Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud ouvri sesyon an

Pwodwi

Plen longè mRNA sekans -pacbio

Full -longè mRNA sekans -pacbio chin an tap imaj

Pandan ke NGS ki baze sou mRNA sekans se yon zouti versatile pou quantification ekspresyon jèn, depandans li yo sou kout li mete restriksyon sou itilizasyon li yo nan analyses konplèks transkriptomik. Nan lòt men an, Pacbio sekans (ISO-Seq) anplwaye teknoloji long-li, pèmèt sekans nan tout longè transkripsyon mRNA. Apwòch sa a fasilite yon eksplorasyon konplè nan splicing altènatif, fizyon jèn, ak poly-adenilasyon. Sepandan, gen lòt chwa pou quantification ekspresyon jèn akòz kantite lajan an segondè nan done yo mande yo. Teknoloji sekans Pacbio depann sou sekans sèl-molekil, an tan reyèl (SMRT), ki bay yon avantaj distenk nan kaptire tout longè transkripsyon mRNA. Apwòch sa a inovatè enplike nan lè l sèvi avèk zewo-mòd onn (ZMWs) ak mikrofabrike pwi ki pèmèt obsèvasyon an tan reyèl nan aktivite ADN polymerase pandan sekans. Nan sa yo ZMWs, ADN Polymerase Pacbio a sentèz yon seksyon konplemantè nan ADN, génération li lontan ki span antye nan transkripsyon mRNA. Operasyon Pacbio nan mòd konsansis sikilè (CCS) mòd amelyore presizyon pa repete sekans menm molekil la. IFI a pwodwi li gen yon presizyon ki konparab ak NGS, plis kontribiye nan yon analiz konplè ak serye nan karakteristik transkriptomik konplèks.

Platfòm: Pacbio Sequel II; Pacbio Revio

Kontakte nou

Sèvis Detay

Bioinformatics

Rezilta Demo

Piblikasyon Anons Spesyal

Karakteristik

● sentèz cDNA soti nan Poly-A mRNA ki te swiv pa preparasyon bibliyotèk

● Sekans nan mòd CCS, génération HIFI li

● Sekans nan tout longè relve nòt yo

● Analiz la pa nesesite yon genomic referans; Sepandan, li ka travay

● Bioinformatic analiz pèmèt analiz de relve nòt isoform lncRNA, fizyon jèn, poly-adenilasyon, ak estrikti jèn

Avantaj Sèvis

●Segondè presizyon: Hifi li ak presizyon> 99.9% (Q30), konparab ak NGS

● Altènatif analiz splicing: sekans nan relve nòt yo tout pèmèt idantifikasyon isoform ak karakterizasyon

●Anpil ekspètiz: Avèk yon dosye track nan ranpli plis pase 1100 Pacbio plen longè pwojè transkriptòm ak pwosesis sou 2300 echantiyon, ekip nou an pote yon richès nan eksperyans nan chak pwojè.

●Post-lavant sipò: Angajman nou an pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis 3-mwa apre-sale. Pandan tan sa a, nou ofri pwojè swiv-up, depanaj asistans, ak Q & Yon sesyon adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.

Egzanp kondisyon ak livrezon

Bibliotèk

Estrateji sekans

Done rekòmande

Kontwòl kalite

Polya anrichi bibliyotèk CCS mRNA

Pacbio fen II

Pacbio Revio

20/40 GB

5/10 M CCS

Q30≥85%

Egzijans Egzanp:

Nukleotid:

● Plant yo:

Rasin, tij oswa petal: 450 mg

Fèy oswa pitit pitit: 300 mg

Fwi: 1.2 g

● Animal:

Kè oswa trip: 300 mg

Viscera oswa sèvo: 240 mg

Misk: 450 mg

Zo, cheve oswa po: 1g

● Arthropods:

Ensèk: 6g

Crustacea: 300 mg

● san antye: 1 tib

● Selil yo: 10⁶selil

Conc. (Ng/μl)

Kantite lajan (μg)

Pite

Entegrite

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280 = 1.7-2.5

OD260/230 = 0.5-2.5

Limite oswa pa gen pwoteyin oswa ADN kontaminasyon yo montre sou jèl.

Pou plant: Rin ≥7.5;

Pou bèt: Rin≥8.0;

5.0≥ 28s/18s≥1.0;

Limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz

Rekòmande livrezon echantiyon

Veso: 2 ml tib santrifijez (papye fèblan pa rekòmande)

Etikèt Etikèt: Gwoup+replike EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Chajman:

1. sèk-glas: echantiyon yo dwe chaje nan sache ak antere l 'nan sèk-glas.

2. Tib rnastable: echantiyon RNA ka seche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNASTABLE®) ak anbake nan tanperati chanm.

Sèvis koule travay

Eksperyans Design

Livrezon echantiyon

Ekstraksyon RNA

Konstriksyon Bibliyotèk

Syen

Done analiz

Apre-sale sèvis yo

Previous: Ekaryotik mRNA sekans-NGS

Next: Plen longè mRNA sekans-nanopore

Gen ladan analiz sa a:

● Raw done kontwòl kalite

● Altènatif analiz poliadenilasyon (APA)

● Analiz transkripsyon fizyon

● Altènatif analiz splicing

● Benchmarking Inivèsèl Single-kopi Orthologs (BUSCO) analiz

● Analiz transkripsyon roman: prediksyon sekans kodaj (CD) ak anotasyon fonksyonèl

● LNCRNA analiz: Prediksyon nan lncRNA ak objektif

● Idantifikasyon Microsatelit (SSR)

Busco analiz

Altènatif analiz splicing

Altènatif analiz poliadenilasyon (APA)

Anotasyon fonksyonèl nan relve nòt roman

Eksplore pwogrè yo fasilite pa nanopore BMKGene a plen longè mRNA sekans sèvis nan sa a piblikasyon chin an tap.

Ma, Y. et al. (2023) 'analiz konparatif nan metòd sekans Pacbio ak ONT RNA pou Nemopilema nomurai venen idantifikasyon', Jenomik, 115 (6), p. 110709. DOI: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.

Chao, K. et al. (2019) 'dinamik yo devlopman nan Populus tij transkriptòm lan', Plant Biyoteknoloji Journal, 17 (1), pp 206-219. doi: 10.1111/pbi.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'chanjman dinamik nan kontni asid ascorbic pandan devlopman fwi ak matrité nan Actinidia latifolia (yon ascorbate rich rekòt fwi) ak ki asosye mekanis molekilè', Creole Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. DOI: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Prediksyon efikas nan jèn chemen byosentetik ki enplike nan polyphyllins byoaktif nan Pari Polyphylla', Biyoloji Kominikasyon 2022 5: 1, 5 (1), pp 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) 'konbine Pacbio ISO-seq ak Illumina RNA-seq analiz de Tuta Absoluta (Meyrick) transkriptòm ak sitokrom P450 jèn yo, ensèk, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/ensèk14040363/s1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'Yon sondaj sou konpleksite transkriptòm lè l sèvi avèk Pacbio sèl-molekil analiz an tan reyèl konbine avèk Illumina RNA sekans pou yon pi bon konpreyansyon yo genyen sou ricinoleic asid byosentèz nan Ricinus communis', BMC jenomik, 20 (1), pp. 1-17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.