Evolisyon genomic
PNAs
Orijin evolisyonè a ak istwa domestik nan pwason wouj (Carassius auratus)
Pacbio | Illumina | Bionano genomic Map | Hi-C genomic asanble | Kat jenetik | Gwas | RNA-seq
En
1. Goldfish genomic te mete ajou ak yon vèsyon asanble-wo kalite, mare 95.75% nan contigs nan 50 pseudochromosomes (echafodaj N50 = 31.84 MB). De subgenomes yo te dekouraje.
2. Rejyon jenomik nan bale selektif pandan domestik yo te idantifye nan done resequencing nan 201 moun, inogirasyon sou 390 jèn kandida ki gen plis chans ki asosye ak karakteristik domestik.
3.Gwas sou dorsal fin nan pwason wouj domestik devwale 378 jèn kandida ki potansyèlman ki asosye. Yo te idantifye yon repòtè kinaz tirozin-pwoteyin kòm yon jèn kandida kozatif ki asosye avèk transparans
Fon
Goldfish (Carassius auratus) se youn nan pwason ki pi enpòtan kiltive, ki te domestik soti nan Carp Crucian nan ansyen peyi Lachin. Yo te kòmante pa Charles Darwin kòm "pase sou yon divèsite prèske enfini nan koulè, nou rankontre ak modifikasyon ki pi ekstraòdinè nan estrikti". Karakteristik trè divès ak istwa long nan domestik ak elvaj fè pwason wouj yon ekselan sistèm modèl jenetik pou fizyoloji pwason ak evolisyon.
Reyalizasyon
Goldfish genomic
JOint analiz de Pacbio ak Illumina pè-fen sekans done pwodiksyon an yon premye 1.657 g bouyon asanble (contig N50 = 474 kb). Bionano kat optik te pwodwi ak korije asanble a nan 1.73 GB nan gwosè (estime gwosè genomic: 1.8 GB). HI-C ki baze sou asanble plis amelyore echafodaj N50 soti nan 606 KB 31.84 MB ak reyalize 95.75% (1.65 GB) oryante ak te bay lòd pousantaj mare. Genomic la gen ladan 56,251 jèn kodaj ak 10,098 lontan ki pa kodaj transkripsyon. Anplis, 38 rejyon potansyèl santomèr yo te prevwa soti nan 50 kwomozòm.
Fig.1 Gold pwason genomic
TWO kouche klè nan subgenomes yo te idantifye nan 50 kwomozòm yo pwason wouj ki soti nan yon evènman ibridasyon ansyen. Seri a nan kwomozòm ak pi wo pwopòsyon nan li aliyen ant pwason wouj ak barbinae yo te defini kòm subgenome A (Chra01 ~ A25), sètadi subgenome komen nan Barbinae, ak rès yo kòm subgenome B (CHRB01 ~ B25).
Domestication ak bale selektif
ATotal nan 16 kalite sovaj karp Crucian ak 185 varyant pwason wouj reprezantan yo te resequence ak yon pwofondè sekans mwayèn nan apeprè 12.5x, génération 4.3 terabases nan done yo. Rekonstriksyon filojenetik ak analiz PCA konfime yon relasyon pi pre ant pwason wouj komen ak karpye karp pase lòt pwason wouj, ki lèt divize an de liyaj.
LD analiz dekonpozisyon sou pi wo a kat subpopulations sipòte egzistans lan nan yon popilasyon jenetik konstriksyon pandan domestik la ak fò seleksyon atifisyèl nan pwason wouj. Ogmante divèsite jenetik (π) soti nan Carp Crucian nan pwason wouj komen plis nan WEN pwason wouj ak pwason wouj ze endike yon akimilasyon siyifikatif nan varyasyon jenetik pandan domestik yo. 50 rejyon selektif bale jenomik ki kouvri 25.2 MB ak 946 jèn yo te idantifye soti nan done reprezantan (33 pwason wouj ak 16 krap Crucian). Ogmante analiz a 201 moun, 393 jèn ki endike rejyon yo ranpli bale selektif. Jèn sa yo te jwenn nan ba-divèsite, ki gen plis chans kontribye nan fenotip yo ki asosye ak karakteristik pi gwo domestik nan pwason wouj.
Fig.3 Genomic-lajè Domestication-ki asosye analiz
Gwas sou pwason wouj domestik
DOrsal fin se yon karakteristik kle fè distenksyon Wen pwason wouj soti nan pwason wouj ze. GWAS nan dorsal fin sou 96 WEN pwason wouj ak 87 pwason wouj ze devwale 378 jèn kandida gaye nan tout 13 kwomozòm ak yon distribisyon inegal nan sa yo jèn ant subgenomes te obsève. Analiz fonksyonèl sou jèn kandida sa yo make pwosesis byolojik ki gen ladan "siyal reseptè sifas selil", "transmembrane transpò", "devlopman sistèm zo", elatriye.
Fig.4 GWAS nan dorsal fin sou pwason wouj domestik
IN GWAS nan karakteristik ki gen rapò ak echèl transparan, yo te detekte yon sèl gwo pòs asosyasyon. Yon jèn kodaj yon reseptè kinaz tirozin-pwoteyin te idantifye nan youn nan rejyon kandida yo.
Fig.5 GWAS nan karakteristik ki gen rapò ak echèl transparan
Mansyon
CHen D et al. Orijin evolisyonè a ak istwa domestik nan pwason wouj (Carassius auratus). PNAS (2020)
Nouvèl Vize nan pataje dènye ka yo siksè ak teknoloji biomarqueur, kaptire roman reyalizasyon syantifik kòm byen ke teknik enpòtan aplike pandan etid la.
Post tan: Jan-04-2022