Sekvenciranje pojačanih fragmenata specifičnog lokusa (SLAF-Seq)
Tijek rada
Tehnička shema
Značajke usluge
● Sekvenciranje na NovaSeq s PE150.
● Priprema knjižnice s dvostrukim crtičnim kodiranjem, što omogućuje prikupljanje preko 1000 uzoraka.
● Ova se tehnika može koristiti sa ili bez referentnog genoma, s različitim bioinformacijskim kanalima za svaki slučaj:
Uz referentni genom: SNP i InDel otkriće
Bez referentnog genoma: grupiranje uzoraka i otkrivanje SNP-a
● Uin silicovišestruke kombinacije restrikcijskih enzima u fazi pred-dizajna pregledavaju se kako bi se pronašle one koje generiraju jednoliku distribuciju SLAF oznaka duž genoma.
● Tijekom predeksperimenta, tri kombinacije enzima su testirane u 3 uzorka da bi se stvorilo 9 SLAF biblioteka, a ove informacije se koriste za odabir optimalne kombinacije restrikcijskih enzima za projekt.
Prednosti usluge
●Otkriće visokog genetskog markera: Integracija dvostrukog barkod sustava visoke propusnosti omogućuje istovremeno sekvenciranje velikih populacija, a pojačanje specifično za lokus poboljšava učinkovitost, osiguravajući da brojevi oznaka ispunjavaju različite zahtjeve različitih istraživačkih pitanja.
● Niska ovisnost o genomu: Može se primijeniti na vrste sa ili bez referentnog genoma.
●Dizajn fleksibilne sheme: Probava s jednim enzimom, s dva enzima, s više enzima i razne vrste enzima mogu se odabrati kako bi se zadovoljili različiti istraživački ciljevi ili vrste. Thein silicopreddizajn se provodi kako bi se osigurao optimalan dizajn enzima.
● Visoka učinkovitost u enzimskoj probavi: Provođenje anin silicopred-dizajn i pred-eksperiment osigurali su optimalan dizajn s ravnomjernom raspodjelom SLAF oznaka na kromosomu (1 SLAF oznaka/4Kb) i smanjenom ponavljajućom sekvencom (<5%).
●Opsežna stručnost: Naš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekt, s iskustvom zatvaranja preko 5000 SLAF-Seq projekata na stotine vrsta, uključujući biljke, sisavce, ptice, kukce i vodene organizme.
● Bioinformatički tijek rada koji sam razvio: BMKGENE je razvio integrirani bioinformatički tijek rada za SLAF-Seq kako bi osigurao pouzdanost i točnost konačnog rezultata.
Specifikacije usluge
| Vrsta analize | Preporučena populacijska ljestvica | Strategija sekvenciranja | |
| Dubina sekvenciranja oznaka | Broj oznake | ||
| Genetske karte | 2 roditelja i >150 potomaka | Roditelji: 20x WGS Potomstvo: 10x | Veličina genoma: <400 Mb: preporučuje se WGS <1Gb: 100K oznaka 1-2Gb:: 200K oznaka >2Gb: 300K oznaka Maksimalno 500 tisuća oznaka |
| Studije povezanosti genoma (GWAS) | ≥200 uzoraka | 10x | |
| Genetska evolucija | ≥30 uzoraka, s >10 uzoraka iz svake podskupine | 10x | |
Zahtjevi usluge
Koncentracija ≥ 5 ng/µL
Ukupna količina ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarozni gel: nema ili je ograničena razgradnja ili kontaminacija
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml
(Za većinu uzoraka preporučujemo da se ne čuvaju u etanolu)
Označavanje uzoraka: Uzorci moraju biti jasno označeni i identični dostavljenom obrascu s podacima o uzorku.
Pošiljka: Suhi led: Uzorke je potrebno prvo zapakirati u vreće i zakopati u suhi led.
Tijek rada usluge
Uzorak QC
Pilot eksperiment
SLAF-eksperiment
Priprema knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
- QC podataka sekvenciranja
- Razvoj SLAF oznake
Mapiranje u referentni genom
Bez referentnog genoma: grupiranje
- Analiza SLAF oznaka.: statistika, distribucija po genomu
- Otkrivanje markera: SNP, InDel, SNV, pozivanje CV-a i bilješke
Distribucija SLAF oznaka na kromosomima:
Raspodjela SNP-ova na kromosomima:
SNP napomena
| Godina | Časopis | IF | Titula | Prijave |
| 2022 | Komunikacije s prirodom | 17.694 | Genomska osnova giga-kromosoma i giga-genoma božura Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novi fitolog | 7.433 | Otisci stopala pripitomljavanja učvršćuju genomske regije od agronomske važnosti zrna soje | SLAF-GWAS |
| 2022 | Časopis za napredna istraživanja | 12.822 | Umjetna introgresija Gossypium barbadense na cijelom genomu u G. hirsutum otkrivaju vrhunske lokuse za istovremeno poboljšanje kvalitete i prinosa pamučnog vlakna osobine | SLAF-Evolucijska genetika |
| 2019 | Molekularna biljka | 10.81 | Genomska analiza populacije i De Novo sklapanje otkrivaju podrijetlo Weedyja Riža kao evolucijska igra | SLAF-Evolucijska genetika |
| 2019 | Nature Genetics | 31.616 | Sekvenca genoma i genetička raznolikost običnog šarana, Cyprinus carpio | SLAF-Mapa povezivanja |
| 2014 | Nature Genetics | 25.455 | Genom kultiviranog kikirikija daje uvid u kariotipove mahunarki, poliploide evolucija i pripitomljavanje usjeva. | SLAF-Mapa povezivanja |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identifikacija ST1 otkriva selekciju koja uključuje stopiranje morfologije sjemena i sadržaj ulja tijekom pripitomljavanja soje | Razvoj SLAF-markera |
| 2022 | Međunarodni časopis za molekularne znanosti | 6.208 | Identifikacija i razvoj DNA markera za pšenicu-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomična supstitucija kromosoma | Razvoj SLAF-markera |
| Godina | Časopis | IF | Titula | Prijave |
| 2023 | Granice u znanosti o biljkama | 6.735 | QTL mapiranje i analiza transkriptoma sadržaja šećera tijekom sazrijevanja plodova Pyrus pyrifolia | Genetska karta |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Identifikacija ST1 otkriva selekciju koja uključuje stopiranje morfologije sjemena i sadržaja ulja tijekom pripitomljavanja soje
| SNP zove |
| 2022 | Granice u znanosti o biljkama | 6.623 | Mapiranje asocijacija na cijelom genomu fenotipova bezljuske jedva u sušnom okruženju.
| GWAS |
