Konparatif jenomik
Avantaj Sèvis
●Anpil ekspètiz ak dosye piblikasyon: Avèk akimile, BMKGENE te konplete plis pase 90 pwojè jenomik konparatif, ak yon faktè kimilatif enpak rive nan 900.
●Comprehensive analiz bioinformatics: Pake a analyses gen uit analyses yo pi souvan obligatwa, bay ki byen ki fèt pare-a-pibliye figi ak pèmèt pou yon entèpretasyon fasil nan rezilta yo
●Trè kalifye ekip bioinformatics ak sik analiz kout: Avèk gwo eksperyans nan analiz jenomik konparatif, ekip Bmkgene a satisfè divès analiz analiz pèsonalize nan yon tan vire-alantou tan
●Post-lavant sipò:Angajman nou an pi lwen pase fini pwojè ak yon peryòd sèvis 3-mwa apre-sale. Pandan tan sa a, nou ofri pwojè swiv-up, depanaj asistans, ak Q & Yon sesyon adrese nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
Espesifikasyon Sèvis
| Estime vire-alantou tan | Kantite espès | Analis |
| 30 jou travay | 6 - 12 | Gwoupman fanmi jèn Ekspansyon fanmi jèn ak kontraksyon Konstriksyon pyebwa filojenetik Estimasyon tan divergence (kalibrasyon fosil obligatwa) Tan ensèsyon LTR (pou plant) Whole genomic repetisyon (pou plant) Presyon selektif Analiz synteny |
Analiz bioinformatics
● Fanmi jèn
● Filojenetik
● Tan divergence
● Presyon selektif
● Analiz Synteny
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzijans Egzanp:
Tisi oswa ADN pou sekans genomic ak asanble
Pou tisi
| Espès | Mouchwa papye | Apante | Pacbio CCS |
| Zannimo | Tisi brankyo | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Tisi nan misk | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 ml | |||
| San mamifè | |||
| ≥ 0.5 ml | |||
| Poul/san pwason | |||
| Plante | Fèy fre | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petal/tij | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Rasin/Grenn | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Selil | Selil kiltive | - | ≥ 1 x 108 |
Done
Dosye sekans genomic (.fasta) ak dosye anotasyon (.gff3) nan espès pre ki gen rapò
Sèvis koule travay
Eksperyans Design
Livrezon echantiyon
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Apre-sale sèvis yo
*Rezilta Demo yo montre isit la yo tout soti nan jnom pibliye ak teknoloji biomarqueur
1.LTR insert tan estimasyon: figi a montre yon inik distribisyon bimodal nan LTR-RTS ensèsyon fwa nan weining ry genomic, konpare ak lòt espès yo. Pik ki pi resan an parèt alantou 0.5 milyon ane de sa.
Li Guang et al.,Nati jenetik, 2021
2.Phylogeny ak jèn fanmi analiz sou Chayote (Sechium edule): Pa analize Chayote ak lòt 13 espès yo ki gen rapò nan fanmi jèn, Chayote te jwenn yo dwe pi pre ki gen rapò ak koulèv goud (Trichosanthes Anguina). Chayote sòti nan koulèv goud nan alantou 27-45 MYA ak tout genomic repetisyon (WGD) te obsève nan Chayote nan 25 ± 4 Mya, ki se twazyèm evènman an WGD nan Cucuibitaceae.
Fu a et al.,Rechèch ortikol, 2021
3.Synteny analiz: Gen kèk jèn ki gen rapò ak phytohormones nan devlopman fwi yo te jwenn nan chayote, koulèv goud ak kalbas. Korelasyon ant chayote ak kalbas se yon ti kras pi wo pase sa ki ant chayote ak koulèv goud.
Fu a et al.,Rechèch ortikol, 2021
4.gèn analiz fanmi: anrichisman KEGG sou ekspansyon fanmi jèn ak kontraksyon nan G.Thurberi ak G.Davidsonii jnom yo montre ke byosentèz esteroyid ak brassinosteroid biosynthesis jèn yo te elaji.
Yang Z et al.,BIOLOGI BMC, 2021
5.Whole Genomic Doublon Analysis: 4DTV ak KS Distribisyon analiz yo montre antye genomic repetisyon evènman. Pik nan entèspecies yo montre evènman repetisyon. Pik nan entèspecies yo montre evènman speciation. Analiz la endike ke konpare ak lòt twa espès yo pre ki gen rapò, O. Europaea te ale nan yon gwo echèl jèn repetisyon pi resamman.
Rao G et al.,Rechèch ortikol, 2021
Ka bmk
Rose san Prickle: Sur jenomik lye nan adaptasyon imidite
Pibliye: Revizyon Syans Nasyonal, 2021
Estrateji sekans:
'Basye aThornless'(R.Wichurainan) Genomic:
Approx. 93 x Pacbio + approx. 90 x nanopore + 267 x Illumina
Rezilta kle yo
1. Segondè bon jan kalite r.wichuraiana genomic te konstwi lè l sèvi avèk long-li teknik sekans, ki bay yon asanble nan 530.07 MB (estime gwosè genomic te apeprè 525.9 MB pa sikilasyon koule ak 525.5 pa sondaj genomic ； eterozigozite te alantou 1.03%). Busco estime nòt te 93.9%. Konparezon ak "fin vye granmoun ront" (haploob), yo te bon jan kalite a ak konplè nan sa a genomic konfime pa baz yon sèl-baz presizyon ak LTR endèks asanble (LAI = 20.03). R.Wichuraiana genomic gen 32,674 pwoteyin kodaj jèn.
2.Multi-omics analiz jwenti, ki gen ladan jenomik konparatif, transkriptomik, analiz QTL nan popilasyon jenetik, devwale spekyasyon nan kritik ant R. wichuraiana ak Rosa chinensis. Epitou, varyasyon ekspresyon nan jèn ki gen rapò nan QTL te chans yo dwe asosye ak tij pike modèl.
Konparatif jenomik anaysis ant basye; s thornless ak rosa chinensis ki gen ladan analiz synteny, jèn fanmi gwoup, ekspansyon ak kontraksyon analiz, devwale gwo kantite varyasyon, ki gen rapò ak karakteristik enpòtan nan roz. Ekspansyon inik nan fanmi jèn NAC ak FAR1/FRS te gen anpil chans pou yo asosye avèk rezistans nan plas nwa.
Konparatif analiz jenomik ant BT ak haploob jnom.
Zhong, M., et al. "Rose san Prickle: Sur jenomik lye nan adaptasyon imidite"Revizyon Syans Nasyonal, 2021;, NWAB092.
