Bisulfitno sekvenciranje smanjene zastupljenosti (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) pojavilo se kao isplativa i učinkovita alternativa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) u istraživanju metilacije DNA. Dok WGBS pruža sveobuhvatne uvide ispitivanjem cijelog genoma u jednoj osnovnoj rezoluciji, njegova visoka cijena može biti ograničavajući faktor. RRBS strateški ublažava ovaj izazov selektivnom analizom reprezentativnog dijela genoma. Ova se metodologija oslanja na obogaćivanje regija bogatih CpG otocima cijepanjem MspI nakon čega slijedi odabir veličine fragmenata od 200-500/600 bps. Posljedično, sekvenciraju se samo regije proksimalne CpG otocima, dok su one s udaljenim CpG otocima isključene iz analize. Ovaj proces, u kombinaciji s bisulfitnim sekvenciranjem, omogućuje detekciju DNA metilacije visoke razlučivosti, a pristup sekvenciranja, PE150, fokusira se posebno na krajeve umetaka, a ne na sredinu, povećavajući učinkovitost profiliranja metilacije. RRBS je neprocjenjiv alat koji omogućuje isplativo istraživanje metilacije DNK i unapređuje znanje o epigenetskim mehanizmima.
Značajke usluge
● Zahtijeva referentni genom.
● Lambda DNA koristi se za praćenje učinkovitosti konverzije bisulfita.
● Također se prati učinkovitost probave MspI.
● Dvostruka enzimska probava za uzorke biljaka.
● Sekvenciranje na Illumina NovaSeq.
Prednosti usluge
●Isplativa i učinkovita alternativa WGBS-u: omogućavanje provođenja analize uz niže troškove i s manjim zahtjevima za uzorkom.
●Kompletna platforma:pružiti izvrsnu uslugu na jednom mjestu od obrade uzoraka, izgradnje knjižnice i sekvenciranja do bioinformatičke analize.
●Opsežna stručnost: s projektima sekvenciranja RRBS-a koji su uspješno dovršeni na različitim vrstama, BMKGENE donosi više od desetljeća iskustva, visoko kvalificiran tim za analizu, sveobuhvatan sadržaj i izvrsnu podršku nakon prodaje.
Specifikacije usluge
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka | Kontrola kvalitete |
| MspI digestirana i bisulfitom tretirana biblioteka | Ilumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Konverzija bisulfita > 99% MspI učinkovitost rezanja > 95% |
Zahtjevi za uzorke
| Koncentracija (ng/µL) | Ukupna količina (µg) |
| |
| Genomska DNK | ≥ 30 | ≥ 1 | Ograničena razgradnja ili kontaminacija |
Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola kvalitete sirovog sekvenciranja;
● Mapiranje u referentni genom;
● Detekcija 5mC metiliranih baza i identifikacija motiva;
● Analiza distribucije metilacije i usporedba uzoraka;
● Analiza diferencijalno metiliranih regija (DMRs);
● Funkcionalna oznaka gena povezanih s DMR-om.
Kontrola kvalitete: učinkovitost probave (u mapiranju genoma)
Kontrola kvalitete: pretvorba bisulfita (u ekstrakciji informacija o metilaciji)
Mapa metilacije: 5mC metilacija u cijelom genomu
Usporedba uzorka: Analiza glavnih komponenti
Analiza različito metiliranih regija (DMR): toplinska karta
Istražite napredak u istraživanju omogućen BMKGeneovim uslugama bisulfitnog sekvencioniranja cijelog genoma kroz odabranu zbirku publikacija.
Li, Z. i sur. (2022) 'Reprogramiranje visoke vjernosti u stanice slične Leydigu aktivacijom CRISPR-a i parakrinim čimbenicima',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. i sur. (2023) 'Analiza DNK metilacije sastava tijela kineskih monozigotnih blizanaca na razini genoma',European Journal of Clinical Investigation, 53(11), str. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. i sur. (2022) 'DNA metilacija i omjer struka i bokova: studija povezanosti epigenoma u kineskih monozigotnih blizanaca',Journal of Endocrinological Investigation, 45(12), str. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
