Hi-c ki baze sou jenòm asanble
Hi-C se yon metòd ki fèt pou pran konfigirasyon kwomozòm pa konbine entèraksyon ki baze sou pwoksimite ak sekans-wo debi. Se entansite a nan sa yo entèraksyon kwè yo dwe negatif Koehle ak distans fizik sou kwomozòm. Se poutèt sa, HI-C done yo itilize gide gwoupman an, kòmann-nan, ak oryante nan sekans reyini nan yon genomic bouyon ak mare moun ki sou yon sèten kantite kwomozòm. Teknoloji sa a ranfòse yon asanble genomic nivo kwomozòm nan absans yon kat jenetik popilasyon ki baze sou. Chak genomic sèl bezwen yon Hi-C.
Karakteristik Sèvis
● Sekans sou Illumina Novaseq ak PE150.
● Sèvis mande pou echantiyon tisi, olye pou yo extrait asid nikleyik, nan kwa-lyen ak fòmaldeyid ak konsève entèraksyon yo ADN-pwoteyin.
● Eksperyans HI-C a enplike nan restriksyon ak fen reparasyon nan fini yo kolan ak biotin, ki te swiv pa circularization nan ki kapab lakòz yo blunt fini pandan y ap konsève entèraksyon yo. Se ADN nan Lè sa a, rale desann ak pèl streptavidin ak pirifye pou preparasyon bibliyotèk ki vin apre.
Avantaj Sèvis
Apèsi sou lekòl la nan Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Syans, 2009)
●Elimine bezwen pou done popilasyon jenetik:Hi-C ranplase enfòmasyon esansyèl ki nesesè pou contig ancrage.
●Gwo dansite makè:ki mennen ale nan yon rapò segondè contig mare pi wo a 90%.
●Anpil ekspètiz ak dosye piblikasyon:BMKGENE gen vas eksperyans ak plis pase 2000 ka Hi-C genomic asanble soti nan 1000 diferan espès ak divès kalite rive. Plis pase 200 ka pibliye gen yon faktè enpak akimile nan plis pase 2000.
●Ekip trè kalifye bioinformatics:Avèk nan-kay rive ak copyrights lojisyèl pou Hi-C eksperyans ak analiz done, pwòp tèt ou-devlope lojisyèl an vizyalizasyon done pèmèt blòk manyèl k ap deplase, ranvèse, revoke, ak refè.
●Post-lavant sipò:Angajman nou an pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis 3-mwa apre-sale. Pandan tan sa a, nou ofri pwojè swiv-up, depanaj asistans, ak Q & Yon sesyon adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
●Complète anotasyon: Nou itilize plizyè baz done pou fè anote fonksyonèl jèn yo ak varyasyon idantifye yo epi fè analiz anrichisman korespondan, ki bay Sur sou pwojè rechèch miltip.
Espesifikasyon Sèvis
| Preparasyon Bibliyotèk | Estrateji sekans | Rekòmande pwodiksyon done | Kontwòl kalite |
| Hi-C Bibliyotèk | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Egzanp kondisyon
| Mouchwa papye | Montan obligatwa |
| Viscera bèt | ≥ 2 g |
| Misk Animal | |
| San mamifè | ≥ 2 ml |
| Poul/san pwason | |
| Plant- fre fèy | ≥ 3 g |
| Selil kiltive | ≥ 1x107 |
| Ensek | ≥ 2 g |
Sèvis koule travay
Eksperyans Design
Livrezon echantiyon
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Apre-sale sèvis yo
1) Done anvan tout koreksyon QC
2) Hi-C Bibliyotèk QC: Estimasyon nan valab Hi-C entèraksyon
3) Hi-C asanble: gwoupman nan contigs nan gwoup, ki te swiv pa contig kòmann-nan nan chak gwoup ak plase contig oryantasyon
4) Hi-C Evalyasyon
Hi-C Bibliyotèk QC-Estimasyon nan Hi-C valab entèraksyon pè
Hi-C Asanble-Estatistik
Post-asanble evalyasyon-Heatmap nan entansite siyal ant posode
Eksplore pwogrè yo fasilite pa sèvis asanble Hi-C BMKGene a nan yon koleksyon òganize nan piblikasyon.
Tian, T. et al. (2023) 'Asanble genomic ak diseksyon jenetik nan yon enpòtan sechrès ki reziste mayi jèm', Nature Jenetik 2023 55: 3, 55 (3), pp 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. (2020) 'Yon asanble kwomozòm-echèl nan Azyatik Azyatik APIs Cerana genomic la', Frontiers nan Jenetik, 11, p. 524140. DOI: 10.3389/fgene.2020.00279/Bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) 'Evolisyon revele nan biosentèz alkaloid tropane pa analize de jnom nan fanmi an Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), pp 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Jenom nan pye bwa a banyan ak gèp polinizateur bay Sur nan fig frans-wasp coevolution', selil, 183 (4), pp 875-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
