Toplotna mapa
Alat za toplinu prihvaća datoteku podataka matrice kao ulaz i omogućuje korisnicima da filtriraju, normaliziraju i klastere. Primarna upotreba toplinskih mapa je analiza klastera razine ekspresije gena između različitih uzoraka.
Genska napomena
Alat za napomenu gena provodi napomenu gena na temelju poravnanja ulaznih fasta datoteka u odnosu na različite baze podataka.
Osnovni alat za pretraživanje lokalnog poravnanja (Blast)
Alat Blast je BMKCloud integrirana verzija NCBI eksplozije i može se koristiti za obavljanje istih funkcija pomoću podataka prenesenih na BMKCloud račun.
CDS_UTR predviđanje
Alat za predviđanje CDS_UTR dizajniran je za predviđanje kodirajućih regija (CDS) i nekodirajućih regija (UTR) u danim transkripcijskim sekvencama na temelju rezultata BLAST-a protiv poznatih baza podataka proteina i ishoda predviđanja ORF-a.
Na Manhattanu
Alat za crtanje Manhattana omogućuje prikaz eksperimenata s visokim uzorcima i obično se koristi u studijama udruživanja u cijelom genomu (GWAS).
Dijagram kruga
Alat Circos Diagram pruža učinkovitu vizualizaciju načina na koji se genomska značajka distribuira u genomu. Uobičajene značajke uključuju kvantitativne lokuse, SNP -ove, indekse, strukturne i varijante broja kopiranja.
Obogaćivanje genske ontologije (GO)
Alat za obogaćivanje GO pruža analizu funkcionalne obogaćivanja. Primarni softver u ovom alatu je paket TopGo-bioconductor, koji uključuje analizu diferencijalne ekspresije, analizu obogaćivanja GO i vizualizaciju rezultata.
Analiza mreže koekspresije ponderiranog gena (WGCNA)
WGCNA je široko korištena metoda iskopavanja podataka za otkrivanje modula koekspresije gena. Primjenjiv je na različite skupove podataka o ekspresiji, uključujući podatke o ekspresiji mikrorasta i NGS gena.
Tuma
Interproscan alat pruža interpromoćnu analizu i klasifikaciju sekvence proteina.
Idite kegg obogaćivanje
Alat za obogaćivanje GO KEGG -a dizajniran je za generiranje histograma za obogaćivanje GO -a, KEGG histogram obogaćivanja i KEGG -ovog puta obogaćivanja na temelju navedenog genskog skupa i odgovarajuće napomene.