-
Interakcija kromatina temeljena na Hi-C
Hi-C je metoda dizajnirana za hvatanje genomske konfiguracije kombiniranjem sondiranja interakcija temeljenih na blizini i sekvenciranja visoke propusnosti. Metoda se temelji na umrežavanju kromatina s formaldehidom, nakon čega slijedi digestija i ponovna ligacija na način da samo fragmenti koji su kovalentno povezani stvaraju produkte ligacije. Sekvenciranjem ovih ligacijskih proizvoda moguće je proučavati 3D organizaciju genoma. Hi-C omogućuje proučavanje distribucije dijelova genoma koji su slabo zbijeni (odjeljci A, eukromatin) i za koje je vjerojatnije da su transkripcijski aktivni, te regija koje su čvršće zbijene (odjeljci B, heterokromatin). Hi-C se također može koristiti za precizno određivanje topološki povezanih domena (TAD), regija genoma koje imaju naboranu strukturu i vjerojatno imaju slične obrasce ekspresije, te za identifikaciju kromatinskih petlji, regija DNK koje su zajedno usidrene proteinima i koje su često obogaćen regulatornim elementima. Hi-C usluga sekvenciranja BMKGene omogućuje istraživačima da istražuju prostorne dimenzije genomike, otvarajući nove puteve za razumijevanje regulacije genoma i njezinih implikacija na zdravlje i bolesti.
-
Imunoprecipitacijsko sekvenciranje kromatina (ChIP-seq)
Imunoprecipitacija kromatina (CHIP) je tehnika koja koristi antitijela za selektivno obogaćivanje proteina koji vežu DNA i njihove odgovarajuće genomske ciljeve. Njegova integracija s NGS-om omogućuje profiliranje DNA ciljeva na cijelom genomu povezanih s modifikacijom histona, faktorima transkripcije i drugim proteinima koji vežu DNA. Ovaj dinamički pristup omogućuje usporedbe veznih mjesta u različitim tipovima stanica, tkivima ili uvjetima. Primjene ChIP-Seqa protežu se od proučavanja regulacije transkripcije i razvojnih putova do razjašnjavanja mehanizama bolesti, što ga čini nezamjenjivim alatom za razumijevanje krajolika genomske regulacije i unaprjeđenje terapijskih uvida.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma (WGBS)
Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma (WGBS) predstavlja metodologiju zlatnog standarda za dubinsko istraživanje metilacije DNK, posebno pete pozicije u citozinu (5-mC), ključnom regulatoru ekspresije gena i stanične aktivnosti. Načelo na kojem se temelji WGBS uključuje obradu bisulfitom, potičući pretvorbu nemetiliranih citozina u uracil (C u U), dok metilirane citozine ostavlja nepromijenjenima. Ova tehnika nudi razlučivost jedne baze, omogućujući istraživačima da sveobuhvatno istraže metilom i otkriju abnormalne obrasce metilacije povezane s različitim stanjima, posebice rakom. Upotrebom WGBS-a znanstvenici mogu steći neusporediv uvid u krajolike metilacije diljem genoma, pružajući nijansirano razumijevanje epigenetskih mehanizama koji su u osnovi različitih bioloških procesa i bolesti.
-
Analiza kromatina dostupnog transpozazi s sekvenciranjem visoke propusnosti (ATAC-seq)
ATAC-seq je tehnika sekvenciranja visoke propusnosti koja se koristi za analizu dostupnosti kromatina na cijelom genomu. Njegova uporaba omogućuje dublje razumijevanje složenih mehanizama globalne epigenetske kontrole nad ekspresijom gena. Metoda koristi hiperaktivnu Tn5 transpozazu za istovremeno fragmentiranje i označavanje otvorenih regija kromatina umetanjem adaptera za sekvenciranje. Naknadna PCR amplifikacija rezultira stvaranjem biblioteke sekvenciranja, koja omogućuje sveobuhvatnu identifikaciju otvorenih kromatinskih regija pod određenim prostorno-vremenskim uvjetima. ATAC-seq pruža holistički pogled na pristupačne krajolike kromatina, za razliku od metoda koje se isključivo fokusiraju na mjesta vezanja faktora transkripcije ili specifične regije modificirane histonima. Sekvencioniranjem ovih otvorenih regija kromatina, ATAC-seq otkriva regije koje imaju veću vjerojatnost za aktivne regulacijske sekvence i potencijalna mjesta vezanja faktora transkripcije, nudeći dragocjene uvide u dinamičku modulaciju ekspresije gena u genomu.
-
Bisulfitno sekvenciranje smanjene zastupljenosti (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) pojavilo se kao isplativa i učinkovita alternativa Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) u istraživanju metilacije DNA. Dok WGBS pruža sveobuhvatne uvide ispitivanjem cijelog genoma u jednoj osnovnoj rezoluciji, njegova visoka cijena može biti ograničavajući faktor. RRBS strateški ublažava ovaj izazov selektivnom analizom reprezentativnog dijela genoma. Ova se metodologija oslanja na obogaćivanje regija bogatih CpG otocima cijepanjem MspI nakon čega slijedi odabir veličine fragmenata od 200-500/600 bps. Posljedično, sekvenciraju se samo regije proksimalne CpG otocima, dok su one s udaljenim CpG otocima isključene iz analize. Ovaj proces, u kombinaciji s bisulfitnim sekvenciranjem, omogućuje detekciju DNA metilacije visoke razlučivosti, a pristup sekvenciranja, PE150, fokusira se posebno na krajeve umetaka, a ne na sredinu, povećavajući učinkovitost profiliranja metilacije. RRBS je neprocjenjiv alat koji omogućuje isplativo istraživanje metilacije DNK i unapređuje znanje o epigenetskim mehanizmima.
