Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina
Značajke
● Dvostruka biblioteka za sekvenciranje kompletnog transkriptoma: smanjenje rRNA praćeno pripremom PE150 biblioteke i odabirom veličine nakon čega slijedi priprema SE50 biblioteke
● Potpuna bioinformatička analiza mRNA, lncRNA, circRNA i miRNA u zasebnim bioinformatičkim izvješćima
● Zajednička analiza svih izražaja RNA u kombiniranom izvješću, uključujući analizu ceRNA mreža.
Prednosti usluge
●Detaljna analiza regulatornih mreža: analiza mreže ceRNA omogućena je zajedničkim sekvenciranjem mRNA, lncRNA, circRNA i miRNA te iscrpnim bioinformatičkim tijek rada.
●Sveobuhvatna napomena: Koristimo više baza podataka za funkcionalno označavanje diferencijalno izraženih gena (DEG) i izvođenje odgovarajuće analize obogaćivanja, pružajući uvid u stanične i molekularne procese koji su u osnovi odgovora transkriptoma.
●Opsežna stručnost: S iskustvom u uspješnom zatvaranju više od 2100 cijelih transkriptomskih projekata u različitim istraživačkim domenama, naš tim unosi bogato iskustvo u svaki projekt.
●Rigorozna kontrola kvalitete: Implementiramo ključne kontrolne točke u svim fazama, od pripreme uzorka i biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike. Ovaj pedantan nadzor osigurava isporuku dosljedno visokokvalitetnih rezultata.
●Podrška nakon prodaje: Naša predanost proteže se i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim servisnim razdobljem nakon prodaje. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja povezana s rezultatima
Zahtjevi za uzorke i isporuka
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| rRNA osiromašena | Ilumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Odabrana veličina | Ilumina SE50 | 10-20 milijuna čitanja |
Zahtjevi za uzorke:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | RIN≥6,0 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva osnovna elevacija |
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke je potrebno zapakirati u vrećice i zakopati u suhi led.
2. RNAstable epruvete: RNA uzorci se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
ekstrakcija RNA
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
Pregled ekspresije RNA
Diferencijalno izraženi geni
analiza ceRNA
Diferencijalno izražene miRNA i srodne RNA
Istražite napredak u istraživanju omogućen BMKGeneovim uslugama sekvenciranja cijelog transkriptoma kroz odabranu zbirku publikacija.
Dai, Y. i sur. (2022.) 'Sveobuhvatni profili ekspresije mRNA, lncRNA i miRNA u Kashin-Beckovoj bolesti identificirani RNA-sekvenciranjem', Molecular Omics, 18(2), str. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan i sur. (2022) 'Analiza transkriptoma pune dužine otpornosti Apis cerana na hladnoću u planini Changbai tijekom razdoblja prezimljavanja.', Gene, 830, str. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ i sur. (2022.) 'Određivanje prioriteta konkurentskih endogenih regulacijskih mreža endogene RNA u raku pluća malih stanica: molekularne karakteristike i kandidati za lijekove', Frontiers in Oncology, 12, str. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. i sur. (2022.) 'Integrirana analiza profila ekspresije lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA otkriva nove uvide u potencijalne mehanizme kao odgovor na nematode korijenske kvrže u kikirikiju', BMC Genomics, 23(1), str. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/SLIKE/7.
Yan, Z. i sur. (2022.) 'Rank sekvenciranje cijelog transkriptoma naglašava molekularne mehanizme povezane s održavanjem kvalitete brokule nakon žetve crvenim LED zračenjem', Postharvest Biology and Technology, 188, str. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
