Plant/Animal Whole Genome Sekans
Karakteristik sèvis yo
● Preparasyon bibliyotèk la ka nòmal oswa san PCR
● Disponib nan 4 platfòm sekans: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, oswa PacBio Revio.
● Analiz byoenfòmatik konsantre sou deteksyon an nan varyant: SNP, InDel, SV ak CNV
Avantaj sèvis yo
●Ekspètiz anpil ak Dosye Piblikasyon: Eksperyans akimile nan sekans genòm pou plis pase 1000 espès te lakòz plis pase 1000 ka pibliye ak yon faktè enpak kimilatif plis pase 5000.
●Analiz Byoenfòmatik konplè: Ki gen ladan varyasyon apèl ak anotasyon fonksyon.
● Sipò apre lavant:Angajman nou an pwolonje pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis apre-sale 3 mwa. Pandan tan sa a, nou ofri swivi pwojè, asistans depanaj, ak sesyon Q&A pou adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
●Anotasyon konplè: Nou itilize plizyè baz done pou fè anote fonksyonèl jèn yo ak varyasyon idantifye epi fè analiz anrichisman ki koresponn lan, bay apèsi sou plizyè pwojè rechèch.
Espesifikasyon Sèvis
| Varyan yo dwe idantifye | Estrateji sekans | Pwofondè rekòmande |
| SNP ak InDel | Illumina NovaSeq PE150 oswa MGI T7 | 10x |
| SV ak CNV (mwens egzat) | 30x | |
| SV ak CNV (pi egzak) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV ak CNV | PacBio Revio | 10x |
Egzanp kondisyon yo
| Tisi oswa ekstrè asid nikleyik | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Viscè bèt | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Misk bèt | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| San mamifè | 1.5 ml | ≥ 0.5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| San bèt volay/Pwason | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 mL
| |||
| Plant-Fèy fre | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Selil Kiltive |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Tisi mou ensèk / Endividi | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ekstrè ADN
| Konsantrasyon: ≥ 1 ng/µL Kantite lajan: ≥ 30 ng Limite oswa pa gen degradasyon oswa kontaminasyon
| Konsantrasyon Kantite lajan
OD260/280
OD260/230
Limite oswa pa gen degradasyon oswa kontaminasyon
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/selil koule/echantiyon
1.7-2.2
≥1.5 | Konsantrasyon Kantite lajan
OD260/280
OD260/230
Limite oswa pa gen degradasyon oswa kontaminasyon | ≥ 50 ng/µL 10 µg/selil koule/echantiyon
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Preparasyon bibliyotèk san PCR: Konsantrasyon≥ 40 ng/µL Kantite ≥ 500 ng | |||||
Koule Travay Sèvis
Livrezon echantiyon
Ekstraksyon ADN
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Livrezon done
Gen ladan analiz sa a:
- Kontwòl Kalite Done kri
- Estatistik aliyman ak genòm referans
- Idantifikasyon varyant: SNP, InDel, SV ak CNV
- Anotasyon fonksyonèl nan variants
Estatistik aliyman nan jenom referans - distribisyon pwofondè sekans
SNP rele nan mitan plizyè echantiyon
Idantifikasyon InDel - estatistik sou longè InDel nan rejyon CDS la ak rejyon an nan tout genòm.
Distribisyon varyant atravè genomic a - trase Circos
Anotasyon fonksyonèl nan jèn ak varyant idantifye - Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) 'Yon glutatyon S-transferase GhTT19 detèmine pigmantasyon petal flè atravè reglemante akimilasyon anthocyanin nan koton', Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Kwomozòm-nivo sovaj Hevea brasiliensis genòm bay nouvo zouti pou genomic-asistans elvaj ak loki ki gen anpil valè pou elve pwodiksyon kawotchou', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), pp 1058-1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Jenòm nan zuit estuarine a bay apèsi sou enpak klima ak plastisit adaptasyon', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), pp 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analiz chanjman nan jenom ak metilation nan poul endijèn Chinwa yo sou tan bay insight nan konsèvasyon espès', Biyoloji Kominikasyon, 5 (1), pp 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
