Entèraksyon Chromatin ki baze sou Hi-C
Karakteristik sèvis yo
● Sekans sou Illumina NovaSeq ak PE150.
● Sèvis mande pou echantiyon tisi yo, olye pou yo ekstrè asid nikleyik, kwaze ak fòmaldeyid epi konsève entèraksyon ADN-pwoteyin yo.
● Eksperyans Hi-C a enplike nan restriksyon ak reparasyon fen nan pwent yo kolan ak biotin, ki te swiv pa sirkularizasyon nan pwent yo ki ka lakòz bouche pandan y ap konsève entèraksyon yo. Lè sa a, ADN a rale desann ak pèl streptavidin ak pirifye pou preparasyon bibliyotèk ki vin apre.
Avantaj sèvis yo
●Optimal restriksyon anzim konsepsyon: asire yon efikasite segondè Hi-C sou diferan espès ak jiska 93% pè entèraksyon valab.
●Ekspètiz anpil ak Dosye Piblikasyon:BMKGene gen anpil eksperyans ak > 2000 pwojè sekans Hi-C ki soti nan 800 espès diferan ak patant divès kalite. Plis pase 100 ka pibliye ak yon faktè enpak akimilasyon plis pase 900.
●Ekip Bioenfòmatik ki gen anpil konpetans:ak patant andedan kay la ak copyright lojisyèl pou eksperyans Hi-C ak analiz done ak yon lojisyèl pwòp tèt ou devlope done vizyalizasyon.
●Sipò apre lavant:Angajman nou an pwolonje pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis apre-sale 3 mwa. Pandan tan sa a, nou ofri swivi pwojè, asistans depanaj, ak sesyon Q&A pou adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
●Anotasyon konplè: nou itilize plizyè baz done pou fè anote fonksyonèl jèn yo ak varyasyon idantifye epi fè analiz anrichisman ki koresponn lan, bay apèsi sou plizyè pwojè rechèch.
Espesifikasyon Sèvis
| Bibliyotèk | Estrateji sekans | Rekòmande pwodiksyon done | Rezolisyon siyal Hi-C |
| Hi-C bibliyotèk | Illumina PE150 | Bouk chromatin: 150x TAD: 50x | Chromatin bouk: 10Kb TAD: 40Kb |
Kondisyon pou sèvis yo
| Kalite echantiyon | Kantite lajan obligatwa |
| Tisi bèt | ≥2g |
| San antye | ≥2mL |
| Fongis | ≥1g |
| Plant- jenn tisi | 1g/aliquot, 2-4 aliquotes rekòmande |
| Selil Kiltive | ≥1x107 |
Gen ladan analiz sa a:
● Raw done QC;
● Kat jeyografik ak Hi-C bibliyotèk QC: pè entèraksyon valab ak Ekspozan Dekazyon Entèraksyon (IDEs);
● Profiling entèraksyon nan tout genòm: analiz cis/trans ak kat entèraksyon Hi-C;
● Analiz distribisyon A/B lòj;
● Idantifikasyon TAD ak bouk chromatin;
● Analiz diferansyèl sou eleman estrikti 3D chromatin nan mitan echantiyon yo ak korespondan annotasyon fonksyonèl nan jèn ki asosye yo.
Distribisyon pwopòsyon cis ak trans
Heatmap nan entèraksyon kwomozòm ant echantiyon yo
Distribisyon nan tout genòm nan konpatiman A/B
Distribisyon nan tout genòm nan bouk kwomatin
Vizyalizasyon TAD yo
Eksplore pwogrè rechèch yo fasilite pa sèvis sekans Hi-C BMKGene a atravè yon koleksyon piblikasyon òganize.
Meng, T. et al. (2021) 'Yon analiz konparatif entegre milti-omik idantifye CA2 kòm yon sib roman pou chordoma',Neuro-nkoloji, 23(10), pp 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) 'Dezòganizasyon 3D ak reyajman genòm bay yon apèsi sou patojenèz NAFLD pa entegre Hi-C, Nanopore, ak sekans RNA',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), pp 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
