De novo chanpiyon asanble genomic
BMKGENE ofri solisyon versatile pou jnom chanpiyon, Restoration nan bezwen rechèch divès ak vle genomic konplè. Itilize kout-li Illumina sekans pou kont li pèmèt jenerasyon an nan yon genomic bouyon. Kout-li ak long-li sekans lè l sèvi avèk nanopore oswa Pacbio yo konbine pou yon genomic plis rafine chanpiyon ak contigs ankò. Anplis, entegre HI-C sekans plis amelyore kapasite yo, sa ki pèmèt reyalizasyon nan yon konplè kwomozòm-nivo genomic.
Karakteristik Sèvis
Avèk twa opsyon posib yo chwazi nan depann sou degre a vle nan genomic konplè:
● Opsyon Genomic Draft: Kout-li sekans ak Illumina Novaseq PE150.
● Opsyon chanpiyon amann genomic:
Sondaj Genomic: Illumina Novaseq PE150.
Asanble genomic: Pacbio Revio (Hifi li) oswa nanopore Promethion 48.
● Kwomozòm-nivo chanpiyon genomic:
Sondaj Genomic: Illumina Novaseq PE150.
Asanble genomic: Pacbio Revio (Hifi li) oswa nanopore Promethion 48.
Contig mare ak Hi-C asanble.
Avantaj Sèvis
●Estrateji sekans miltip ki disponib: Pou objektif rechèch diferan ak kondisyon nan genomic konplè
●Ranpli workflow bioinformatics:Sa gen ladan asanble genomic ak prediksyon nan eleman jenomik miltip, anotasyon jèn fonksyonèl, ak contig mare.
●Anpil ekspètiz: Avèk plis pase 12,000 jnom microbes reyini, nou pote sou yon dekad nan eksperyans, yon ekip analiz trè kalifye, kontni konplè, ak ekselan sipò pòs-lavant yo.
●Post-lavant sipò:Angajman nou an pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis 3-mwa apre-sale. Pandan tan sa a, nou ofri pwojè swiv-up, depanaj asistans, ak Q & Yon sesyon adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
Espesifikasyon Sèvis
| Lanmès | Estrateji sekans | Kontwòl kalite |
| Bouyon genomic | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Amann genomic | Sondaj Genomic: Illumina PE150 50 x Asanble: Pacbio Hifi 30x oswa nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB （Pacbio Unicellular） contig n50 ≥2Mb （ont uncellular） contig n50 ≥500kb （lòt moun） |
| Genomic nivo kwomozòm | Sondaj Genomic: Illumina PE150 50 x Asanble: Pacbio Hifi 30x oswa nanopore 100x Hi-c asanble 100x | Contig Anchor rapò> 90%
|
Kondisyon sèvis yo
| Konsantrasyon (ng/µL) | Kantite lajan total (µg) | Volim (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥ 20 | ≥2 | ≥ 20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥ 20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Ilistrasyon | ≥1 | ≥0.06 | ≥ 20 | - | - |
Chanpiyon unicellular: ≥3.5x1010 selil
Macro chanpiyon: ≥10 g
Sèvis koule travay
Livrezon echantiyon
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Apre-sale sèvis yo
Gen ladan analiz sa a:
Sondaj genomic:
- Sekans kontwòl kalite done
- Estimasyon genomic: gwosè, eterozigozite, eleman repetitif
Fine Asanble genomic:
- Sekans kontwòl kalite done
- De NovoAsanble
- Analiz eleman genomic: prediksyon CD ak plizyè eleman jenomik
- Anotasyon fonksyonèl ak plizyè baz done jeneral (ale, keg, elatriye) ak baz done avanse (kat, vfdb, elatriye)
Hi-C asanble:
- Hi-C Bibliyotèk Evalyasyon.
- Contigs ankre clustering, kòmann -nan ak oryante
- Evalyasyon HI-C asanble: Baze sou referans genomic ak kat chalè
Sondaj Genomic: K-Mer Distribisyon
Asanble genomic: Gene omolog anotasyon (NR baz done)
Asanble genomic: anotasyon jèn fonksyonèl (GO)
Eksplore pwogrè yo fasilite pa BMKGENE a chanpiyon sèvis asanble genomic nan yon koleksyon òganize nan piblikasyon.
Hao, J. et al. (2023) 'entegre OMIC profilage nan medsin djondjon inonotus oblik la anba kondisyon submerged',BMC Genomics, 24 (1), pp. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/figi/3.
Lu, L. et al. (2023) 'sekans genomic revele evolisyon an ak mekanism patojèn nan ble a byen file eyespot patojèn rhizoctonia cerealis',Journal la rekòt, 11 (2), pp. 405-416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'resous genomic pou kat espès Clarireedia sa ki lakòz plas dola sou divès kalite gazon',Plante maladi, 107 (3), pp 929-934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'prèv jenetik ak molekilè nan yon sistèm kwazman tetrapolè nan djondjon manjab Grifola frondosa a',Journal of Fungi, 9 (10), p. 959. DOI: 10.3390/JOF9100959/S1.
