Transkriptomik
nati
Kominikasyon
Full-longè transkripsyon karakterizasyon nan SF3B1 mitasyon nan kwonik lenfosit lesemi revele downregulation nan kenbe enton
Full-longè relve nòt | Nanopore sekans | Altènatif izoform analiz
Fon
SOmatik mitasyon nan splicing faktè SF3B1 te lajman rapòte asosye ak kansè divès kalite, ki gen ladan kwonik lesemi lenfosit (CLL), melanom uveal, kansè nan tete, elatriye Anplis de sa, kout-li etid transkriptomik te revele modèl aberante epapiye pa SF3B1 Mut Mut. Sepandan, etid sou modèl sa yo altènatif splicing ki depi lontan te limite a evènman-nivo ak mank de konesans sou isoform-nivo akòz limit la nan kout-li relve nòt reyini. Isit la, yo te nanopore sekans platfòm prezante yo jenere tout-longè relve nòt, ki pouvwa envante sou kòm isoforms.
Design eksperimantal
Eksperyans
Gwoupman:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E mitasyon); 3. Nòmal B-selil yo
Estrateji sekans:Minion 2D Bibliyotèk sekans, Promethion 1D Bibliyotèk sekans; Kout-li done ki sòti nan menm echantiyon
Platfòm sekans:Ont Minion; Ont Promethion;
Analiz bioinformatic
Rezilta
YounTotal nan 257 milyon dola li yo te pwodwi soti nan 6 echantiyon CLL ak 3 B-selil yo. An mwayèn de 30.5% nan sa yo li yo te idantifye kòm tout-longè relve nòt.
FULL-longè analiz izoform altènatif nan RNA (FLAIR) te devlope jenere yon seri de wo-konfyans isoforms. Flair ka rezime kòm:
NAnopore li aliyman: Idantifye estrikti transkripsyon jeneral ki baze sou referans genomic;
SKoreksyon Plice Junction: erè sekans kòrèk (wouj) ak sit koneksyon soti nan swa annotated intron, intron soti nan kout-li done oswa toude;
COLLAPSE: Rezime izoform reprezantan ki baze sou chenn junction splice (premye-pase seri). Chwazi segondè-konfyans isofrom ki baze sou kantite sipòte li (papòt: 3).
Figi 1. Analiz FLAIR pou idantifye izoform plen-lent ki asosye ak mitasyon SF3B1 nan CLL
FLair idantifye 326,699 segondè-konfyans isoforms spliced, 90% nan yo ki izoforms roman. Pifò nan sa yo isoforms unannotated yo te jwenn yo dwe konbinezon roman nan li te ye juntions splice (142,971), pandan y ap izoform yo roman rès ki genyen swa kenbe intron (21,700) oswa roman Exon (3594).
LOng-li sekans ranfòse idantifikasyon nan mutant SF3B1-K700E -altered sit splice nan isoform-nivo. 35 altènatif 3'ss ak 10 altènatif 5'sss yo te jwenn yo dwe siyifikativman diferansyeman ant SF3B1-K700E ak SF3B1-WT. 33 nan 35 chanjman yo te fèk dekouvri pa sekans long-li. Nan done nanopore, distribisyon an nan distans ant SF3B1-K700E-chanje 3'sss nan sit kanonyal tèt se alantou -20 bp, ki se siyifikativman diferan de yon distribisyon kontwòl, menm jan ak sa ki te rapòte nan CLL sekans kout-li. Isoforms nan jèn ERGIC3 yo te analize, kote yon izoform roman ki gen sit la pwochèn pwochèn yo te jwenn plis abondan nan SF3B1-K700E. Tou de proximal ak distal 3'ss yo te asosye ak distenge kòm modèl génération isoforms miltip.
Figi 2. Altènatif 3 ′ modèl splicing idantifye ak done sekans nanopore
Analiz IR evènman IR te lontan limite nan kout-li analiz ki baze sou akòz konfyans nan idantifikasyon IR ak quantification. Ekspresyon nan IR isoforms nan SF3B1-K700E ak SF3B1-WT yo te chiffres ki baze sou sekans nanopore, revele yon mondyal desann-règleman nan isoforms IR nan SF3B1-K700E.
Figi. Entansite agrikilti ak koneksyon rezo atravè twa sistèm agrikilti (a ak b); Analiz forè o aza (c) ak relasyon ant entansite agrikòl ak kolonizasyon AMF (d)
Figi 3. Evènman lwaye intron yo plis fòtman downregulated nan CLL SF3B1-K700E
Teknoloji
Nanopore long-li sekans
NAnopore sekans se yon sèl molekil an tan reyèl siyal elektrik sekans teknoloji.
DADN ouble-bloke oswa RNA ap mare nan pwoteyin nanoporous entegre nan biofilm a ak dewoulman anba plon an nan pwoteyin motè.
DNA/RNA seksyon pase nan pwoteyin chanèl nanopore nan sèten pousantaj anba aksyon an nan diferans vòltaj.
MOlecules jenere diferan siyal elektrik dapre estrikti chimik.
RSe deteksyon EAL-tan nan sekans reyalize pa rele baz.
Pèfòmans nan tout longè sekans transkriptòm
Saturation done saturation
7-pliye mwens li oblije rive nan saturation done konparab.
Idantifikasyon estrikti transkripsyon an
Idantifikasyon divès varyant estriktirèl ak konsansis plen longè lekti nan chak transkripsyon
-
Mansyon
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al. Full-longè transkripsyon karakterizasyon nan SF3B1 mitasyon nan kwonik lenfosit lesemi revele downregulation nan kenbe enton [J]. Nature Communications.
Tech ak En Vize nan pataje ki pi resan aplikasyon siksè nan diferan teknoloji segondè-debi sekans nan divès kalite tèren reseach kòm byen ke lide briyan nan konsepsyon eksperimantal ak min done.
Post tan: Jan-08-2022