rejyon kwomatin ouvè sa yo, ATAC-seq revele rejyon ki gen plis chans pou yo sekans regilasyon aktif ak sit ki gen rapò ak faktè transkripsyon yo, ki ofri bonjan enfòmasyon sou modulasyon dinamik ekspresyon jèn atravè genòm nan.
-
Sekans Bisulfit Redwi Reprezantasyon (RRBS)
Redwi Reprezantasyon Bisulfite Sekans (RRBS) te parèt kòm yon altènatif pri-efikas ak efikas nan Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) nan rechèch methylation ADN. Pandan ke WGBS bay konpreyansyon konplè lè li egzamine tout genòm nan yon rezolisyon yon sèl baz, pri segondè li yo ka yon faktè limite. RRBS èstratejikman atténu defi sa a pa selektivman analize yon pòsyon reprezantan nan genòm nan. Metodoloji sa a depann sou anrichisman rejyon ki rich nan zile CpG pa klivaj MspI ki te swiv pa seleksyon gwosè fragman 200-500/600 bps. Kontinwe, se sèlman rejyon ki proximal zile CpG yo sekans, pandan ke moun ki gen zile CpG byen lwen yo eskli nan analiz la. Pwosesis sa a, konbine avèk bisulfite sekans, pèmèt pou deteksyon segondè rezolisyon nan methylation ADN, ak apwòch la sekans, PE150, konsantre espesyalman sou pwent yo nan foure yo olye ke mitan an, ogmante efikasite nan pwofil methylation. RRBS a se yon zouti anpil valè ki pèmèt rechèch pri-efikas metilation ADN ak pwogrè konesans nan mekanis epigenetik.
