Sekvenciranje prokariotske RNA
Značajke
● Obrada uzorka RNA uključivala je iscrpljivanje rRNA nakon čega je slijedila usmjerena priprema biblioteke RNA.
● Bioinformatska analiza temeljena na usklađivanju s referentnim genomom
● Analiza uključuje ekspresiju gena i DEG, ali i strukturu transkripta i analizu sRNA
Prednosti usluge
●Rigorozna kontrola kvalitete: implementiramo ključne kontrolne točke u svim fazama, od pripreme uzorka i biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike. Ovaj pedantan nadzor osigurava isporuku dosljedno visokokvalitetnih rezultata.
●Podaci sekvenciranja specifični za lanac: zbog toga što je priprema RNA knjižnice usmjerena, što omogućuje identifikaciju anti-sense transkripata.
●Potpuna analiza prilagođena prokariotskim transkriptomima: bioinformatički cjevovod uključuje ne samo analizu ekspresije gena već i analizu strukture transkripta, uključujući identifikaciju operona, UTR-ova i promotora. Također uključuje analizu sRNA, odnosno označavanje i predviđanje sekundarne strukture i ciljeva.
●Podrška nakon prodaje: naša predanost proteže se i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim servisnim razdobljem nakon prodaje. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja povezana s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i isporuka
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| usmjerena biblioteka osiromašena rRNA | Ilumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Zahtjevi za uzorke:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | RIN≥6,5 |
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke je potrebno zapakirati u vrećice i zakopati u suhi led.
2. RNAstable epruvete: RNA uzorci se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Tijek rada bioinformatičke analize
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola kvalitete neobrađenih podataka
● Usklađivanje s referentnim genomom
● Procjena kvalitete knjižnice: slučajnost fragmentacije RNA, veličina umetka i zasićenost sekvenciranja
● Funkcionalna oznaka predviđenih kodirajućih gena
● Analiza ekspresije: korelacija i analiza glavnih komponenti (PCA)
● Diferencijalna ekspresija gena (DEG)
● Funkcionalna anotacija i obogaćivanje DEG-ova
● Analiza sRNA: predviđanje, označavanje, ciljanje i predviđanje sekundarne strukture
● Analiza strukture transkripta: operoni, početni i završni položaji, neprevedena regija (UTS), promotor i SNP/InDel analiza
Zasićenost sekvenciranja
Funkcionalna oznaka kodirajućih gena
Korelacija između uzoraka
Analiza diferencijalno izraženih gena (DEGs).
Analiza funkcionalnog obogaćivanja
sRNA anotacija
Istražite napredak koji omogućuju BMKGene Nanopore usluge sekvenciranja mRNA pune duljine u ovoj istaknutoj publikaciji.
Guan, CP i sur. (2018) 'Globalne promjene transkriptoma Staphylococcus epidermidis koji stvaraju biofilm u odgovoru na ukupne alkaloide Sophorea alopecuroides',Poljski časopis za mikrobiologiju, 67(2), str. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
