PacBio 2+3 Solisyon mRNA tout longè
Karakteristik
● Etid konsepsyon:
Echantiyon rezime sekans ak PacBio pou idantifye izoform transkripsyon yo
Echantiyon separe (replike ak kondisyon yo dwe teste) sekans akNGS pou quantifier ekspresyon transkripsyon
● PacBio sekans nan mòd CCS, jenere HiFi lekti
● Sekans relve nòt yo plen longè
● Analiz pa bezwen yon genòm referans; sepandan, li ka anplwaye
● Analiz bioenfòmatik gen ladan non sèlman ekspresyon nan nivo jèn ak izofòm, men tou analiz lncRNA, fizyon jèn, poli-adenylation, ak estrikti jèn.
Avantaj
● Segondè Presizyon: HiFi li ak presizyon> 99.9% (Q30), konparab ak NGS
● Altènatif Splicing analiz: sekans tout transkripsyon pèmèt idantifikasyon izoform ak karakterizasyon.
● Konbinezon PacBio ak NGS fòs: pèmèt quantification nan ekspresyon nan nivo izofòm, revele chanjman ki ka maske lè yo analize ekspresyon jèn antye.
● Ekspètiz anpil: ak yon dosye nan ranpli plis pase 1100 pwojè transcriptome plen longè PacBio ak pwosesis plis pase 2300 echantiyon, ekip nou an pote yon richès eksperyans nan chak pwojè.
● Sipò apre lavant: angajman nou pwolonje pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis apre-sale 3 mwa. Pandan tan sa a, nou ofri swivi pwojè, asistans depanaj, ak sesyon Q&A pou adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
Egzanp kondisyon ak livrezon
| Bibliyotèk | Estrateji sekans | Done rekòmande | Kontwòl Kalite |
| PolyA rich mRNA CCS bibliyotèk | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A anrichi | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotid
|
| Konk. (ng/μl) | Kantite (μg) | Pite | Entegrite |
| Bibliyotèk Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Limite oswa pa gen okenn pwoteyin oswa kontaminasyon ADN yo montre sou jèl. | Pou plant: RIN≥4.0; Pou bèt: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz |
| Bibliyotèk PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Limite oswa pa gen okenn pwoteyin oswa kontaminasyon ADN yo montre sou jèl. | Plant: RIN≥7.5 Bèt: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz |
Livrezon echantiyon rekòmande
Veso: 2 ml tib santrifujeur (Fil fèblan pa rekòmande)
Egzanp etikèt: Gwoup + replike egzanp A1, A2, A3; B1, B2, B3.
chajman:
1. Sèk-glas:Echantiyon yo dwe chaje nan sache epi antere l nan glas sèk.
2. Tib RNAstable: echantiyon RNA yo ka cheche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNAstable®) epi voye yo nan tanperati chanm.
Gen ladan analiz sa a:
Kontwòl kalite done kri
Analiz altènatif poliadenilasyon (APA)
Analiz transkripsyon Fusion
Altènatif Splicing analiz
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analiz
Nouvo transkripsyon analiz: prediksyon sekans kodaj (CDS) ak anotasyon fonksyonèl
Analiz lncRNA: prediksyon lncRNA ak sib
Idantifikasyon MicroSatelite (SSR)
Analiz transkripsyon diferan eksprime (DETs).
Analiz diferan eksprime jèn yo (DEG).
Anotasyon fonksyonèl DEG ak DET
BUSCO analiz
Altènatif Splicing analiz
Analiz altènatif poliadenilasyon (APA)
Jèn ki eksprime diferan (DEG) ak transkripsyon (DETs9 analiz
Pwoteyin-pwoteyin rezo entèraksyon DETs ak DEGs
Eksplore avansman sekans mRNA tout longè PacBio 2+3 BMKGene a fasilite atravè yon koleksyon piblikasyon òganize.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamik devlopman Populus tij transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), pp 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Chanjman dinamik nan kontni Ascorbic Asid pandan Devlopman Fwi ak Matirite nan Actinidia latifolia (yon Rekòt Fwi Ascorbate-Rich) ak Mekanis Molekilè Asosye yo', Creole Journal of Molekilè Syans, 23 (10), p. 5808. fè: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Prediksyon efikas nan jèn chemen byosentetik ki enplike nan polifilin bioaktif nan Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5: 1, 5 (1), pp 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Konbine PacBio Iso-Seq ak Illumina RNA-Seq analiz de Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome ak Cytochrome P450 Genes', Ensèk, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Yon sondaj sou konpleksite transcriptom lè l sèvi avèk analiz PacBio yon sèl-molekil an tan reyèl konbine avèk sekans RNA Illumina pou yon pi bon konpreyansyon sou byosentèz asid ricinoleic nan Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), pp 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
