BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
BMKMANU S3000 Espasyal Transcriptome teknik Scheme
Karakteristik
- Rezolisyon: 3.5 µM
- Dyamèt tach: 2.5 µM
- Kantite tach: apeprè 4 milyon dola
- 3 fòma zòn kaptire posib: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm oswa 15 mm * 20 mm
- Chak chaplèt kòd bar chaje ak primè ki konpoze de 4 seksyon:
• ke poly(dT) pou priming mRNA ak sentèz cDNA,
• Idantifikasyon inik molekilè (UMI) pou korije patipri anplifikasyon
• Kod bar espasyal
• Sekans obligatwa nan premye lekti pasyèl 1 sekans
- H&E ak tach fliyoresan nan seksyon yo
- Posiblite pou itilize teknoloji segmentasyon selilè: entegrasyon tach H&E, tach fliyoresan, ak sekans RNA pou detèmine limit chak selil epi bay ekspresyon jèn yo kòrèkteman nan chak selil. Pwosesis en analiz espasyal pwofil ki baze sou bin selilè.
- Posib pou reyalize analiz rezolisyon milti-nivo: analiz fleksib milti-nivo sòti nan 100um a 3.5 um pou rezoud divès kalite tisi nan rezolisyon optimal.
Avantaj nan BMKMANU S3000
-Double nan tach kaptire a 4 milyon dola: ak yon rezolisyon amelyore nan 3.5 uM, ki mennen ale nan pi wo jèn ak UMI deteksyon pou chak selil. Sa a rezilta nan gwoupman amelyore nan selil ki baze sou pwofil transcription, ak pi rafine detay ki matche ak estrikti tisi yo.
- Rezolisyon sub-selilè:Chak zòn kaptire te genyen > 2 milyon Tach Barcoded espasyal ak yon dyamèt 2.5 µm ak yon espas 5 µm ant sant tach yo, sa ki pèmèt analiz transcriptom espasyal ak rezolisyon sub-selilè (5 µm).
-Analiz rezolisyon milti-nivo:Fleksib analiz milti-nivo sòti nan 100 μm a 5 μm pou rezoud divès kalite tisi nan rezolisyon optimal.
-Posiblite pou itilize teknoloji segmentasyon selil "Twa nan yon sèl glise":konbine tach fluoresans, tach H&E, ak sekans RNA sou yon sèl glise, algorithm analiz "twa-an-yon sèl" nou an pèmèt idantifikasyon limit selil yo pou transcriptomics ki baze sou selil ki vin apre.
-Konpatib ak plizyè platfòm sekans: tou de NGS ak long-li sekans ki disponib.
-Konsepsyon fleksib nan 1-8 zòn kaptire aktif: gwosè a nan zòn nan kaptire fleksib, yo te posib yo sèvi ak fòma 3 (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ak 15 mm * 20 mm)
-Sèvis yon sèl-stop: entegre tout eksperyans ak etap ki baze sou konpetans, ki gen ladan kriyo-seksyon, tach, optimize tisi, barcoding espasyal, preparasyon bibliyotèk, sekans, ak byoenfòmatik.
-Byoenfòmatik konplè ak vizyalizasyon itilizatè-zanmitay nan rezilta yo:pakè a gen ladan 29 analiz ak plis pase 100 figi bon jan kalite, konbine avèk itilizasyon lojisyèl andedan kay la devlope pou vizyalize ak pèrsonalize divize selil yo ak gwoupman plas.
-Customized analiz done ak vizyalizasyon: disponib pou demann rechèch diferan
-Ekip teknik trè kalifye: ak eksperyans nan plis pase 250 kalite tisi ak plis pase 100 espès ki gen ladan moun, sourit, mamifè, pwason ak plant.
-Mizajou an tan reyèl sou tout pwojè: ak kontwòl konplè sou pwogrè eksperimantal.
-Si ou vle analiz jwenti ak sèl-selil mRNA sekans
Espesifikasyon Sèvis
| Egzanp kondisyon yo | Bibliyotèk | Estrateji sekans | Done Rekòmande | Kontwòl Kalite |
| Echantiyon kriyo ki entegre OCT (Dyamèt optimal: approx. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blòk pou chak echantiyon 1 pou eksperyans, 1 pou backup | Bibliyotèk cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160K PE lekti pou 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Pou plis detay sou echantiyon preparasyon gid ak workflow sèvis, souple ou lib pou pale ak yonEkspè BMKGENE
Koule Travay Sèvis
Nan faz preparasyon echantiyon an, yo fè yon premye esè ekstraksyon RNA esansyèl pou asire yo ka jwenn yon RNA bon jan kalite. Nan etap nan optimize tisi yo tache ak vizyalize seksyon yo epi yo optimize kondisyon yo pèmeabilizasyon pou lage mRNA nan tisi yo. Lè sa a, pwotokòl optimize a aplike pandan konstriksyon bibliyotèk la, ki te swiv pa sekans ak analiz done.
Workflow sèvis konplè a enplike mizajou an tan reyèl ak konfimasyon kliyan pou kenbe yon bouk fidbak ki reponn, asire ekzekisyon pwojè lis.
Done ki te pwodwi pa BMKMANU S3000 analize lè l sèvi avèk lojisyèl "BSTMatrix", ki fèt poukont pa BMKGENE, jenere yon nivo selil ak rezolisyon Gene Expression Matrix. Soti nan la, yo pwodwi yon rapò estanda ki gen ladan kontwòl kalite done, analiz anndan echantiyon ak analiz entè-gwoup.
- Kontwòl Kalite Done:
- Done pwodiksyon ak bon jan kalite distribisyon nòt
- Deteksyon jèn pou chak plas
- Kouvèti tisi
- Analiz echantiyon enteryè:
- Gene richès
- Spot clustering, ki gen ladan analiz dimansyon redwi
- Analiz ekspresyon diferans ant grap: idantifikasyon jèn makè yo
- Anotasyon fonksyonèl ak anrichisman jèn makè yo
- Analiz entè-gwoup
- Re-konbinezon nan tach ki soti nan tou de echantiyon (egzanp malad ak kontwòl) ak re-cluster
- Idantifikasyon jèn makè pou chak gwoup
- Anotasyon fonksyonèl ak anrichisman jèn makè yo
- Ekspresyon diferans nan menm gwoup la ant gwoup yo
Anplis de sa, BMKGene devlope "BSTViewer" se yon zouti zanmitay ki pèmèt itilizatè a vizyalize ekspresyon jèn yo ak plas gwoupman nan diferan rezolisyon.
BMKGene ofri sèvis pwofil espasyal nan rezolisyon egzak yon sèl selil (ki baze sou bin selil oswa bin kare milti nivo soti nan 100um a 3.5um).
Done pwofil espasyal ki soti nan seksyon tisi sou glise S3000 fè byen ke pi ba a.
Etid ka 1: sèvo sourit
Analiz yon seksyon sèvo sourit ak S3000 te lakòz idantifikasyon ~ 94 000 selil, ak yon sekans medyàn ~ 2000 jèn pou chak selil. Rezolisyon an amelyore nan 3.5 uM te lakòz yon gwoupman trè detaye nan selil yo ki baze sou modèl transcription, ak grap selil yo imite estrikti yo nan sèvo diferansye. Sa a se fasil obsève pa vizyalize distribisyon an nan selil gwoupe kòm oligodendrocytes ak selil microglia, ki se prèske sèlman ki sitiye nan matyè gri ak blan, respektivman.
Etid ka 2: Anbriyon sourit
Analiz yon seksyon anbriyon sourit ak S3000 te lakòz idantifikasyon ~ 2200 000 selil, ak yon sekans medyàn ~ 1600 jèn pou chak selil. Rezolisyon an amelyore nan 3.5 uM te lakòz yon gwoupman trè detaye nan selil yo ki baze sou modèl transcription, ak 12 grap nan zòn nan nan je a ak 28 grap nan zòn nan nan sèvo a.
Gwoup selil analiz anndan echantiyon:
Idantifikasyon jèn makè ak distribisyon espasyal:
- pi wo rezolisyon sub-selilè: Konpare ak glise S1000, chak zòn kaptire nan S3000 genyen > 4 milyon tach espasyal Barcoded ak yon dyamèt 2.5 µm ak yon distans 3.5 µm ant sant tach yo, ki pèmèt analiz transcriptome espasyal ak pi wo rezolisyon sub-selilè. (bin kare: 3.5 µm).
- Pi wo efikasite kaptire: konpare ak glise S1000, Median_UMI ogmante de 30% a 70%, Median_Gene ogmante de 30% a 60%
Scheme nan chip S1000:
Scheme nan chip S3000:
