Evolisyon genomic, pangenome
Ki sa ki Pan-genomic?
Prèv akimile montre ke divèjans ant tansyon diferan nan yon espès ka gwo. Yon sèl genomic se lwen soti nan ase jwenn foto a tout antye de enfòmasyon jenetik nan yon espès sèl. Rezon ki fè etid PAN-genomic se jwenn yon graf jenomik pi konplè nan yon espès ak dekode relasyon ki genyen ant karakteristik ak kòd jenetik pa fè genomic de novo asanble nan tansyon anpil, ki pèmèt yon min pi fon ak pi laj nan varyasyon yo.
Tandans nan etid pan-genomic
Figi 1 tandans yo nan papye rechèch pibliye nan pan-genomic.
Remak: figi a montre rezilta a nan pran "pan-genomic" kòm mo kle a nan rechèch tit yo nan atik pibliye nan nati, selil ak syans seri jounal
a. Li soti nan echantiyon miltip yo aliyen ak yon referans ak moun ki pa aliyen yo reyini nan contigs roman. Pa ajoute sa yo contigs roman nan sekans referans orijinal la, ka yon referans pangenome dwe konstwi. Rejyon dispansab yo detèmine ki baze sou kat tout li tounen nan pangenome la.
b. Asanble de novo nan jnom yo nan asansyon miltip pèmèt apwòch aliyman antye genomic yo idantifye rejyon dispansab jenomik.
c. Ka yon graf pan-genomic dwe konstwi soti nan aliyman genomic antye oswa pa de novo asanble graf, ki avèk efikasite magazen enfòmasyon Variant nan rejyon dispansab kòm chemen inik nan graf la.
Ki jan yo konstwi yon chodyè-genomic?
Figi 2 Konparezon apwòch Pan-Genomic1
a. Li soti nan echantiyon miltip yo aliyen ak yon referans ak moun ki pa aliyen yo reyini nan contigs roman. Pa ajoute sa yo contigs roman nan sekans referans orijinal la, ka yon referans pangenome dwe konstwi. Rejyon dispansab yo detèmine ki baze sou kat tout li tounen nan pangenome la.
b. Asanble de novo nan jnom yo nan asansyon miltip pèmèt apwòch aliyman antye genomic yo idantifye rejyon dispansab jenomik.
c. Ka yon graf pan-genomic dwe konstwi soti nan aliyman genomic antye oswa pa de novo asanble graf, ki avèk efikasite magazen enfòmasyon Variant nan rejyon dispansab kòm chemen inik nan graf la.
Dènyèman pibliye pan-genomes
● Kadejak kadejak2
● Tomat pan-genomes 3
● Rice chodyè -genomic4
● Sunflower pan-genomic5
● Soya pan-genomic 6
● Rice chodyè-genomic7
● Lòj pan-genomic8
● Wheat Pan-Genomic9
● Sorgo pan-genomic10
● fitoplankton pan-genomic11
Mansyon
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant Pan-Genomes yo se referans nan nouvo. Plant nat. 2020; 6 (8): 914-920. doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al. Uit-wo kalite jnom revele pan-genomic achitekti ak ekotip diferansyasyon nan brassica napus. Plant nat. 2020; 6 (1): 34-45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda mwen, Solèy H, et al. Tomat chodyè-genomic la dekouvwi nouvo jèn ak yon alèl ra reglemante gou fwi. Nat Genet. 2019; 51 (6): 1044-1051. doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al. Analiz PAN-genomic mete aksan sou limit la nan varyasyon jenomik nan kiltive ak diri sovaj [pibliye koreksyon parèt nan Nat Genet. 2018 Aug; 50 (8): 1196]. Nat Genet. 2018; 50 (2): 278-284. doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al. Analiz Pan-genomic tounsòl montre ke ibridasyon chanje kontni jèn ak rezistans maladi. Plant nat. 2019; 5 (1): 54-62. doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al. Pan-genomic nan soya sovaj ak kiltive. Selil. 2020; 182 (1): 162-176.e13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al. Pan-genomic analiz de 33 jenetikman divès asansyon diri revele kache varyasyon jenomik [pibliye sou entènèt devan yo nan enprime, 2021 Me 25]. Selil. 2021; S0092-8674 (21) 00581-X. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al. Lòj pan-genomic la revele eritaj la kache nan elvaj mitasyon. Nati. 2020; 588 (7837): 284-289. doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al. Plizyè jnom ble revele varyasyon mondyal nan elvaj modèn. Nati. 2020; 588 (7837): 277-283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. Varyasyon vaste nan pan-genomic la nan kiltive ak sovaj sorgo [pibliye sou entènèt devan yo nan enprime, 2021 20 me]. Plant nat. 2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al. Fitoplanktonik pangenome revele vaste pwokaryotik transfè jèn orizontal nan divès fonksyon. Sci Adv. 2020; 6 (18): EABA0111. Pibliye 2020 Apr 29. doi: 10.1126/sciadv.aba0111
Post tan: Jan-04-2022