Plant/Animal de Novo genomic sekans
De NovoSekans refere a konstriksyon an nan tout espès 'genomic lè l sèvi avèk sekans teknoloji nan absans yon genomic referans. Entwodiksyon an ak adopsyon toupatou nan twazyèm-jenerasyon sekans, prezante pi long li, te siyifikativman ranfòse asanble genomic a lè yo ogmante sipèpoze yo ant li. Amelyorasyon sa a se patikilyèman enpòtan lè fè fas ak jnom defi, tankou sa yo ki montre eterozigozite segondè, yon rapò segondè nan rejyon repetitif, poliploid, ak rejyon ki gen eleman repetitif, sa ki anòmal GC, oswa segondè konpleksite ki tipikman mal asanble lè l sèvi avèk kout-li sekans. pou kont li.
Solisyon yon sèl-sispann nou an bay sèvis sekans entegre ak analiz bioinformatic ki delivre yon-wo kalite de novo reyini genomic. Yon sondaj premye genomic ak Illumina bay estimasyon nan gwosè genomic ak konpleksite, epi yo itilize enfòmasyon sa a gide pwochen etap la nan sekans long-li ak Pacbio hifi, ki te swiv paDe NovoAsanble nan contigs. Itilizasyon ki vin apre a nan asanble HIC pèmèt mare nan contigs yo nan genomic la, pou jwenn yon asanble nivo kwomozòm. Finalman, se genomic la annotated pa prediksyon jèn ak pa sekans eksprime jèn, recourir nan transcriptomes ak kout ak lontan li.
Karakteristik Sèvis
● Entegrasyon plizyè sekans ak sèvis bioinformatic nan yon solisyon yon sèl-sispann:
Sondaj genomic ak Illumina pou estime gwosè genomic ak gid etap ki vin apre;
Long li sekans pouDe NovoAsanble nan contigs;
Hi-C sekans pou kwomozòm ankre;
mRNA sekans pou anotasyon nan jèn;
Validasyon asanble a.
● Sèvis apwopriye pou jnom yo konstwi roman oswa amelyorasyon nan jnom referans ki egziste deja pou espès nan enterè yo.
Avantaj Sèvis
Devlopman nan tribin sekans ak bioinformatics nanDe NovoAsanble genomic
(Amarasinghe SL et al.,Biyoloji genomic, 2020)
●Anpil ekspètiz ak dosye piblikasyon: Bmkgene te akimile eksperyans masiv nan asanble genomic kalite siperyè nan divès espès, ki gen ladan jnom diploid ak jnom trè konplèks nan poliploid ak espès allopolyploid. Depi 2018, nou te kontribye nan plis pase300 piblikasyon ki gen gwo enpak, ak 20+ nan yo pibliye nan Nature Jenetik.
● yon sèl-sispann solisyon: Apwòch entegre nou an konbine plizyè teknoloji sekans ak analyses bioinformatic nan yon workflow limenm, fournir yon genomic-wo kalite reyini.
●Pwepare a bezwen ou yo: Workflow sèvis nou an, se customizable, sa ki pèmèt adaptasyon pou jnom ak karakteristik divès ak bezwen rechèch espesifik. Sa gen ladan akomodasyon jeyan jeyan, poliploid jnom, trè eterozigòt jnom, ak plis ankò.
●Trè kalifye bioinformatics ak ekip laboratwa: Avèk gwo eksperyans nan tou de eksperimantal la ak bioinformatics devan nan asanble genomic konplèks ak yon seri de rive ak copyrights lojisyèl.
●Post-lavant sipò:Angajman nou an pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis 3-mwa apre-sale. Pandan tan sa a, nou ofri pwojè swiv-up, depanaj asistans, ak Q & Yon sesyon adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
Espesifikasyon Sèvis
| Sondaj genomic | Asanble genomic | Kwomozòm-nivo | Anotasyon genomic |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS Hifi li | 100x hi-c | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (Si ou vle) Plen longè RNA-seq pacbio 40 GB oswa Nanopore 12 GB |
Kondisyon sèvis yo
Pou sondaj genomic, asanble genomic ak Hi-C asanble:
| Tisi oswa ekstrè asid nikleyik | Sondaj genomic | Asanble genomic ak Pacbio | Hi-C asanble |
| Viscera bèt | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Misk Animal | ≥ 5 g | ||
| San mamifè | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Poul/san pwason | ≥ 0.5 ml | ||
| Plant- fre fèy | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Selil kiltive |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Ensek | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Extrait ADN | Konsantrasyon: ≥1 ng/ µl Kantite lajan ≥ 30 ng Limite oswa pa gen degradasyon oswa kontaminasyon | Konsantrasyon: ≥ 50 ng/ µl Kantite lajan: 10 µg/koule selil/echantiyon OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 Limite oswa pa gen degradasyon oswa kontaminasyon |
-
|
Pou anotasyon genomic ak transkriptomik:
| Tisi oswa ekstrè asid nikleyik | Illumina transkriptòm | Pacbio transkriptòm | Transcriptome nanopore |
| Plant- rasin/tij/petal | 450 mg | 600 mg | |
| Plant - fèy/grenn | 300 mg | 300 mg | |
| Plant - fwi | 1.2 g | 1.2 g | |
| Kè bèt/trip | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera bèt/sèvo | 240 mg | 240 mg | |
| Misk Animal | 450 mg | 450 mg | |
| Zo bèt/cheve/po | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - ensèk | 6 | 6 | |
| Arthropod -Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Antye san | 1 tib | 1 tib | |
| Extrait RNA | Konsantrasyon: ≥ 20 ng/ µl Kantite ≥ 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28s/18s≥1 | Konsantrasyon: ≥ 100 ng/ µl Kantite ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28s/18s≥1 | Konsantrasyon: ≥ 100 ng/ µl Kantite ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28s/18s≥1 |
Rekòmande livrezon echantiyon
Veso: 2 ml tib santrifijez (papye fèblan pa rekòmande)
(Pou pifò nan echantiyon yo, nou rekòmande pou yo pa prezève nan etanòl.)
Etikèt Echantiyon: Echantiyon yo dwe klèman make ak ki idantik ak fòm enfòmasyon ki soumèt echantiyon an.
Chajman: sèk-glas: echantiyon yo dwe chaje nan sache premye ak antere l 'nan sèk-glas.
Wo nivo
Sèvis koule travay
Eksperyans Design
Livrezon echantiyon
Ekstraksyon ADN
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Apre-sale sèvis yo
Ranpli analiz bioinformatic, separe nan 4 etap:
1) Sondaj Genomic, ki baze sou analiz K-Mer ak NGS li:
Estimasyon gwosè genomic
Estimasyon eterozigozite
Estimasyon nan rejyon repetitif
2) Asanble genomic ak Pacbio hifi:
De Novoasanble
Evalyasyon asanble: ki gen ladan analiz BUSCO pou genomic konplè ak kat tounen nan NGS ak Pacbio hifi li
3) Hi-C asanble:
Hi-C Bibliyotèk QC: Estimasyon nan valab Hi-C entèraksyon
Hi-C asanble: gwoupman nan contigs nan gwoup, ki te swiv pa contig kòmann-nan nan chak gwoup ak plase contig oryantasyon
Hi-C Evalyasyon
4) Anotasyon genomic:
Ki pa Peye-kodaj prediksyon RNA
Sekans repetitif idantifikasyon (transposon ak tandem repete)
Prediksyon Gene
§De Novo: algoritm ab initio
§ Baze sou omoloji
§ ki baze sou transkriptòm, ak long ak kout li: li yoDe Novoreyini oswa trase nan genomic la bouyon
§ Anotasyon nan jèn prevwa ak baz done miltip
1) Genomic sondaj-k-mer analiz
2) Asanble genomic
2) Asanble genomic - Pacbio hifi li kat nan bouyon asanble
2) Hi-C Asanble-Estimasyon nan Hi-C valab entèraksyon pè
3) Hi-C post-asanble evalyasyon
4) Anotasyon genomic - Entegrasyon nan jèn prevwa
4) anotasyon genomic - prevwa anotasyon jèn
Eksplore pwogrè ki te fasilite pa sèvis asanble de novo BMKGENE a nan yon koleksyon òganize nan piblikasyon:
Li, C. et al. (2021) 'sekans genomic revele wout dispèsyon mondyal ak sijere convergent adaptasyon jenetik nan evolisyon seahorse', kominikasyon nati, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) 'gwo-echèl chanjman kwomozomik mennen nan genomic-nivo ekspresyon chanjman, adaptasyon anviwònman an, ak spesyasyon nan masisi a (BOS frontal)', molekilè biyoloji ak evolisyon, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) 'Asanble genomic ak diseksyon jenetik nan yon enpòtan sechrès ki reziste mayi jèm', Nature Jenetik 2023 55: 3, 55 (3), pp 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Evolisyon revele nan biosentèz alkaloid tropane pa analize de jnom nan fanmi an Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), pp 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Defi ka-etid:
Telomere-a-telomè asanble:Fu, A. et al. (2023) 'Telomere-a-telomè asanble genomic nan melon anmè kou fièl (Momordica Charantia L. var. Ser.) Revele devlopman fwi, konpozisyon ak matrité karakteristik jenetik', rechèch ortikol, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
Asanble Haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'Allele-defini genomic revele diferansyasyon biallelic pandan evolisyon kasav', plant molekilè, 14 (6), pp 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Asanble genomic jeyan:Yuan, J. et al. (2022) 'baz jenomik nan giga-kwomozòm yo ak giga-genomic nan pyebwa pivwan paeonia ostii', nati kominikasyon 2022 13: 1, 13 (1), pp 1-16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Asanble genomic polyploid:Zhang, K. et al. (2022) 'Sur jenomik nan rediksyon nan kwomozòm ki sot pase nan otopolyploid kann Saccharum espontane', Nature Jenetik 2022 54: 6, 54 (6), pp 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
