Cijeli sekvenciranje genoma (WGBS)
Cijeli sekvenciranje bisulfita (WGBS) stoji kao zlatno standardna metodologija za dubinsko istraživanje metilacije DNA, posebno peti položaj u citozinu (5-MC), glavnom regulatoru ekspresije gena i stanične aktivnosti. Načelo u osnovi WGB -a uključuje liječenje bisulfitom, inducirajući pretvorbu nemetiliranih citozina u uracil (C u U), dok metilirani citozine ostavljajući nepromijenjenim. Ova tehnika nudi rezoluciju jednostruke baze, omogućujući istraživačima da sveobuhvatno istražuju metilom i otkrivaju abnormalne obrasce metilacije povezane s različitim stanjima, osobito rakom. Korištenjem WGB-a, znanstvenici mogu steći neusporedive uvide u pejzaže metilacije na cijelom genomu, pružajući nijansirano razumijevanje epigenetskih mehanizama koji su u osnovi različitih bioloških procesa i bolesti.
Service značajke
● Zahtijeva referentni genom.
● Lambda DNA dodaje se za nadgledanje učinkovitosti pretvorbe bisulfita.
● Sekvenciranje na Illumina Novaseq.
Prednosti usluge
●Zlatni standard za istraživanje metilacije DNA: Ova tehnologija obrade pretvorbe metilacije ima veliku točnost i dobru obnovljivost.
●Široka pokrivenost i rezolucija jednostruke baze:Otkrivanje mjesta metilacije na razini genoma.
●Kompletna platforma:Omogućite izvrsnu uslugu na jednom mjestu od obrade uzoraka, izgradnje knjižnice, sekvenciranja do bioinformatike analize.
●Opsežna stručnost: S WGBS projektima sekvenciranja uspješno dovršenih u raznovrsnom rasponu vrsta, BMKGENE donosi više od desetljeća iskustva, visoko kvalificiranog tima za analizu, sveobuhvatnog sadržaja i izvrsne podrške nakon prodaje.
●Mogućnost pridruživanja analizi transkriptomije: omogućavajući integriranu analizu WGB-a s drugim OMICS podacima kao što je RNA-seq.
Specifikacije uzorka
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka | Kontrola kvalitete |
| Tretiran bisulfite | Illumina PE150 | 30x dubina | Q30 ≥ 85% Konverzija bisulfita> 99% |
Zahtjevi za uzorkovanje
| Koncentracija (ng/µL) | Ukupna količina (µg) | Dodatni zahtjevi | |
| Genomska DNK | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Ograničena degradacija ili kontaminacija |
Servisni rad protoka
Dostava uzorka
Vađenje DNK
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Dostava podataka
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola kvalitete sirovog sekvenciranja;
● Mapiranje na referentni genom;
● Otkrivanje 5MC metiliranih baza;
● Analiza raspodjele metilacije i napomena;
● Analiza različito metiliranih regija (DMR);
● Funkcionalna napomena gena povezanih s DMRS -om.
Otkrivanje metilacije 5MC: Vrste metiliranih mjesta
Karta metilacije. 5MC distribucija metilacije
Napomena visoko metiliranih regija
Različito metilirane regije: pridruženi geni
Diferencijalno metilirane regije: napomena povezanih gena (genska ontologija)
Istražite napredovanje istraživanja koje je omogućilo BMKGENE -ove usluge sekvenciranja genoma bisulfita kroz kuriranu zbirku publikacija.
Fan, Y. i sur. (2020.) 'Analiza profila metilacije DNA tijekom razvoja skeletnih mišića ovaca pomoću sekvenciranja bisulfita cijelog genoma',BMC genomika, 21 (1), str. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. i sur. (2022.) 'Nove metilacije deoksiribonukleinske kiseline kod radnika izloženih vinil kloridu',Toksikologija i industrijsko zdravlje, 38 (7), str. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. i sur. (2020.) 'Odnosi između metilacije genoma, razine nekodirajućih RNA, mRNA i metabolita u sazrijevanju voća rajčice',Biljni časopis, 103 (3), str. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
