Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Proizvodi

  • Metagenomsko sekvenciranje -NGS

    Metagenomsko sekvenciranje -NGS

    图片62

    Metagenom je zbirka ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što su okolišni i ljudski metagenomi. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu uzgajati i onih koji se ne mogu uzgajati. Shotgun metagenomsko sekvenciranje s NGS-om omogućuje proučavanje ovih zamršenih genomskih krajolika ugrađenih u uzorke iz okoliša pružajući više od taksonomskog profiliranja, dajući također precizne uvide u raznolikost vrsta, dinamiku brojnosti i složene strukture populacije. Osim taksonomskih studija, metagenomika sačmarice također nudi funkcionalnu genomičku perspektivu, omogućujući istraživanje kodiranih gena i njihove pretpostavljene uloge u ekološkim procesima. Konačno, uspostavljanje korelacijskih mreža između genetskih elemenata i čimbenika okoliša pridonosi holističkom razumijevanju zamršene međuigre između mikrobnih zajednica i njihove ekološke pozadine. Zaključno, metagenomsko sekvenciranje predstavlja ključni instrument za razotkrivanje genomske zamršenosti različitih mikrobnih zajednica, osvjetljavajući višestruke odnose između genetike i ekologije unutar ovih složenih ekosustava.

    Platforme: Illumina NovaSeq i DNBSEQ-T7

  • Metagenomsko sekvenciranje-TGS

    Metagenomsko sekvenciranje-TGS

    图片67

    Metagenom je zbirka genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što su okolišni i ljudski metagenomi. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu uzgajati i onih koji se ne mogu uzgajati. Metagenomsko sekvenciranje omogućuje proučavanje ovih zamršenih genomskih krajolika ugrađenih u ekološke uzorke pružajući više od taksonomskog profiliranja. Također nudi perspektivu funkcionalne genomike istražujući kodirane gene i njihove pretpostavljene uloge u procesima okoliša. Dok su tradicionalni shotgun pristupi s Illumina sekvenciranjem naširoko korišteni u metagenomskim studijama, pojava Nanopore i PacBio long-read sekvenciranja promijenila je polje. Tehnologija Nanopore i PacBio poboljšava nizvodne bioinformatičke analize, posebice sklapanje metagenoma, osiguravajući kontinuiranije sklapanje. Izvješća pokazuju da je metagenomika temeljena na Nanoporeu i PacBiou uspješno stvorila potpune i zatvorene bakterijske genome iz složenih mikrobioma (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020.). Integracija Nanopore čitanja s Illumina očitanjima pruža strateški pristup za ispravljanje pogrešaka, ublažavajući Nanopore inherentnu nisku točnost. Ova sinergijska kombinacija iskorištava prednosti svake platforme za sekvenciranje, nudeći robusno rješenje za prevladavanje potencijalnih ograničenja i unaprjeđenje preciznosti i pouzdanosti metagenomskih analiza.

    Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia i PacBio Revio

  • Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma (WGBS)

    Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma (WGBS)

    企业微信截图_17374388013932

    Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma (WGBS) predstavlja metodologiju zlatnog standarda za dubinsko istraživanje metilacije DNK, posebno pete pozicije u citozinu (5-mC), ključnom regulatoru ekspresije gena i stanične aktivnosti. Načelo na kojem se temelji WGBS uključuje obradu bisulfitom, potičući pretvorbu nemetiliranih citozina u uracil (C u U), dok metilirane citozine ostavlja nepromijenjenima. Ova tehnika nudi razlučivost jedne baze, omogućujući istraživačima da sveobuhvatno istraže metilom i otkriju abnormalne obrasce metilacije povezane s različitim stanjima, posebice rakom. Upotrebom WGBS-a znanstvenici mogu steći neusporediv uvid u krajolike metilacije diljem genoma, pružajući nijansirano razumijevanje epigenetskih mehanizama koji su u osnovi različitih bioloških procesa i bolesti.

  • Analiza kromatina dostupnog transpozazi s sekvenciranjem visoke propusnosti (ATAC-seq)

    Analiza kromatina dostupnog transpozazi s sekvenciranjem visoke propusnosti (ATAC-seq)

    ATAC-seq je tehnika sekvenciranja visoke propusnosti koja se koristi za analizu dostupnosti kromatina na cijelom genomu. Njegova uporaba omogućuje dublje razumijevanje složenih mehanizama globalne epigenetske kontrole nad ekspresijom gena. Metoda koristi hiperaktivnu Tn5 transpozazu za istovremeno fragmentiranje i označavanje otvorenih regija kromatina umetanjem adaptera za sekvenciranje. Naknadna PCR amplifikacija rezultira stvaranjem biblioteke sekvenciranja, koja omogućuje sveobuhvatnu identifikaciju otvorenih kromatinskih regija pod određenim prostorno-vremenskim uvjetima. ATAC-seq pruža holistički pogled na pristupačne krajolike kromatina, za razliku od metoda koje se isključivo fokusiraju na mjesta vezanja faktora transkripcije ili specifične regije modificirane histonima. Sekvencioniranjem ovih otvorenih regija kromatina, ATAC-seq otkriva regije koje imaju veću vjerojatnost za aktivne regulacijske sekvence i potencijalna mjesta vezanja faktora transkripcije, nudeći dragocjene uvide u dinamičku modulaciju ekspresije gena u genomu.

  • 16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-PacBio

    16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-PacBio

    Geni 16S i 18S rRNA, zajedno s Internal Transcribed Spacer (ITS) regijom, služe kao ključni molekularni markeri za otiske prstiju zbog njihove kombinacije visoko očuvanih i hiper-varijabilnih regija, što ih čini neprocjenjivim alatima za karakterizaciju prokariotskih i eukariotskih organizama. Amplifikacija i sekvenciranje ovih regija nudi pristup bez izolacije za istraživanje sastava mikroba i raznolikosti u različitim ekosustavima. Iako Illumina sekvenciranje obično cilja na kratke hipervarijabilne regije kao što su V3-V4 od 16S i ITS1, pokazalo se da se superiorna taksonomska oznaka može postići sekvenciranjem pune duljine 16S, 18S i ITS. Ovaj sveobuhvatni pristup rezultira višim postocima točno klasificiranih sekvenci, postižući razinu rezolucije koja se proteže na identifikaciju vrsta. PacBio platforma za sekvenciranje jedne molekule u stvarnom vremenu (SMRT) ističe se pružanjem vrlo preciznih dugih očitanja (HiFi) koja pokrivaju amplikone pune duljine, nadmašujući preciznost Illumina sekvenciranja. Ova mogućnost omogućuje istraživačima da postignu neusporedivu prednost — panoramski pogled na genetski krajolik. Proširena pokrivenost značajno podiže rezoluciju u označavanju vrsta, osobito unutar bakterijskih ili gljivičnih zajednica, omogućujući dublje razumijevanje zamršenosti mikrobnih populacija.

  • 16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-NGS

    16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-NGS

    Sekvenciranje amplikona s tehnologijom Illumina, posebno usmjereno na genetske markere 16S, 18S i ITS, moćna je metoda za razotkrivanje filogenije, taksonomije i obilja vrsta unutar mikrobnih zajednica. Ovaj pristup uključuje sekvenciranje hipervarijabilnih regija kućnih genetskih markera. Izvorno predstavljen kao molekularni otisak prsta od straneWoeses i sur1977. ova je tehnika revolucionirala profiliranje mikrobioma omogućivši analize bez izolacije. Sekvencioniranjem 16S (bakterije), 18S (gljive) i internog transkribiranog razmaknika (ITS, gljive), istraživači mogu identificirati ne samo brojne vrste, već i one rijetke i neidentificirane. Široko prihvaćeno kao ključni alat, sekvenciranje amplikona postalo je instrumentalno u razlikovanju različitih mikrobnih sastava u različitim okruženjima, uključujući ljudska usta, crijeva, stolicu i dalje.

  • Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica

    Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica

    图片48

     

     

    Projekti ponovnog sekvenciranja cijelog genoma bakterija i gljivica ključni su za unaprjeđenje mikrobne genomike omogućujući kompletiranje i usporedbu mikrobnih genoma. Ovo olakšava inženjering fermentacije, optimizaciju industrijskih procesa i istraživanje sekundarnih putova metabolizma. Nadalje, ponovno sekvenciranje gljivica i bakterija ključno je za razumijevanje prilagodbe okolišu, optimiziranje sojeva i otkrivanje dinamike genetske evolucije, sa širokim implikacijama u medicini, poljoprivredi i znanosti o okolišu.

  • PacBio-sekvenciranje amplikona pune duljine 16S/18S/ITS

    PacBio-sekvenciranje amplikona pune duljine 16S/18S/ITS

    Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) razvijena je na temelju godina iskustva u analizi projekata mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih istraživanja mikroba, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize prezentirani su u obliku projektnih izvješća; Sadržaj personalizirane analize je raznolik. Uzorci se mogu odabrati i parametri se mogu fleksibilno postaviti prema izvješću o osnovnoj analizi i svrsi istraživanja, kako bi se ostvarili personalizirani zahtjevi. Operativni sustav Windows, jednostavan i brz.

  • PacBio-Transkriptom pune dužine (bez reference)

    PacBio-Transkriptom pune dužine (bez reference)

    Uzimajući podatke o sekvenciranju izoformi Pacific Biosciences (PacBio) kao ulaz, ova aplikacija može identificirati sekvence prijepisa pune duljine (bez sklapanja). Mapiranjem sekvenci pune duljine prema referentnom genomu, transkripti se mogu optimizirati poznatim genima, transkriptima, kodirajućim regijama, itd. U ovom slučaju, može se postići točnija identifikacija struktura mRNA, kao što je alternativno spajanje, itd. Zajednička analiza s podacima o sekvenciranju NGS transkriptoma omogućuje sveobuhvatniju oznaku i točniju kvantifikaciju u ekspresiji na razini transkripta, što uvelike koristi nizvodnoj diferencijalnoj ekspresiji i funkcionalnoj analizi.

  • Bisulfitno sekvenciranje smanjene zastupljenosti (RRBS)

    Bisulfitno sekvenciranje smanjene zastupljenosti (RRBS)

    图片84

    Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) pojavilo se kao isplativa i učinkovita alternativa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) u istraživanju metilacije DNA. Dok WGBS pruža sveobuhvatne uvide ispitivanjem cijelog genoma u jednoj osnovnoj rezoluciji, njegova visoka cijena može biti ograničavajući faktor. RRBS strateški ublažava ovaj izazov selektivnom analizom reprezentativnog dijela genoma. Ova se metodologija oslanja na obogaćivanje regija bogatih CpG otocima cijepanjem MspI nakon čega slijedi odabir veličine fragmenata od 200-500/600 bps. Posljedično, sekvenciraju se samo regije proksimalne CpG otocima, dok su one s udaljenim CpG otocima isključene iz analize. Ovaj proces, u kombinaciji s bisulfitnim sekvenciranjem, omogućuje detekciju DNA metilacije visoke razlučivosti, a pristup sekvenciranja, PE150, fokusira se posebno na krajeve umetaka, a ne na sredinu, povećavajući učinkovitost profiliranja metilacije. RRBS je neprocjenjiv alat koji omogućuje isplativo istraživanje metilacije DNK i unapređuje znanje o epigenetskim mehanizmima.

  • Sekvenciranje prokariotske RNA

    Sekvenciranje prokariotske RNA

    RNA sekvenciranje omogućuje sveobuhvatno profiliranje svih RNA transkripata unutar stanica pod određenim uvjetima. Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat koji otkriva zamršene profile ekspresije gena, genske strukture i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima. Široko prihvaćeno u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, RNA sekvenciranje nudi uvid u zamršenost stanične dinamike i genetske regulacije. Naša obrada uzoraka prokariotske RNK prilagođena je prokariotskim transkriptomima, uključujući depleciju rRNK i pripremu usmjerene biblioteke.

    Platforma: Illumina NovaSeq

  • Sekvenciranje metatranskriptoma

    Sekvenciranje metatranskriptoma

    Iskorištavajući Illumina tehnologiju sekvenciranja, BMKGENE-ova usluga sekvenciranja metatranskriptoma otkriva dinamičku ekspresiju gena raznolikog niza mikroba, od eukariota do prokariota i virusa, unutar prirodnih okruženja kao što su tlo, voda, more, stolica i crijeva. Naša sveobuhvatna usluga omogućuje istraživačima da proniknu u kompletne profile ekspresije gena složenih mikrobnih zajednica. Osim taksonomske analize, naša usluga sekvenciranja metatranskriptoma olakšava istraživanje funkcionalnog obogaćivanja, bacajući svjetlo na različito izražene gene i njihove uloge. Otkrijte obilje bioloških uvida dok se krećete kroz složene krajolike ekspresije gena, taksonomske raznolikosti i funkcionalne dinamike unutar ovih raznolikih ekoloških niša.

  • De novo sklapanje genoma gljiva

    De novo sklapanje genoma gljiva

    图片53

     

     

    BMKGENE nudi raznovrsna rješenja za genome gljiva, zadovoljavajući različite potrebe istraživanja i željenu cjelovitost genoma. Samo korištenje Illumina sekvenciranja kratkog čitanja omogućuje stvaranje nacrta genoma. Kratko čitanje i dugo čitanje sekvenciranja pomoću Nanoporea ili Pacbioa kombiniraju se za rafiniraniji genom gljivica s duljim kontigovima. Štoviše, integracija Hi-C sekvenciranja dodatno poboljšava mogućnosti, omogućujući postizanje potpunog genoma na razini kromosoma.

Pošaljite nam svoju poruku: