BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Espasyal Transcriptome teknik Scheme
Karakteristik
● Rezolisyon: 5 µM
● Dyamèt tach: 2.5 µM
● Kantite tach: apeprè 2 milyon dola
● 3 fòma zòn kaptire posib: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm oswa 15 mm * 20 mm
● Chak chaplèt kòd bar chaje ak primè ki konpoze de 4 seksyon:
poly(dT) ke pou priming mRNA ak sentèz cDNA
Idantifikasyon inik molekilè (UMI) pou korije patipri anplifikasyon
Kod bar espasyal
Sekans obligatwa nan lekti pasyèl 1 sekans Jadendanfan
● H&E ak tach fliyoresan nan seksyon yo
● Posiblite pou itilizeteknoloji segmentasyon selilè: entegrasyon tach H&E, tach fliyoresan, ak sekans RNA pou detèmine limit chak selil epi byen plase ekspresyon jèn nan chak selil.
Avantaj nan BMKMANU S1000
●Rezolisyon sub-selilè: Chak zòn kaptire te genyen > 2 milyon tach espasyal Barcoded ak yon dyamèt 2.5 µm ak yon espas 5 µm ant sant tach yo, sa ki pèmèt analiz transcriptom espasyal ak rezolisyon sub-selilè (5 µm).
●Analiz rezolisyon milti-nivo:Fleksib analiz milti-nivo sòti nan 100 μm a 5 μm pou rezoud divès kalite tisi nan rezolisyon optimal.
●Posibilite pou itilize "Twa nan yon sèl glise" Segmantasyon Selil Teknoloji:Konbine tach fluoresans, tach H&E, ak sekans RNA sou yon sèl glise, algorithm analiz "twa-in-one" nou an pèmèt idantifikasyon limit selil yo pou transcriptomic ki vin apre ki baze sou selil yo.
●Konpatib ak platfòm sekans miltip: Tou de NGS ak long-lecture sekans ki disponib.
●Konsepsyon fleksib nan 1-8 Zòn Capture Aktif: Gwosè zòn kaptire a fleksib, li posib pou itilize 3 fòma (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ak 15 mm * 20 mm)
●Sèvis One-Stop: Li entegre tout eksperyans ak etap ki baze sou konpetans, ki gen ladan kriyo-seksyon, tach, optimize tisi, barcoding espasyal, preparasyon bibliyotèk, sekans, ak byoenfòmatik.
●Byoenfòmatik konplè ak vizyalizasyon rezilta yo fasil pou itilizatè yo:pakè a gen ladan 29 analiz ak plis pase 100 figi bon jan kalite, konbine avèk itilizasyon lojisyèl andedan kay la devlope pou vizyalize ak pèrsonalize divize selil yo ak gwoupman plas.
●Customized done analiz ak vizyalizasyon: disponib pou demann rechèch diferan
●Ekip teknik ki trè kalifye: ak eksperyans nan plis pase 250 kalite tisi ak plis pase 100 espès ki gen ladan moun, sourit, mamifè, pwason ak plant.
●Mizajou an tan reyèl sou tout pwojè: ak kontwòl konplè sou pwogrè eksperimantal.
●Si ou vle analiz jwenti ak yon sèl selil mRNA sekans
Espesifikasyon Sèvis
|
Egzanp Kondisyon
| Bibliyotèk |
Estrateji sekans
| Done rekòmande | Kontwòl Kalite |
| Echantiyon kriyo OCT-embedded, 3 blòk pou chak echantiyon | Bibliyotèk cDNA S1000 | Illumina PE150 (lòt platfòm ki disponib) | 100K PE lekti pou chak 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Pou plis detay sou echantiyon preparasyon gid ak workflow sèvis, souple ou lib pou pale ak yonEkspè BMKGENE
Koule Travay Sèvis
Nan faz preparasyon echantiyon an, yo fè yon premye esè ekstraksyon RNA esansyèl pou asire yo ka jwenn yon RNA bon jan kalite. Nan etap nan optimize tisi yo tache ak vizyalize seksyon yo epi yo optimize kondisyon yo pèmeabilizasyon pou lage mRNA nan tisi yo. Lè sa a, pwotokòl optimize a aplike pandan konstriksyon bibliyotèk la, ki te swiv pa sekans ak analiz done.
Workflow sèvis konplè a enplike mizajou an tan reyèl ak konfimasyon kliyan pou kenbe yon bouk fidbak ki reponn, asire ekzekisyon pwojè lis.
Done ki te pwodwi pa BMKMANU S1000 analize lè l sèvi avèk lojisyèl "BSTMatrix", ki fèt poukont pa BMKGENE, jenere yon Matris Ekspresyon Gene. Soti nan la, yo pwodwi yon rapò estanda ki gen ladan kontwòl kalite done, analiz anndan echantiyon ak analiz entè-gwoup.
● Kontwòl Kalite Done:
Done pwodiksyon ak bon jan kalite distribisyon nòt
Deteksyon jèn pou chak plas
Kouvèti tisi
● analiz anndan echantiyon:
Gene richès
Spot clustering, ki gen ladan analiz dimansyon redwi
Analiz ekspresyon diferans ant grap: idantifikasyon jèn makè yo
Anotasyon fonksyonèl ak anrichisman jèn makè yo
● Analiz ant gwoup:
Re-konbinezon nan tach ki soti nan tou de echantiyon (egzanp malad ak kontwòl) ak re-cluster
Idantifikasyon jèn makè pou chak gwoup
Anotasyon fonksyonèl ak anrichisman jèn makè yo
Ekspresyon diferansyèl menm gwoup ant gwoup yo
Anplis de sa, BMKGENE devlope "BSTViewer" se yon zouti ki fasil pou itilizatè a ki pèmèt itilizatè a vizyalize ekspresyon jèn yo ak plas gwoupman nan diferan rezolisyon.
BMKGene devlope lojisyèl pou vizyalizasyon itilizatè zanmitay
BSTViewer tach gwoupman nan rezolisyon milti-nivo
BSTCellViewer: divize selil otomatik ak manyèl
Enter-echantiyon analiz
Tach gwoupman:
Idantifikasyon jèn makè ak distribisyon espasyal:
Entè-gwoup analiz
Konbinezon done ki soti nan tou de gwoup yo ak re-cluster:
Jèn makè nan nouvo grap:
Eksplore avansman sèvis transcriptomics espasyal BMKGene yo fasilite ak teknoloji BMKManu S1000 nan piblikasyon sa a:
Song, X. et al. (2023) 'Transcriptomics espasyal revele selil klorenchyma limyè pwovoke ki enplike nan pwomosyon rejenerasyon tire nan callus tomat',Pwosedi Akademi Nasyonal Syans nan Etazini nan Amerik la, 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Ou menm, Y. et al. (2023) 'Konparasyon sistematik nan metòd transcriptomic espasyal ki baze sou sekans',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
