-
Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Metagenom je zbirka ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što su okolišni i ljudski metagenomi. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu uzgajati i onih koji se ne mogu uzgajati. Shotgun metagenomsko sekvenciranje s NGS-om omogućuje proučavanje ovih zamršenih genomskih krajolika ugrađenih u uzorke iz okoliša pružajući više od taksonomskog profiliranja, dajući također precizne uvide u raznolikost vrsta, dinamiku brojnosti i složene strukture populacije. Osim taksonomskih studija, metagenomika sačmarice također nudi funkcionalnu genomičku perspektivu, omogućujući istraživanje kodiranih gena i njihove pretpostavljene uloge u ekološkim procesima. Konačno, uspostavljanje korelacijskih mreža između genetskih elemenata i čimbenika okoliša pridonosi holističkom razumijevanju zamršene međuigre između mikrobnih zajednica i njihove ekološke pozadine. Zaključno, metagenomsko sekvenciranje predstavlja ključni instrument za razotkrivanje genomske zamršenosti različitih mikrobnih zajednica, osvjetljavajući višestruke odnose između genetike i ekologije unutar ovih složenih ekosustava.
Platforme: Illumina NovaSeq i DNBSEQ-T7
-
Metagenomsko sekvenciranje-TGS
Metagenom je zbirka genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što su okolišni i ljudski metagenomi. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu uzgajati i onih koji se ne mogu uzgajati. Metagenomsko sekvenciranje omogućuje proučavanje ovih zamršenih genomskih krajolika ugrađenih u ekološke uzorke pružajući više od taksonomskog profiliranja. Također nudi perspektivu funkcionalne genomike istražujući kodirane gene i njihove pretpostavljene uloge u procesima okoliša. Dok su tradicionalni shotgun pristupi s Illumina sekvenciranjem naširoko korišteni u metagenomskim studijama, pojava Nanopore i PacBio long-read sekvenciranja promijenila je polje. Tehnologija Nanopore i PacBio poboljšava nizvodne bioinformatičke analize, posebice sklapanje metagenoma, osiguravajući kontinuiranije sklapanje. Izvješća pokazuju da je metagenomika temeljena na Nanoporeu i PacBiou uspješno stvorila potpune i zatvorene bakterijske genome iz složenih mikrobioma (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020.). Integracija Nanopore čitanja s Illumina očitanjima pruža strateški pristup za ispravljanje pogrešaka, ublažavajući Nanopore inherentnu nisku točnost. Ova sinergijska kombinacija iskorištava prednosti svake platforme za sekvenciranje, nudeći robusno rješenje za prevladavanje potencijalnih ograničenja i unaprjeđenje preciznosti i pouzdanosti metagenomskih analiza.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia i PacBio Revio
-
16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-PacBio
Geni 16S i 18S rRNA, zajedno s Internal Transcribed Spacer (ITS) regijom, služe kao ključni molekularni markeri za otiske prstiju zbog njihove kombinacije visoko očuvanih i hiper-varijabilnih regija, što ih čini neprocjenjivim alatima za karakterizaciju prokariotskih i eukariotskih organizama. Amplifikacija i sekvenciranje ovih regija nudi pristup bez izolacije za istraživanje sastava mikroba i raznolikosti u različitim ekosustavima. Iako Illumina sekvenciranje obično cilja na kratke hipervarijabilne regije kao što su V3-V4 od 16S i ITS1, pokazalo se da se superiorna taksonomska oznaka može postići sekvenciranjem pune duljine 16S, 18S i ITS. Ovaj sveobuhvatni pristup rezultira višim postocima točno klasificiranih sekvenci, postižući razinu rezolucije koja se proteže na identifikaciju vrsta. PacBio platforma za sekvenciranje jedne molekule u stvarnom vremenu (SMRT) ističe se pružanjem vrlo preciznih dugih očitanja (HiFi) koja pokrivaju amplikone pune duljine, nadmašujući preciznost Illumina sekvenciranja. Ova mogućnost omogućuje istraživačima da postignu neusporedivu prednost — panoramski pogled na genetski krajolik. Proširena pokrivenost značajno podiže rezoluciju u označavanju vrsta, osobito unutar bakterijskih ili gljivičnih zajednica, omogućujući dublje razumijevanje zamršenosti mikrobnih populacija.
-
16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-NGS
Sekvenciranje amplikona s tehnologijom Illumina, posebno usmjereno na genetske markere 16S, 18S i ITS, moćna je metoda za razotkrivanje filogenije, taksonomije i obilja vrsta unutar mikrobnih zajednica. Ovaj pristup uključuje sekvenciranje hipervarijabilnih regija kućnih genetskih markera. Izvorno predstavljen kao molekularni otisak prsta od straneWoeses i sur1977. ova je tehnika revolucionirala profiliranje mikrobioma omogućivši analize bez izolacije. Sekvencioniranjem 16S (bakterije), 18S (gljive) i internog transkribiranog razmaknika (ITS, gljive), istraživači mogu identificirati ne samo brojne vrste, već i one rijetke i neidentificirane. Široko prihvaćeno kao ključni alat, sekvenciranje amplikona postalo je instrumentalno u razlikovanju različitih mikrobnih sastava u različitim okruženjima, uključujući ljudska usta, crijeva, stolicu i dalje.
-
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica
Projekti ponovnog sekvenciranja cijelog genoma bakterija i gljivica ključni su za unaprjeđenje mikrobne genomike omogućujući kompletiranje i usporedbu mikrobnih genoma. Ovo olakšava inženjering fermentacije, optimizaciju industrijskih procesa i istraživanje sekundarnih putova metabolizma. Nadalje, ponovno sekvenciranje gljivica i bakterija ključno je za razumijevanje prilagodbe okolišu, optimiziranje sojeva i otkrivanje dinamike genetske evolucije, sa širokim implikacijama u medicini, poljoprivredi i znanosti o okolišu.
-
Sekvenciranje prokariotske RNA
RNA sekvenciranje omogućuje sveobuhvatno profiliranje svih RNA transkripata unutar stanica pod određenim uvjetima. Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat koji otkriva zamršene profile ekspresije gena, genske strukture i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima. Široko prihvaćeno u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, RNA sekvenciranje nudi uvid u zamršenost stanične dinamike i genetske regulacije. Naša obrada uzoraka prokariotske RNK prilagođena je prokariotskim transkriptomima, uključujući depleciju rRNK i pripremu usmjerene biblioteke.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje metatranskriptoma
Iskorištavajući Illumina tehnologiju sekvenciranja, BMKGENE-ova usluga sekvenciranja metatranskriptoma otkriva dinamičku ekspresiju gena raznolikog niza mikroba, od eukariota do prokariota i virusa, unutar prirodnih okruženja kao što su tlo, voda, more, stolica i crijeva. Naša sveobuhvatna usluga omogućuje istraživačima da proniknu u kompletne profile ekspresije gena složenih mikrobnih zajednica. Osim taksonomske analize, naša usluga sekvenciranja metatranskriptoma olakšava istraživanje funkcionalnog obogaćivanja, bacajući svjetlo na različito izražene gene i njihove uloge. Otkrijte obilje bioloških uvida dok se krećete kroz složene krajolike ekspresije gena, taksonomske raznolikosti i funkcionalne dinamike unutar ovih raznolikih ekoloških niša.
-
De novo sklapanje genoma gljiva
BMKGENE nudi raznovrsna rješenja za genome gljiva, zadovoljavajući različite potrebe istraživanja i željenu cjelovitost genoma. Samo korištenje Illumina sekvenciranja kratkog čitanja omogućuje stvaranje nacrta genoma. Kratko čitanje i dugo čitanje sekvenciranja pomoću Nanoporea ili Pacbioa kombiniraju se za rafiniraniji genom gljivica s duljim kontigovima. Štoviše, integracija Hi-C sekvenciranja dodatno poboljšava mogućnosti, omogućujući postizanje potpunog genoma na razini kromosoma.
-
De novo sklapanje bakterijskog genoma
Pružamo kompletnu uslugu sastavljanja bakterijskog genoma, jamčeći 0 praznina. To je moguće integracijom tehnologija sekvenciranja dugog čitanja, kao što su Nanopore i PacBio za sklapanje i sekvenciranje kratkog čitanja s Illuminom za provjeru valjanosti sklopa i ispravljanje pogrešaka očitavanja ONT-a. Naša usluga pruža potpuni tijek bioinformatičkog rada od sastavljanja, funkcionalne anotacije i napredne bioinformatičke analize, ispunjavajući specifične istraživačke ciljeve. Ova usluga omogućuje razvoj preciznih referentnih genoma za različite genetičke i genomske studije. Osim toga, čini osnovu za aplikacije kao što su optimizacija sojeva, genetski inženjering i razvoj mikrobne tehnologije, osiguravajući pouzdane genomske podatke bez praznina koji su ključni za unaprjeđenje znanstvenih uvida i biotehnoloških inovacija.
