Nanopore Full-length transcriptome

Nanopore transcriptome sekans se yon metòd pwisan pou sekans tout longè cDNAs, byen idantifye ak quantifier izoform transkripsyon. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline a fèt pou analize done RNA-Seq ki te pwodwi sou platfòm Nanopore kont yon bon jan kalite jenom referans ki byen anote, ki bay analiz kalitatif ak quantitative nan nivo jèn ak transkripsyon. Apre kontwòl kalite, yo jwenn sekans plen longè ki pa chimerik (FLNC) epi sekans konsansis yo trase nan jenom referans la pou retire transkripsyon redondants. Soti nan seri transkripsyon sa a, ekspresyon yo quantifye epi yo idantifye jèn yo ak transkripsyon yo ak anote fonksyonèl. Tiyo a gen ladan tou analiz altènatif poliadenilasyon (APA), analiz splicing altènatif, analiz repetisyon sekans senp (SSR), prediksyon lncRNA ak objektif korespondan, prediksyon sekans kodaj (CDS), analiz fanmi jèn, analiz faktè transkripsyon, prediksyon jèn nouvo. ak anotasyon fonksyonèl nan relve nòt.