16s/18s/amplicon sekans-NGS li yo
Karakteristik Sèvis
● Platfòm sekans: Illumina Novaseq.
● Anplifikasyon nan rejyon kout nan 16s, 18s ak ITS, nan mitan lòt objektif anplifikasyon.
● Chwa fleksib amplicon.
● Eksperyans pwojè anvan ak plizyè objektif anplifikasyon.
Avantaj Sèvis
●Izolasyon-gratis:Rapid idantifikasyon nan konpozisyon microbes nan echantiyon anviwònman an.
●Segondè rezolisyon: Nan eleman ki ba-abondan nan echantiyon anviwònman an.
●Lajman aplikab: Divès etid kominote microbes.
●Comprehensive analiz bioinformatic: Dènye pake a QIIME2 (quantitative insight nan ekoloji microbes) ak analyses divès an tèm de baz done, komantasyon, OTU/ASV.
●Anpil ekspètiz: Avèk 150 mil pwojè sekans amplicon fèt chak ane, BMKGENE pote sou yon dekad nan eksperyans, yon ekip analiz trè kalifye, kontni konplè, ak ekselan pòs-lavant sipò.
Espesifikasyon Sèvis
| Bibliotèk | Estrateji sekans | Done rekòmande |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300k tags (li pè) |
Kondisyon sèvis yo
| Konsantrasyon (ng/µL) | Kantite lajan total (ng) | Volim (µl) |
| ≥1 | ≥200 | ≥ 20 |
● Tè/depo: 1-2g
● Entestinal kontni-bèt: 0.5-2g
● Kontni entesten-ensèk: 0.1-0.25g
● Sifas plant (sediman anrichi): 0.1-0.5g
● Fermentation bouyon anrichi sediman): 0.1-0.5g
● matyè fekal (gwo bèt): 0.5-2g
● matyè fekal (sourit): 3-5grains
● Likid lavaj alveolè poumon: papye filtre
● Vajinal prelèvman: 5-6 tanporè
● Po/jenital prelèvman/krache/oral tisi mou/faringèl prelèvman/rectal prelèvman: 2-3 tanpon
● Mikwo -òganis sifas: papye filtre
● waterbody/lè/biofilm: papye filtre
● Endofit: 1-2g
● Plak dantè: 0.5-1g
Sèvis koule travay
Livrezon echantiyon
Konstriksyon Bibliyotèk
Syen
Done analiz
Apre-sale sèvis yo
Gen ladan analiz sa a:
- Kontwòl bon jan kalite anvan tout koreksyon kontwòl kalite
- OTU gwoupman /de-bri (ASV)
- Anotasyon otu
- Alpha divèsite analiz: endis miltip, ki gen ladan Shannon, Simpson ak Ace.
- Analiz beta divèsite
- Analiz entè-gwoup
- Analiz korelasyon: ant faktè anviwònman ak konpozisyon soti ak divèsite
- 16s prediksyon jèn fonksyonèl
Istogram distribisyon taksonomik
Taksonomik abondans clustering kat chalè
Alpha Divèsite Analiz: RareFaction Curve
Beta Divèsite analiz: NMDS
Analiz Intergroup: Lefse Biomarker Dekouvèt
Eksplore pwogrè yo fasilite pa BMKGENE a Amplicon sekans sèvis ak Illumina nan yon koleksyon òganize nan piblikasyon.
Dong, C. et al. (2022) 'Asanble, mikrobiota debaz, ak fonksyon nan tè a rizosfè ak mikrobiota jape nan ulmoides Eucommia', Frontiers nan mikrobyoloji, 13. doi: 10.3389/fmicb.2022.855317/plen.
Li, Y. et al. (2023) 'sentetik transmortia bakteri transpantasyon pou tretman nan Gardnerella vaginalis-pwovoke vajinoz bakteri nan sourit yo', mikrobi, 11 (1), pp 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. ak Liu, H. (2022) 'mikrobiom nan pousyè tè lè kolekte pandan tè ki baze sou fèmen bioregenerative eksperyans lavi a sipò "linè Palè 365"', mikrobiomes anviwònman, 17 (1), pp. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/figi/8.
Yin, S. et al. (2022) 'abondans manje-depandan nan jèn fonksyonèl ki gen rapò ak transfòmasyon nitwojèn kontwole pèt nitwojèn nan konpostaj', Bioresource Teknoloji, 361, p. 127678. DOI: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
