Analiz Segregant Bulked
Avantaj Sèvis
Takagi et al., Plant Journal la, 2013
● Lokalizasyon egzat: melanje melanje ak 30+30 a 200+200 moun pou misyon pou minimize bri background; Prediksyon rejyon ki pa synonymous mutatants ki baze sou kandida.
● Comprehensive analiz: an pwofondè kandida jèn fonksyon anotasyon, ki gen ladan NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, elatriye.
● Pi vit tan rotation: lokalizasyon rapid jèn nan 45 jou travay.
● anpil eksperyans: BMK te kontribye nan dè milye de karakteristik lokalizasyon, ki kouvri divès espès tankou rekòt, pwodwi akwatik, forè, flè, fwi, elatriye.
Espesifikasyon Sèvis
Popilasyon:
Segregasyon pitit pitit paran yo ak fenotip opoze.
Egzanp F2 Progeny, backcrossing (BC), recombinant liy rasin (RIL)
Melanje pisin
Pou karakteristik kalitatif: 30 a 50 moun (minimòm 20)/esansyèl
Pou tratis quantitative: tèt 5% a 10% moun ki gen swa fenotip ekstrèm nan tout popilasyon an (minimòm 30+30).
Rekòmande pwofondè sekans
Omwen 20x/paran ak 1x/pitit pitit (egzanp pou pitit pitit melanje pisin nan 30+30 endividyèl, pwofondè sekans yo pral 30x pou chak esansyèl)
Analiz bioinformatics
● Tout genomic resequencing
● Pwosesis done
● SNP/Indel Rele
● Kandida rejyon depistaj
● Kandida jèn fonksyon anotasyon
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzijans Egzanp:
Nukleotid:
| echantiyon gDNA | Echantiyon tisi |
| Konsantrasyon: ≥30 ng/μl | Plant: 1-2 g |
| Kantite lajan: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Bèt: 0.5-1 G |
| Pite: OD260/280 = 1.6-2.5 | San antye: 1.5 ml |
Sèvis koule travay
Eksperyans Design
Livrezon echantiyon
Ekstraksyon RNA
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Apre-sale sèvis yo
1. baz analiz analiz sou distans Euclidean (ED) yo idantifye rejyon kandida. Nan figi ki anba la a
X-aks: nimewo kwomozòm; Chak pwen reprezante yon valè ED nan yon SNP. Liy nwa a koresponn ak valè ED ekipe. Yon valè ED ki pi wo endike yon asosyasyon plis enpòtan ant sit la ak fenotip la. Liy wouj priz reprezante papòt nan asosyasyon siyifikatif.
2. ASSOSYASYON ANALIZ ki baze sou pa gen okenn SNP-endèks
X-aks: nimewo kwomozòm; Chak pwen reprezante valè SNP-endèks. Liy nwa a kanpe pou ekipe valè SNP-endèks. Pi gwo valè a se, plis enpòtan asosyasyon an se.
Ka bmk
Pi gwo-efè karakteristik karakteristik la Locus Fnl7.1 kodifye yon anbriyojenèz anreta pwoteyin abondan ki asosye ak longè kou fwi nan konkonb
Pibliye: Plant Biyoteknoloji Journal, 2020
Estrateji sekans:
Paran yo (Jin5-508, YN): tout genomic resequencing pou 34 × ak 20 ×.
Pisin ADN (50 long-kou ak 50 kout-necked): resequencing pou 61 × ak 52 ×
Rezilta kle yo
Nan etid sa a, segregasyon popilasyon (F2 ak F2: 3) te pwodwi pa travèse liy konkonb long-kou Jin5-508 ak kout-kou YN. De pisin ADN yo te konstwi pa 50 ekstrèm moun ki long-kou ak 50 ekstrèm moun ki kout-kou. Gwo-efè QTL te idantifye sou CHR07 pa analiz BSA ak tradisyonèl kat QTL. Rejyon kandida a te pli lwen flèch desann nan amann-kat, quantification ekspresyon jèn ak eksperyans transjenik, ki devwale jèn kle nan kontwole kou-longè, CSFNL7.1. Anplis de sa, yo te polimorfism nan CSFNL7.1 rejyon pwomotè yo te jwenn ki asosye ak ekspresyon korespondan. Pli lwen analiz filojenetik sijere ke Locus FNL7.1 gen anpil chans yo dwe soti nan peyi Zend.
 QTL-kat nan analiz BSA yo idantifye rejyon kandida ki asosye ak longè kou konkonb |  Des LOD nan konkonb kou-longè QTL idantifye sou CHR07 |
Xu, X., et al. "Gwo efè quantitative karakteristik locus FNL7.1 kodifye yon anbriyojenèz an reta pwoteyin abondan ki asosye ak longè kou fwi nan konkonb." Plant Biyoteknoloji Journal 18.7 (2020).
