Plen longè mRNA sekans-nanopore
Karakteristik
● Kaptire Poly-A mRNA ki te swiv pa sentèz cDNA ak preparasyon bibliyotèk
● Sekans nan tout longè relve nòt yo
● analiz bioinformatic ki baze sou aliyman nan yon genomic referans
● Bioinformatic analiz gen ladan pa sèlman ekspresyon nan jèn ak isoform-nivo, men tou analiz de lncRNA, fizyon jèn, poly-adenilasyon ak estrikti jèn
Avantaj Sèvis
●Quantification nan ekspresyon nan nivo a isoform: Pèmèt analiz ekspresyon detaye ak egzat, inogirasyon chanjman ki ka maske lè analize tout ekspresyon jèn la
●Redwi demand done:Konpare ak pwochen-jenerasyon sekans (NGS), nanopore sekans ekspozisyon pi ba kondisyon done, sa ki pèmèt pou nivo ekivalan nan ekspresyon jèn quantification saturation ak pi piti done.
●Pi wo presizyon nan quantification ekspresyon: tou de nan nivo jèn ak izoform
●Idantifikasyon enfòmasyon transcriptomic adisyonèl: poliadenilasyon altènatif, jèn fizyon ak lcnRNA ak jèn sib yo
●Anpil ekspètiz: Ekip nou an pote yon richès nan eksperyans nan chak pwojè, li te gen ranpli plis pase 850 nanopore plen longè pwojè transkriptòm ak trete sou 8,000 echantiyon.
●Post-lavant sipò: Angajman nou an pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis 3-mwa apre-sale. Pandan tan sa a, nou ofri pwojè swiv-up, depanaj asistans, ak Q & Yon sesyon adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
Egzanp kondisyon ak livrezon
| Bibliotèk | Estrateji sekans | Done rekòmande | Kontwòl kalite |
| Poly yon rich | Illumina PE150 | 6/12 GB | Mwayèn nòt bon jan kalite: Q10 |
Egzijans Egzanp:
Nukleotid:
| Conc. (Ng/μl) | Kantite lajan (μg) | Pite | Entegrite |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Limite oswa pa gen pwoteyin oswa ADN kontaminasyon yo montre sou jèl. | Pou plant: Rin≥7.0; Pou bèt: Rin ≥7.5; 5.0≥28s/18s≥1.0; Limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz |
● Plant yo:
Rasin, tij oswa petal: 450 mg
Fèy oswa pitit pitit: 300 mg
Fwi: 1.2 g
● Animal:
Kè oswa trip: 300 mg
Viscera oswa sèvo: 240 mg
Misk: 450 mg
Zo, cheve oswa po: 1g
● Arthropods:
Ensèk: 6g
Crustacea: 300 mg
● san antye: 1 tib
● Selil yo: 106 selil
Rekòmande livrezon echantiyon
Veso: 2 ml tib santrifijez (papye fèblan pa rekòmande)
Etikèt Etikèt: Gwoup+replike EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Chajman:
1. sèk-glas: echantiyon yo dwe chaje nan sache ak antere l 'nan sèk-glas.
2. Tib rnastable: echantiyon RNA ka seche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNASTABLE®) ak anbake nan tanperati chanm.
Sèvis koule travay
Nukleotid:
Livrezon echantiyon
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Apre-sale sèvis yo
Sèvis koule travay
Tisi:
Eksperyans Design
Livrezon echantiyon
Ekstraksyon RNA
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Apre-sale sèvis yo
● Pwosesis done anvan tout koreksyon
● Idantifikasyon transkripsyon
● Altènatif splicing
● Ekspresyon quantification nan nivo jèn ak nivo isoform
● Analiz ekspresyon diferans
● Fonksyon anotasyon ak anrichisman (DEGs ak DETs)
Altènatif analiz splicing
Altènatif analiz poliadenilasyon (APA)
prediksyon lncRNA
Anotasyon nan jèn roman
Clustering nan dets
Rezo pwoteyin-pwoteyin nan DEG
Eksplore pwogrè yo fasilite pa nanopore BMKGENE a plen longè mRNA sekans sèvis nan yon koleksyon òganize nan piblikasyon.
Gong, B. et al. (2023) 'epigenetik ak transcriptional deklanchman nan sekretè kinaz FAM20C a kòm yon onkogèn nan glioma', Journal of Jenetik ak Jenomik, 50 (6), pp 422-433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
Li, Z. et al. (2023) 'plen-longè transkriptòm sekans nan lenfosit reponn a IFN-γ revele yon repons iminitè Th1-fose nan flounder (Paralichthys olivaceus)', Pwason & iminoloji kristase, 134, p. 108636. DOI: 10.1016/j.fsi.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'analiz konparatif nan metòd sekans Pacbio ak ONT RNA pou Nemopilema nomurai venen idantifikasyon', Jenomik, 115 (6), p. 110709. DOI: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq analiz revele diferan tandans fonksyonèl ant exosomes ak microvesicles sòti nan humsc', rechèch selil souch ak terapi, 14 (1), pp 1-13. doi: 10.1186/s13287-023-03491-5/tab/6.
